166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3228 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3228  cyclase/dehydrase  100 
 
 		 154 aa  313  7e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1876  cyclase/dehydrase  38.16 
 
 		 147 aa  95.9  2e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.458144  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2787  hypothetical protein  35.53 
 
 		 150 aa  89.7  1e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.104721  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1429  cyclase/dehydrase  35.53 
 
 		 150 aa  89.7  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0355733 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2800  cyclase/dehydrase  39.01 
 
 		 152 aa  89  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3028  cyclase/dehydrase  39.01 
 
 		 152 aa  89  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.386166  normal  0.379751 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3870  cyclase/dehydrase  38.71 
 
 		 150 aa  88.2  4e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.301135 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1280  cyclase/dehydrase  36.31 
 
 		 159 aa  87.8  5e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2924  cyclase/dehydrase  37.86 
 
 		 152 aa  87  9e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5925  cyclase/dehydrase  39.71 
 
 		 151 aa  86.7  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.910171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1580  putative polyketide cyclase / dehydrase  36.18 
 
 		 171 aa  86.7  1e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0427805 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1045  cyclase/dehydrase  34.21 
 
 		 150 aa  85.9  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.447499  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0166  cyclase/dehydrase  36.42 
 
 		 164 aa  83.6  8e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.900477  hitchhiker  0.00454879 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1367  cyclase/dehydrase  34.64 
 
 		 148 aa  83.6  9e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.247484  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2231  cyclase/dehydrase  33.11 
 
 		 149 aa  82.8  0.000000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.619075  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2175  cyclase/dehydrase  37.96 
 
 		 152 aa  82.8  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.51911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2825  cyclase/dehydrase  38.97 
 
 		 156 aa  82  0.000000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6534  cyclase/dehydrase  37.5 
 
 		 151 aa  80.1  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00656463  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1922  cyclase/dehydrase  38.1 
 
 		 153 aa  77  0.00000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.09657  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63050  hypothetical protein  32.03 
 
 		 144 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5487  hypothetical protein  32.03 
 
 		 144 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2750  cyclase/dehydrase  34.44 
 
 		 150 aa  74.3  0.0000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.258505  normal  0.0234305 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3970  cyclase/dehydrase  32.67 
 
 		 143 aa  73.6  0.0000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.578911 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2858  cyclase/dehydrase  33.11 
 
 		 157 aa  73.2  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.281065  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0242  cyclase/dehydrase  33.55 
 
 		 161 aa  73.2  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.495408  normal  0.256671 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1832  cyclase/dehydrase  32.89 
 
 		 155 aa  72.8  0.000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.491561  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1807  cyclase/dehydrase  32.89 
 
 		 150 aa  71.2  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.529601  hitchhiker  0.000967244 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1529  cyclase/dehydrase  32.87 
 
 		 185 aa  71.6  0.000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3135  cyclase/dehydrase  32.03 
 
 		 161 aa  71.6  0.000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.485455 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1081  hypothetical protein  36.17 
 
 		 152 aa  71.2  0.000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.710996  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1614  cyclase/dehydrase  33.55 
 
 		 150 aa  70.9  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3368  cyclase/dehydrase  34.62 
 
 		 148 aa  70.5  0.000000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00867336  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1123  hypothetical protein  35.71 
 
 		 136 aa  69.3  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.447195  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0411  hypothetical protein  27.27 
 
 		 144 aa  68.6  0.00000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3950  hypothetical protein  31.51 
 
 		 157 aa  68.6  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.308895  normal  0.373552 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0435  hypothetical protein  27.27 
 
 		 144 aa  67.8  0.00000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2887  cyclase/dehydrase  32.9 
 
 		 157 aa  67.8  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2585  cyclase/dehydrase  32.9 
 
 		 157 aa  67.8  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.701864  hitchhiker  0.00428625 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2066  cyclase/dehydrase  34.44 
 
 		 151 aa  67  0.00000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1512  cyclase/dehydrase  31.37 
 
 		 152 aa  67  0.0000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.530425 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0280  hypothetical protein  31.79 
 
 		 161 aa  67  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0456  cyclase/dehydrase  31.79 
 
 		 161 aa  67  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000501936 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1085  cyclase/dehydrase  32.85 
 
 		 149 aa  66.6  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2573  cyclase/dehydrase  29.61 
 
 		 158 aa  65.5  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16372  normal  0.720561 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1257  cyclase/dehydrase  29.86 
 
 		 146 aa  65.5  0.0000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0922177  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2551  cyclase/dehydrase  29.86 
 
 		 146 aa  65.5  0.0000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00422597 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0340  cyclase/dehydrase  28.38 
 
 		 148 aa  65.9  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.222167  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0757  cyclase/dehydrase  30 
 
 		 144 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.323423 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2902  hypothetical protein  30.2 
 
 		 158 aa  65.1  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.51613 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2832  hypothetical protein  30.2 
 
