298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2538 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2538  response regulator  100 
 
 		 370 aa  749    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0600  response regulator  35.34 
 
 		 380 aa  204  2e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0691  signal transduction protein  24.4 
 
 		 388 aa  101  2e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2368  putative signal transduction protein  28.31 
 
 		 403 aa  90.9  3e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.374822  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2726  putative signal transduction protein  24.53 
 
 		 365 aa  87  5e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2652  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  25.39 
 
 		 412 aa  85.1  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.5401  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3758  putative signal transduction protein  29.25 
 
 		 274 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3831  putative signal transduction protein  29.25 
 
 		 274 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3956  putative signal transduction protein  28.77 
 
 		 274 aa  76.3  0.0000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4563  hypothetical protein  27.7 
 
 		 274 aa  73.2  0.000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0188  putative signal transduction protein  26.64 
 
 		 274 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4280  putative signal transduction protein  26.64 
 
 		 274 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0660971 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4147  putative signal transduction protein  26.64 
 
 		 274 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0187  putative signal transduction protein  26.64 
 
 		 274 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0298  hypothetical protein  28.57 
 
 		 285 aa  67.4  0.0000000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0247  hypothetical protein  28.08 
 
 		 285 aa  67.4  0.0000000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0275  hypothetical protein  28.08 
 
 		 285 aa  67.4  0.0000000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3319  putative signal transduction protein  25.08 
 
 		 373 aa  64.3  0.000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.774831 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0667  metal dependent phosphohydrolase  29.79 
 
 		 297 aa  64.3  0.000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0639089  normal  0.446665 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3455  putative signal transduction protein  23.56 
 
 		 274 aa  63.9  0.000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03445  putative signal transduction protein  26.61 
 
 		 278 aa  62.8  0.000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0283  putative signal transduction protein  29.93 
 
 		 277 aa  62  0.00000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3214  putative signal transduction protein  25 
 
 		 293 aa  62  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3755  putative signal transduction protein  28.68 
 
 		 275 aa  61.2  0.00000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.904282  normal  0.117296 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0100  hypothetical protein  26.38 
 
 		 290 aa  60.8  0.00000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0254877  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02599  response regulator  25.8 
 
 		 382 aa  60.8  0.00000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1873  putative signal transduction protein  24.39 
 
 		 415 aa  59.7  0.00000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.747115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0663  metal dependent phosphohydrolase  27.46 
 
 		 286 aa  59.7  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1061  putative signal transduction protein  26.6 
 
 		 271 aa  59.7  0.00000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.580141  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0544  putative signal transduction protein  25.85 
 
 		 265 aa  58.9  0.0000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2936  putative signal transduction protein  25.68 
 
 		 281 aa  58.9  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0085333  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3816  metal dependent phosphohydrolase  21.46 
 
 		 283 aa  58.9  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.411166  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1403  putative signal transduction protein  31.72 
 
 		 280 aa  58.9  0.0000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02093  HD domain protein  23.17 
 
 		 292 aa  58.5  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.394256  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2782  putative signal transduction protein  35.29 
 
 		 280 aa  58.9  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1197  putative signal transduction protein  28.75 
 
 		 351 aa  58.2  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.408421  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4190  metal dependent phosphohydrolase  22.62 
 
 		 284 aa  58.9  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000885116  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3900  metal dependent phosphohydrolase  20.98 
 
 		 283 aa  58.5  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000332345 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3501  hypothetical protein  22.27 
 
 		 274 aa  58.5  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000151947  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0281  metal dependent phosphohydrolase  25.84 
 
 		 284 aa  58.2  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00372927  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4407  hypothetical protein  29.71 
 
 		 280 aa  57.8  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.413637  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3341  putative signal transduction protein  32.94 
 
 		 280 aa  57.8  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1128  putative signal transduction protein  28.07 
 
 		 270 aa  57.8  0.0000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1203  hypothetical protein  26.56 
 
 		 280 aa  57.4  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.897132  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0073  metal dependent phosphohydrolase  25.52 
 
 		 285 aa  57.4  0.0000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0035  metal dependent phosphohydrolase  22.62 
 
 		 298 aa  57.4  0.0000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0833  HDOD domain-contain protein  36.36 
 
 		 202 aa  57.4  0.0000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.149096  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1050  putative signal transduction protein  25.93 
 
 		 278 aa  57.4  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00648352  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0156  metal dependent phosphohydrolase  25.35 
 
 		 412 aa  56.6  0.0000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.494474  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0944  metal dependent phosphohydrolase  29.29 
 
