More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_2155 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_2155  50S ribosomal protein L3P  100 
 
 
205 aa  407  1e-113  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00587716  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10020  LSU ribosomal protein L3P  50.49 
 
 
206 aa  205  4e-52  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.000000402835  hitchhiker  0.00000000318342 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0286  50S ribosomal protein L3  51.23 
 
 
209 aa  198  5e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0410836  hitchhiker  0.00603059 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0111  50S ribosomal protein L3  48.54 
 
 
211 aa  198  6e-50  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000151121  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3667  50S ribosomal protein L3  47.8 
 
 
211 aa  196  2.0000000000000003e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000330884  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0962  ribosomal protein L3  51.94 
 
 
206 aa  196  2.0000000000000003e-49  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000608869  hitchhiker  0.0000000000269964 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2714  50S ribosomal protein L3  49.03 
 
 
209 aa  196  2.0000000000000003e-49  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000231855  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0867  50S ribosomal protein L3  49.51 
 
 
210 aa  196  2.0000000000000003e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000729631  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2399  50S ribosomal protein L3  48.54 
 
 
209 aa  195  4.0000000000000005e-49  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000000824684  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16240  LSU ribosomal protein L3P  53.4 
 
 
206 aa  195  5.000000000000001e-49  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0560879  hitchhiker  0.00000737829 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1831  50S ribosomal protein L3  47.87 
 
 
220 aa  194  6e-49  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000207996  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1340  50S ribosomal protein L3  50.5 
 
 
205 aa  194  6e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1184  ribosomal protein L3  50.24 
 
 
209 aa  194  7e-49  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000270125  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1745  50S ribosomal protein L3  47.57 
 
 
210 aa  193  1e-48  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000981122  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2318  50S ribosomal protein L3  48.13 
 
 
220 aa  192  3e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000223614  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1161  ribosomal protein L3  48.54 
 
 
206 aa  191  5e-48  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000266904  hitchhiker  0.000000567921 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1524  50S ribosomal protein L3  49.5 
 
 
209 aa  191  6e-48  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.593746  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1907  50S ribosomal protein L3  47.06 
 
 
208 aa  188  4e-47  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.00000032853  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0058  50S ribosomal protein L3  46.57 
 
 
208 aa  188  5e-47  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00491271  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2277  50S ribosomal protein L3  47.2 
 
 
220 aa  187  7e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1836  50S ribosomal protein L3  44.22 
 
 
217 aa  187  1e-46  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00718997  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0107  50S ribosomal protein L3  46.77 
 
 
213 aa  187  1e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2711  50S ribosomal protein L3  50.5 
 
 
211 aa  186  2e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000399657  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1555  ribosomal protein L3  46.12 
 
 
210 aa  186  2e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00791107  normal  0.982603 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01170  50S ribosomal protein L3  46.34 
 
 
211 aa  185  4e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000794381  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0104  50S ribosomal protein L3  46.12 
 
 
210 aa  185  4e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000119433  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0110  50S ribosomal protein L3  46.6 
 
 
210 aa  183  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000528056  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0131  50S ribosomal protein L3  46.6 
 
 
210 aa  183  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000141135  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0110  50S ribosomal protein L3  46.6 
 
 
210 aa  183  1.0000000000000001e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000986131  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0106  50S ribosomal protein L3  46.6 
 
 
210 aa  183  1.0000000000000001e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  2.6707699999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0104  50S ribosomal protein L3  46.6 
 
 
210 aa  183  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000168091  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0110  50S ribosomal protein L3  46.6 
 
 
210 aa  183  1.0000000000000001e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000246604  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2324  ribosomal protein L3  49.76 
 
 
214 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00000658885  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2460  50S ribosomal protein L3  48.54 
 
 
209 aa  183  1.0000000000000001e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0891685 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0960  50S ribosomal protein L3  48.79 
 
 
214 aa  184  1.0000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067151  hitchhiker  0.000000166028 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0141  50S ribosomal protein L3  46.6 
 
 
210 aa  183  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000551418  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2903  50S ribosomal protein L3  46.83 
 
 
212 aa  184  1.0000000000000001e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000000477342  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0122  50S ribosomal protein L3  46.6 
 
 
210 aa  183  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.0599700000000001e-61 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0105  50S ribosomal protein L3  46.6 
 
 
210 aa  183  2.0000000000000003e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000775669  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5195  50S ribosomal protein L3  46.6 
 
 
210 aa  183  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000842867  unclonable  2.19314e-25 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0758  50S ribosomal protein L3  44.39 
 
 
212 aa  183  2.0000000000000003e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000233446  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0691  50S ribosomal protein L3  46.6 
 
 
211 aa  182  3e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00208666  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0422  50S ribosomal protein L3  47.06 
 
 
209 aa  182  3e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000195061  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0225  ribosomal protein L3  48.06 
 
 
213 aa  182  4.0000000000000006e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1707  50S ribosomal protein L3  49.02 
 
 
213 aa  181  8.000000000000001e-45  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00287886  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0708  50S ribosomal protein L3  45.37 
 
 
208 aa  181  9.000000000000001e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00455924  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1938  50S ribosomal protein L3  46.53 
 
 
205 aa  180  1e-44  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2232  50S ribosomal protein L3  45.15 
 
