More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0667 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0667  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  100 
 
 
426 aa  871    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.569284  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0270  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  69.81 
 
 
424 aa  620  1e-176  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.404114  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0098  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  67.75 
 
 
426 aa  609  1e-173  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.15381  normal  0.264106 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3069  nucleotide sugar dehydrogenase  68.78 
 
 
426 aa  597  1e-169  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2440  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase:6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  65.73 
 
 
426 aa  581  1.0000000000000001e-165  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.406564  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3008  nucleotide sugar dehydrogenase  61.45 
 
 
436 aa  519  1e-146  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1942  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  61.23 
 
 
428 aa  516  1.0000000000000001e-145  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.377359  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0619  cellulose binding, type IV  58.87 
 
 
427 aa  514  1.0000000000000001e-145  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1994  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  61.7 
 
 
429 aa  513  1e-144  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000749227  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3259  nucleotide sugar dehydrogenase  61.32 
 
 
426 aa  514  1e-144  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1757  nucleotide sugar dehydrogenase  56.71 
 
 
437 aa  508  1e-143  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2441  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  59.91 
 
 
428 aa  509  1e-143  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0210  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  58.55 
 
 
440 aa  509  1e-143  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.125805  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3187  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  57.87 
 
 
437 aa  506  9.999999999999999e-143  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.878007  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2494  nucleotide sugar dehydrogenase  61.47 
 
 
428 aa  503  1e-141  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1176  nucleotide sugar dehydrogenase  61.32 
 
 
443 aa  498  1e-140  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.111976  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1754  nucleotide sugar dehydrogenase  61.23 
 
 
428 aa  500  1e-140  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.470389  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1910  nucleotide sugar dehydrogenase  56.47 
 
 
437 aa  500  1e-140  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5211  nucleotide sugar dehydrogenase  57.68 
 
 
429 aa  498  1e-140  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1805  nucleotide sugar dehydrogenase  60.85 
 
 
449 aa  494  1e-139  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0910  UDP-N-acetyl-D-galactosamine 6-dehydrogenase  57.45 
 
 
429 aa  491  9.999999999999999e-139  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2445  nucleotide sugar dehydrogenase  60.61 
 
 
428 aa  494  9.999999999999999e-139  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2609  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  57.73 
 
 
420 aa  494  9.999999999999999e-139  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0202798  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001773  UDP-glucose dehydrogenase  60.67 
 
 
426 aa  490  1e-137  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.350291  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1105  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  57.45 
 
 
429 aa  491  1e-137  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2494  nucleotide sugar dehydrogenase  58.64 
 
 
438 aa  489  1e-137  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3190  polysaccharide biosynthesis protein  59.13 
 
 
426 aa  487  1e-136  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3130  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  56 
 
 
433 aa  488  1e-136  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1926  nucleotide sugar dehydrogenase  56.44 
 
 
431 aa  483  1e-135  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.544899  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0949  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  55.27 
 
 
432 aa  483  1e-135  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.8164 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1312  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  55.5 
 
 
437 aa  483  1e-135  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0249  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  56.63 
 
 
428 aa  478  1e-134  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.066145 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1654  nucleotide sugar dehydrogenase  58.87 
 
 
426 aa  478  1e-134  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.974293  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3014  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  54.35 
 
 
431 aa  473  1e-132  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0650  putative UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  55.39 
 
 
425 aa  465  9.999999999999999e-131  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.634824 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2112  NDP-sugar dehydrogenase  54.72 
 
 
426 aa  465  9.999999999999999e-131  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.441852  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0623  nucleotide sugar dehydrogenase  57.29 
 
 
432 aa  467  9.999999999999999e-131  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.786089  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0461  nucleotide sugar dehydrogenase subfamily protein  55.78 
 
 
410 aa  461  1e-129  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.231921  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3644  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  55.5 
 
 
426 aa  464  1e-129  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.329699  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2415  nucleotide sugar dehydrogenase  53.54 
 
 
443 aa  462  1e-129  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000438883 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3997  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  56.78 
 
 
426 aa  462  1e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0232  nucleotide sugar dehydrogenase  58.61 
 
 
427 aa  464  1e-129  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4704  nucleotide sugar dehydrogenase  57.32 
 
 
425 aa  464  1e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.963115  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1917  nucleotide sugar dehydrogenase  52.93 
 
 
438 aa  463  1e-129  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.247022  hitchhiker  0.00141201 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2340  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  53.63 
 
 
439 aa  463  1e-129  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0638  nucleotide sugar dehydrogenase  51.06 
 
 
436 aa  464  1e-129  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1116  nucleotide sugar dehydrogenase  55.78 
 
 
425 aa  459  9.999999999999999e-129  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.416504  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2973  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  54.48 
 
 
423 aa  456  1e-127  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0611  nucleotide sugar dehydrogenase  55.72 
 
 
429 aa  456  1e-127  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.15845  normal  0.0862821 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0796  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  53.38 
 
 
439 aa  457  1e-127  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0666  VI polysaccharide biosynthesis protein VipA/tviB  52.11 
 
 
423 aa  456  1e-127  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.306604  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2325  VI polysaccharide biosynthesis protein VipA/tviB  54.12 
 
