173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2887 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2887  cyclase/dehydrase  100 
 
 		 157 aa  325  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2585  cyclase/dehydrase  94.87 
 
 		 157 aa  308  1e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.701864  hitchhiker  0.00428625 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2858  cyclase/dehydrase  88.46 
 
 		 157 aa  292  1e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.281065  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2573  cyclase/dehydrase  75.5 
 
 		 158 aa  246  1e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16372  normal  0.720561 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1832  cyclase/dehydrase  75.84 
 
 		 155 aa  242  9.999999999999999e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.491561  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3950  hypothetical protein  71.61 
 
 		 157 aa  237  5.999999999999999e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.308895  normal  0.373552 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1440  cyclase/dehydrase  75.84 
 
 		 155 aa  228  3e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0811993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3898  cyclase/dehydrase  67.11 
 
 		 152 aa  219  9.999999999999999e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.514225 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1512  cyclase/dehydrase  58.67 
 
 		 152 aa  183  7e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.530425 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2175  cyclase/dehydrase  56.38 
 
 		 152 aa  183  9e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.51911  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1807  cyclase/dehydrase  57.43 
 
 		 150 aa  179  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.529601  hitchhiker  0.000967244 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2066  cyclase/dehydrase  58.67 
 
 		 151 aa  177  4e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5925  cyclase/dehydrase  54.3 
 
 		 151 aa  177  4.999999999999999e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.910171  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1614  cyclase/dehydrase  56.29 
 
 		 150 aa  177  4.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2924  cyclase/dehydrase  54.36 
 
 		 152 aa  177  5.999999999999999e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3028  cyclase/dehydrase  54.36 
 
 		 152 aa  177  7e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.386166  normal  0.379751 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2800  cyclase/dehydrase  54.36 
 
 		 152 aa  177  7e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1081  hypothetical protein  58.67 
 
 		 152 aa  175  2e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.710996  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6534  cyclase/dehydrase  52.32 
 
 		 151 aa  173  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00656463  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1623  cyclase/dehydrase  54.36 
 
 		 151 aa  169  2e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.576602  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0524  cyclase/dehydrase  56.29 
 
 		 152 aa  167  4e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1085  cyclase/dehydrase  54 
 
 		 149 aa  167  5e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2128  hypothetical protein  52.35 
 
 		 150 aa  164  5.9999999999999996e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0539  cyclase/dehydrase family protein  50.67 
 
 		 153 aa  163  1.0000000000000001e-39  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0189315  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1123  hypothetical protein  58.21 
 
 		 136 aa  154  6e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.447195  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1367  cyclase/dehydrase  45.64 
 
 		 148 aa  142  1e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.247484  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3870  cyclase/dehydrase  45.64 
 
 		 150 aa  140  6e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.301135 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3135  cyclase/dehydrase  47.18 
 
 		 161 aa  140  8e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.485455 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2787  hypothetical protein  45.64 
 
 		 150 aa  137  4.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.104721  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1429  cyclase/dehydrase  45.64 
 
 		 150 aa  137  4.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0355733 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1045  cyclase/dehydrase  44.97 
 
 		 150 aa  135  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.447499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1580  putative polyketide cyclase / dehydrase  44.37 
 
 		 171 aa  134  5e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0427805 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1876  cyclase/dehydrase  42.67 
 
 		 147 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.458144  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0166  cyclase/dehydrase  42.95 
 
 		 164 aa  128  4.0000000000000003e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.900477  hitchhiker  0.00454879 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2231  cyclase/dehydrase  44.3 
 
 		 149 aa  126  1.0000000000000001e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.619075  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1922  cyclase/dehydrase  44.3 
 
 		 153 aa  125  3e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.09657  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1280  cyclase/dehydrase  40 
 
 		 159 aa  125  3e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2825  cyclase/dehydrase  42.95 
 
 		 156 aa  116  9.999999999999999e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0242  cyclase/dehydrase  40 
 
 		 161 aa  113  7.999999999999999e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.495408  normal  0.256671 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1531  hypothetical protein  38.57 
 
 		 145 aa  99  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.278395  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2031  hypothetical protein  38.57 
 
 		 145 aa  99  2e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251381  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3281  hypothetical protein  38.57 
 
 		 145 aa  99  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.238258  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2411  hypothetical protein  38.57 
 
 		 145 aa  99  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.887762  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2465  hypothetical protein  38.57 
 
 		 145 aa  99  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.272649  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1302  hypothetical protein  38.57 
 
 		 145 aa  99  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2434  cyclase/dehydrase  37.32 
 
 		 145 aa  98.6  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.37725  normal  0.141169 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2031  cyclase/dehydrase  39.01 
 
 		 145 aa  98.2  4e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.137857  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2750  cyclase/dehydrase  40.14 
 
 		 150 aa  97.4  7e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.258505  normal  0.0234305 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2050  cyclase/dehydrase superfamily  38.57 
 