 		 284 aa  56.6  0.0000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2063  HD domain-containing protein  28.57 
 
 		 284 aa  56.6  0.0000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.126544  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1569  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  24.82 
 
 		 452 aa  56.2  0.0000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2064  metal dependent phosphohydrolase  27.16 
 
 		 397 aa  55.8  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.482341  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0606  response regulator  23.39 
 
 		 447 aa  56.2  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1225  GGDEF domain-containing protein  23.08 
 
 		 517 aa  55.5  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.489016  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3476  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  29.31 
 
 		 479 aa  55.8  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0515  metal dependent phosphohydrolase  22.82 
 
 		 282 aa  55.8  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000329454  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3356  putative signal transduction protein  25.12 
 
 		 276 aa  55.8  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000102808  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3010  putative signal transduction protein  34.48 
 
 		 280 aa  55.8  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.311361  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1023  putative signal transduction protein  34.94 
 
 		 280 aa  55.5  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02425  putative signal transduction protein  28.06 
 
 		 281 aa  55.1  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.885003  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0966  type II secretion system protein E  30.09 
 
 		 746 aa  55.1  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.783688 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5042  excisionase/Xis, DNA-binding  31.58 
 
 		 198 aa  54.7  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0073  metal dependent phosphohydrolase  24.35 
 
 		 292 aa  55.1  0.000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1312  metal dependent phosphohydrolase  28.36 
 
 		 284 aa  54.7  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0368639  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0557  Metal-dependent hydrolase HDOD  24.52 
 
 		 269 aa  54.7  0.000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.681688  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0643  metal dependent phosphohydrolase  28.37 
 
 		 425 aa  55.5  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2242  putative signal transduction protein  27.54 
 
 		 317 aa  55.1  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.571842  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3511  putative signal transduction protein  32.94 
 
 		 280 aa  54.7  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3245  sigma 54-dependent DNA-binding response regulator  30.36 
 
 		 488 aa  54.3  0.000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.482559  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2435  putative signal transduction protein  22.22 
 
 		 438 aa  54.3  0.000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1582  thiamine-phosphate kinase  26.19 
 
 		 272 aa  54.3  0.000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3068  metal dependent phosphohydrolase  28.03 
 
 		 397 aa  53.9  0.000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.896972  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2551  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  29.08 
 
 		 396 aa  53.9  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.14529e-19 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1703  putative signal transduction protein  23.58 
 
 		 326 aa  53.9  0.000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.151129 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2364  response regulator receiver protein  30.36 
 
 		 806 aa  53.9  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2296  HD domain-containing protein  22.94 
 
 		 304 aa  53.5  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.569971  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0532  hypothetical protein  23.72 
 
 		 274 aa  53.5  0.000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0779  metal dependent phosphohydrolase  26.62 
 
 		 297 aa  53.5  0.000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0559606  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  28.8 
 
 		 473 aa  53.5  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  28.8 
 
 		 473 aa  53.5  0.000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0348  putative signal transduction protein  26.91 
 
 		 285 aa  53.1  0.000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000208885 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3214  metal dependent phosphohydrolase  23.53 
 
 		 282 aa  53.1  0.000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000585577  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2932  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.63 
 
 		 394 aa  53.1  0.000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000651793  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2456  hypothetical protein  27.15 
 
 		 287 aa  53.1  0.000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3139  histidine kinase  22.22 
 
 		 724 aa  53.1  0.000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2645  response regulator  37.18 
 
 		 447 aa  53.1  0.000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0366662  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0049  response regulator receiver protein  30.99 
 
 		 226 aa  52.8  0.000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0087  hypothetical protein  26.57 
 
 		 275 aa  52.8  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000976689 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2349  metal dependent phosphohydrolase  29.7 
 
 		 293 aa  52.4  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.382123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1683  HDIG  31.91 
 
 		 299 aa  52.8  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1662  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.58 
 
 		 396 aa  52.8  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 473 aa  52.4  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0866  Metal-dependent hydrolase HDOD  32.1 
 
 		 270 aa  52.8  0.00001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2780  CheA signal transduction histidine kinase  27.78 
 
 		 1736 aa  51.6  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1772  metal dependent phosphohydrolase  19.33 
 
 		 440 aa  52  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0702712  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1005  putative signal transduction protein  32.53 
 
 		 280 aa  51.6  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1980  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  28.46 
 
 		 449 aa  51.6  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.247955  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0367  putative signal transduction protein  26.91 
 
 		 285 aa  52  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30830  putative two-component response regulator  38.81 
 
 		 447 aa  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0592396  hitchhiker  0.000000000000489784 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>