 
424 aa  456  1e-127  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1221  nucleotide sugar dehydrogenase subfamily protein  55.5 
 
 
410 aa  453  1.0000000000000001e-126  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00366346  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5375  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  56.56 
 
 
425 aa  454  1.0000000000000001e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2637  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  51.81 
 
 
425 aa  454  1.0000000000000001e-126  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0613  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  54.01 
 
 
425 aa  452  1.0000000000000001e-126  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3952  nucleotide sugar dehydrogenase  52.31 
 
 
424 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.273153 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1550  nucleotide sugar dehydrogenase  55.53 
 
 
424 aa  449  1e-125  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.896349  normal  0.523869 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2214  nucleotide sugar dehydrogenase  51.17 
 
 
439 aa  450  1e-125  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0680742  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2543  nucleotide sugar dehydrogenase  52.8 
 
 
429 aa  449  1e-125  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0214194  normal  0.0468694 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4788  nucleotide sugar dehydrogenase  54.45 
 
 
421 aa  449  1e-125  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0406886 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2267  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  56.89 
 
 
419 aa  448  1e-125  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1397  VI polysaccharide biosynthesis protein VipA/tviB  56.42 
 
 
405 aa  449  1e-125  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29910  polysaccharide biosynthesis protein  54.41 
 
 
425 aa  449  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00762868  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1493  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  52.94 
 
 
423 aa  447  1.0000000000000001e-124  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00887113 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4734  nucleotide sugar dehydrogenase  51.75 
 
 
428 aa  444  1e-123  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.740891  hitchhiker  0.000167734 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4763  nucleotide sugar dehydrogenase  51.53 
 
 
442 aa  442  1e-123  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00000048772  normal  0.305749 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3606  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  53.54 
 
 
427 aa  439  9.999999999999999e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.149588 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0356  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  52.99 
 
 
429 aa  438  9.999999999999999e-123  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0821  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  54.85 
 
 
431 aa  436  1e-121  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3392  UDP-N-acetyl-D-mannosaminuronic acid dehydrogenase  52.7 
 
 
432 aa  430  1e-119  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.111608  normal  0.0970629 
 
 
-
 
NC_002950  PG1277  UDP-glucose-6 dehydrogenase, putative  50.61 
 
 
421 aa  427  1e-118  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13083  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  52.21 
 
 
433 aa  427  1e-118  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.28343  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2260  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  53.11 
 
 
425 aa  427  1e-118  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0462804  hitchhiker  0.00212267 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4077  nucleotide sugar dehydrogenase  51.06 
 
 
444 aa  424  1e-117  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.771769  normal  0.484559 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1423  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  49.3 
 
 
421 aa  418  1e-116  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.807918  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1553  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  51.87 
 
 
423 aa  420  1e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.782915  normal  0.750924 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5622  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  52.94 
 
 
427 aa  421  1e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0664536  normal  0.659782 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01511  VI polysaccharide biosynthesis protein VipA/tviB  49.39 
 
 
430 aa  409  1e-113  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.098059  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1201  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  51.52 
 
 
425 aa  396  1e-109  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.20693  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1202  nucleotide sugar dehydrogenase  47.33 
 
 
423 aa  395  1e-109  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.358663  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0464  nucleotide sugar dehydrogenase  48.7 
 
 
430 aa  387  1e-106  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.148453  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0525  polysaccharide biosynthetic protein  48.96 
 
 
430 aa  388  1e-106  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.163274  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2131  nucleotide sugar dehydrogenase  51.11 
 
 
417 aa  380  1e-104  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0929  nucleotide sugar dehydrogenase  47.04 
 
 
416 aa  380  1e-104  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.099852 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1431  nucleotide sugar dehydrogenase  45.91 
 
 
428 aa  381  1e-104  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.869359  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3150  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  49.42 
 
 
441 aa  370  1e-101  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0699  UDP-glucose 6-dehydrogenase  48.99 
 
 
419 aa  367  1e-100  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.136765  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1141  nucleotide sugar dehydrogenase  42.49 
 
 
461 aa  363  4e-99  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3288  nucleotide sugar dehydrogenase  41.55 
 
 
453 aa  354  1e-96  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.178741  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2901  nucleotide sugar dehydrogenase  39.9 
 
 
434 aa  318  7.999999999999999e-86  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0636  nucleotide sugar dehydrogenase  37.44 
 
 
439 aa  256  7e-67  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.96458 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3256  nucleotide sugar dehydrogenase  39.01 
 
 
437 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1238  nucleotide sugar dehydrogenase  36.22 
 
 
437 aa  249  1e-64  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.836268  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2168  nucleotide sugar dehydrogenase  34.55 
 
 
426 aa  247  3e-64  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0023  UDP-glucose 6-dehydrogenase  37.18 
 
 
432 aa  240  2.9999999999999997e-62  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000576582  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0961  nucleotide sugar dehydrogenase  36.32 
 
 
435 aa  239  8e-62  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26760  nucleotide sugar dehydrogenase  37.63 
 
 
416 aa  239  9e-62  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.84337 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0575  nucleotide sugar dehydrogenase  38.03 
 
 
432 aa  238  2e-61  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4504  nucleotide sugar dehydrogenase  40.56 
 
 
451 aa  236  6e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.377712  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>