 
213 aa  180  1e-44  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.422626 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4276  ribosomal protein L3  49.04 
 
 
212 aa  179  2e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000028687  unclonable  0.00000000000491767 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0255  50S ribosomal protein L3  48.78 
 
 
216 aa  178  4e-44  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2559  50S ribosomal protein L3  46.8 
 
 
211 aa  179  4e-44  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.101168  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1185  50S ribosomal protein L3  48.1 
 
 
210 aa  177  9e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0715  ribosomal protein L3  46.86 
 
 
204 aa  176  3e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1129  50S ribosomal protein L3  42.72 
 
 
218 aa  176  3e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20031  50S ribosomal protein L3  43.2 
 
 
218 aa  176  3e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1086  LSU ribosomal protein L3P  47.32 
 
 
217 aa  176  3e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.10406 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0249  50S ribosomal protein L3  45.41 
 
 
212 aa  175  5e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.587373  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0215  50S ribosomal protein L3  45.15 
 
 
209 aa  175  5e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000370606  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0252  50S ribosomal protein L3  45.41 
 
 
212 aa  175  5e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1955  50S ribosomal protein L3  44.17 
 
 
218 aa  174  6e-43  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0405  ribosomal protein L3  50.51 
 
 
209 aa  174  9e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00399178  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0327  50S ribosomal protein L3  45.02 
 
 
216 aa  173  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000900525  normal  0.0194513 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4026  50S ribosomal protein L3  47.62 
 
 
210 aa  173  9.999999999999999e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000729954 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2759  50S ribosomal protein L3  45.02 
 
 
217 aa  173  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000332087  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0348  50S ribosomal protein L3  45.02 
 
 
217 aa  173  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000116037  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0562  50S ribosomal protein L3  46.8 
 
 
218 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3804  50S ribosomal protein L3  45.02 
 
 
223 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.000896818  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0587  ribosomal protein L3  47.06 
 
 
219 aa  173  1.9999999999999998e-42  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.295272  normal  0.46094 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3447  50S ribosomal protein L3  44.55 
 
 
217 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.0000000000108395  normal  0.0130308 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4915  50S ribosomal protein L3  45.5 
 
 
212 aa  172  1.9999999999999998e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0274485  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0291  50S ribosomal protein L3  45.19 
 
 
209 aa  172  1.9999999999999998e-42  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000100637  unclonable  1.4129e-28 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3435  50S ribosomal protein L3  44.83 
 
 
218 aa  173  1.9999999999999998e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0276  50S ribosomal protein L3  44.55 
 
 
216 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000762346  normal  0.121842 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2632  50S ribosomal protein L3  45.02 
 
 
219 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  unclonable  0.000000000488611  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3776  50S ribosomal protein L3  45.02 
 
 
219 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000325408  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3169  50S ribosomal protein L3  45.02 
 
 
219 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000263976  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0696  50S ribosomal protein L3  43.5 
 
 
223 aa  172  2.9999999999999996e-42  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.372092  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3068  50S ribosomal protein L3  45.02 
 
 
219 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000718216  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1924  50S ribosomal protein L3  45.02 
 
 
219 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000132844  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3758  50S ribosomal protein L3  45.32 
 
 
219 aa  172  2.9999999999999996e-42  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.33789  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3478  50S ribosomal protein L3  45.02 
 
 
219 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  unclonable  0.00000000879138  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3746  50S ribosomal protein L3  45.02 
 
 
219 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.0000000000021686  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0267  50S ribosomal protein L3  44.55 
 
 
217 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000416166  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23021  50S ribosomal protein L3  43.69 
 
 
218 aa  172  2.9999999999999996e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0196  50S ribosomal protein L3  42.86 
 
 
228 aa  172  2.9999999999999996e-42  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0113604  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6614  ribosomal protein L3  46.83 
 
 
216 aa  172  3.9999999999999995e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3524  ribosomal protein L3  45.45 
 
 
212 aa  172  3.9999999999999995e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000015584  hitchhiker  0.00000758128 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17401  50S ribosomal protein L3  42.16 
 
 
217 aa  172  5e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5079  50S ribosomal protein L3  48.08 
 
 
211 aa  171  5.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000374535  normal  0.27561 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17160  50S ribosomal protein L3  43.84 
 
 
216 aa  171  5.999999999999999e-42  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.283771  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0626  ribosomal protein L3  48.08 
 
 
211 aa  171  6.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00000165351  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2840  50S ribosomal protein L3  44.08 
 
 
219 aa  170  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000111519  normal  0.199419 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3179  50S ribosomal protein L3  43.6 
 
 
216 aa  170  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00000128128  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2907  50S ribosomal protein L3  48.5 
 
 
212 aa  170  1e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2169  50S ribosomal protein L3  46.41 
 
 
214 aa  171  1e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.000300239  normal  0.384776 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2174  50S ribosomal protein L3  48.76 
 
 
209 aa  171  1e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000029924  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3443  50S ribosomal protein L3  48.08 
 
 
247 aa  170  1e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.000129848  normal  0.388921 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1346  50S ribosomal protein L3  44.17 
 
 
211 aa  170  1e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.700686  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00730  50S ribosomal protein L3  48.76 
 
 
209 aa  170  1e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0249  50S ribosomal protein L3  44.08 
 
 
216 aa  170  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000000158016  normal  0.145495 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>