 		 145 aa  97.1  9e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0938384  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1703  hypothetical protein  37.76 
 
 		 145 aa  96.3  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.656237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1278  cyclase/dehydrase  37.14 
 
 		 145 aa  96.7  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.775786  normal  0.639124 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5308  cyclase/dehydrase  37.14 
 
 		 145 aa  96.3  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.225873  normal  0.133474 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3008  hypothetical protein  35.81 
 
 		 145 aa  95.5  2e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00761479  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6079  cyclase/dehydrase  36.43 
 
 		 145 aa  95.9  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1998  cyclase/dehydrase  36.43 
 
 		 145 aa  95.9  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.315392  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2771  hypothetical protein  35.81 
 
 		 158 aa  95.9  2e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.117856  normal  0.130491 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2903  hypothetical protein  35.81 
 
 		 145 aa  95.5  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.247962  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2777  hypothetical protein  35.81 
 
 		 145 aa  95.1  3e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000964625  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3859  hypothetical protein  35.81 
 
 		 158 aa  95.1  3e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0524065  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02507  hypothetical protein  35.81 
 
 		 158 aa  94.7  4e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.1621  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1056  cyclase/dehydrase  35.81 
 
 		 158 aa  94.7  4e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.454837  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02471  hypothetical protein  35.81 
 
 		 158 aa  94.7  4e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.19522  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1065  hypothetical protein  35.81 
 
 		 158 aa  94.7  4e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.341298  normal  0.549802 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0473  hypothetical protein  36.36 
 
 		 154 aa  94.4  6e-19  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0246193  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3014  hypothetical protein  35.14 
 
 		 158 aa  92.8  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2900  hypothetical protein  35.14 
 
 		 158 aa  92.8  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2882  hypothetical protein  35.14 
 
 		 158 aa  92.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.194151 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2832  hypothetical protein  35.14 
 
 		 158 aa  92.8  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0555762  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2902  hypothetical protein  35.14 
 
 		 158 aa  92.8  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.51613 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0435  hypothetical protein  35.92 
 
 		 144 aa  92  3e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0964  cyclase/dehydrase  35.57 
 
 		 145 aa  91.7  3e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0411  hypothetical protein  35.92 
 
 		 144 aa  91.3  5e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3100  cyclase/dehydrase  33.56 
 
 		 146 aa  90.9  5e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2758  cyclase/dehydrase  36.88 
 
 		 148 aa  91.3  5e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01125  hypothetical protein  35.14 
 
 		 147 aa  90.9  7e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2004  cyclase/dehydrase  35.66 
 
 		 148 aa  90.5  8e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0398865  normal  0.691542 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1302  cyclase/dehydrase  35 
 
 		 145 aa  90.5  9e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.34428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2478  hypothetical protein  35.14 
 
 		 145 aa  89.7  1e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0202034  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3099  hypothetical protein  34.44 
 
 		 158 aa  90.1  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.31721  normal  0.377691 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1437  cyclase/dehydrase  36.84 
 
 		 166 aa  89  2e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00296077  hitchhiker  0.00000517245 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0527  cyclase/dehydrase  32.86 
 
 		 143 aa  88.2  4e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3301  cyclase/dehydrase  34 
 
 		 144 aa  88.2  4e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.642238  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1900  cyclase/dehydrase  37.31 
 
 		 129 aa  87  9e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1484  cyclase/dehydrase  34.23 
 
 		 148 aa  87  9e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.72758  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1860  cyclase/dehydrase  34.29 
 
 		 145 aa  86.3  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0553  hypothetical protein  33.81 
 
 		 154 aa  86.7  1e-16  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1529  cyclase/dehydrase  32.21 
 
 		 185 aa  86.7  1e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3221  cyclase/dehydrase  33.78 
 
 		 144 aa  85.9  2e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1425  cyclase/dehydrase  31.43 
 
 		 143 aa  85.5  2e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1366  cyclase/dehydrase  33.57 
 
 		 145 aa  85.9  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.17732  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004299  putative oligoketide cyclase/lipid transport protein  33.11 
 
 		 147 aa  85.5  3e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2018  cyclase/dehydrase  34.59 
 
 		 129 aa  85.1  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.444213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0505  hypothetical protein  32.43 
 
 		 175 aa  85.1  3e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1257  cyclase/dehydrase  36.17 
 
 		 146 aa  85.5  3e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0922177  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2551  cyclase/dehydrase  36.17 
 
 		 146 aa  85.5  3e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00422597 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1740  cyclase/dehydrase  32.43 
 
 		 143 aa  84.7  4e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01810  cyclase/dehydrase  32.21 
 
 		 146 aa  84.3  5e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000564706  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2892  hypothetical protein  33.11 
 
 		 144 aa  84.7  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000179242  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1457  cyclase/dehydrase  33.09 
 
 		 149 aa  84.3  6e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.35895 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1230  cyclase/dehydrase  35.33 
 
 		 145 aa  84  7e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>