 		 158 aa  65.1  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0555762  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2900  hypothetical protein  30.2 
 
 		 158 aa  65.1  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0539  cyclase/dehydrase family protein  28.1 
 
 		 153 aa  65.1  0.0000000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0189315  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43040  hypothetical protein  33.11 
 
 		 144 aa  64.7  0.0000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2882  hypothetical protein  30.2 
 
 		 158 aa  64.7  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.194151 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3014  hypothetical protein  30.2 
 
 		 158 aa  65.1  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004299  putative oligoketide cyclase/lipid transport protein  29.17 
 
 		 147 aa  63.2  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3898  cyclase/dehydrase  33.82 
 
 		 152 aa  63.2  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.514225 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0445  cyclase/dehydrase  26.85 
 
 		 145 aa  62.8  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0136661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0524  cyclase/dehydrase  31.58 
 
 		 152 aa  62.8  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01125  hypothetical protein  29.17 
 
 		 147 aa  62  0.000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0964  cyclase/dehydrase  31.25 
 
 		 145 aa  61.6  0.000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3221  cyclase/dehydrase  32.43 
 
 		 144 aa  61.2  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3689  hypothetical protein  30.14 
 
 		 144 aa  60.8  0.000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0488001  normal  0.176702 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2758  cyclase/dehydrase  30.56 
 
 		 148 aa  60.8  0.000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1623  cyclase/dehydrase  34.31 
 
 		 151 aa  60.5  0.000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.576602  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4513  hypothetical protein  30.92 
 
 		 157 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.334417  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4201  cyclase/dehydrase  30.92 
 
 		 144 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.546802 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1197  cyclase/dehydrase  29.73 
 
 		 146 aa  60.1  0.00000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3100  cyclase/dehydrase  30.88 
 
 		 146 aa  59.7  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3301  cyclase/dehydrase  30.41 
 
 		 144 aa  60.1  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.642238  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0700  cyclase/dehydrase  30.2 
 
 		 144 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.220634  hitchhiker  0.0000821406 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3630  cyclase/dehydrase  30.56 
 
 		 144 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0725  hypothetical protein  30.14 
 
 		 148 aa  59.3  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.242163  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4733  cyclase/dehydrase  30.26 
 
 		 144 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.476738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3373  cyclase/dehydrase  29.86 
 
 		 159 aa  58.9  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02507  hypothetical protein  28.77 
 
 		 158 aa  58.9  0.00000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.1621  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1056  cyclase/dehydrase  28.77 
 
 		 158 aa  58.9  0.00000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.454837  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4732  cyclase/dehydrase  30.46 
 
 		 182 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.22786  normal  0.0214019 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02471  hypothetical protein  28.77 
 
 		 158 aa  58.9  0.00000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.19522  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0960  hypothetical protein  29.73 
 
 		 148 aa  58.5  0.00000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1065  hypothetical protein  28.77 
 
 		 158 aa  58.9  0.00000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.341298  normal  0.549802 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4598  cyclase/dehydrase  30.46 
 
 		 144 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.762203  normal  0.138792 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2777  hypothetical protein  28.77 
 
 		 145 aa  58.9  0.00000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000964625  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2903  hypothetical protein  28.77 
 
 		 145 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.247962  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2979  hypothetical protein  29.45 
 
 		 144 aa  58.2  0.00000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.587752  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2437  cyclase/dehydrase  29.03 
 
 		 148 aa  58.2  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1373  hypothetical protein  29.45 
 
 		 144 aa  58.2  0.00000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000244514  normal  0.0546324 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3008  hypothetical protein  28.77 
 
 		 145 aa  58.2  0.00000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00761479  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3859  hypothetical protein  28.77 
 
 		 158 aa  58.2  0.00000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0524065  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1230  cyclase/dehydrase  25.17 
 
 		 145 aa  58.2  0.00000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1860  cyclase/dehydrase  28.38 
 
 		 145 aa  57.8  0.00000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1440  cyclase/dehydrase  33.06 
 
 		 155 aa  57.8  0.00000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0811993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2892  hypothetical protein  29.45 
 
 		 144 aa  57.8  0.00000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000179242  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2771  hypothetical protein  28.08 
 
 		 158 aa  57.8  0.00000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.117856  normal  0.130491 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1474  hypothetical protein  25.53 
 
 		 145 aa  57.4  0.00000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1617  hypothetical protein  29.53 
 
 		 153 aa  57.4  0.00000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.441973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3099  hypothetical protein  28.77 
 
 		 158 aa  57  0.00000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.31721  normal  0.377691 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2775  cyclase/dehydrase  25.53 
 
 		 145 aa  56.6  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0618615 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2853  cyclase/dehydrase  25.53 
 
 		 145 aa  56.6  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2951  cyclase/dehydrase  25.53 
 
 		 145 aa  56.6  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>