More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4037 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010678  Rpic_4037  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
276 aa  544  1e-154  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.960786  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4149  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
276 aa  544  1e-154  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3278  ABC transporter related protein  61.13 
 
 
257 aa  296  3e-79  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000407876  normal  0.0335836 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0957  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.46 
 
 
274 aa  278  7e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.199065  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.68 
 
 
263 aa  275  8e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1200  transmembrane permease ABC transporter protein  56.4 
 
 
263 aa  274  1.0000000000000001e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.441856  normal  0.826922 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.28 
 
 
263 aa  274  1.0000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.629035  normal  0.968824 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2103  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  59.28 
 
 
263 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.153016  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2355  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  52.45 
 
 
274 aa  273  3e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214574  normal  0.0382396 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1832  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.7 
 
 
274 aa  270  2e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.146122 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2120  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.4 
 
 
263 aa  269  4e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0243564  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2274  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.19 
 
 
279 aa  261  8e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2336  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.62 
 
 
277 aa  260  2e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.544063  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3212  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.86 
 
 
271 aa  256  2e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.896165  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4882  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.36 
 
 
259 aa  255  5e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.947992  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1056  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.42 
 
 
266 aa  250  2e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.498595  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1432  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.42 
 
 
260 aa  249  4e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324199  normal  0.863766 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2746  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.94 
 
 
283 aa  247  1e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6067  ABC transporter permease  58.18 
 
 
261 aa  245  6e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3590  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.71 
 
 
262 aa  242  3.9999999999999997e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0261  ABC transporter, permease protein  54.42 
 
 
263 aa  242  6e-63  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.597346  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0285  ABC transporter, permease protein  53.54 
 
 
263 aa  239  4e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.45 
 
 
264 aa  232  6e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.440017  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2256  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.87 
 
 
268 aa  230  2e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3334  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  53.18 
 
 
265 aa  219  3e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.227064  normal  0.190195 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5061  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.21 
 
 
293 aa  215  5e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.877762  normal  0.739003 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.4 
 
 
302 aa  215  7e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.033554  normal  0.953446 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2107  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.24 
 
 
265 aa  215  7e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.970819 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5341  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.13 
 
 
293 aa  208  6e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.7364 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3961  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.51 
 
 
287 aa  206  3e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3514  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.86 
 
 
295 aa  203  2e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.739127  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3330  ABC transporter membrane spanning protein  40.38 
 
 
295 aa  204  2e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.730487  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1531  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.73 
 
 
295 aa  200  1.9999999999999998e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2678  ABC transporter, permease protein  45.12 
 
 
285 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0051  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.9 
 
 
282 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0253  ABC transporter, permease protein  45.12 
 
 
282 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.735185  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0037  ABC transporter, permease protein  45.71 
 
 
259 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0038  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.9 
 
 
285 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.090458  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.9 
 
 
285 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3274  ABC transporter, permease protein  45.12 
 
 
282 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1853  ABC transporter, permease protein  45.12 
 
 
282 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.989072  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0040  ABC transporter, permease protein  45.12 
 
 
282 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0040  ABC transporter, permease protein  45.12 
 
 
282 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.522623  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2699  ABC transporter, permease protein  45.12 
 
 
282 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3216  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  44.72 
 
 
285 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0034  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.82 
 
 
285 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.31 
 
 
285 aa  198  9e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.08 
 
 
294 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0684117  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0033  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.31 
 
 
282 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.589022  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4033  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.2 
 
 
287 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.753159  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0493  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  45.73 
 
 
287 aa  196  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.114665  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0950  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.32 
 
 
283 aa  181  1e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.616045  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4522  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.64 
 
 
329 aa  175  9e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2962  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.6 
 
 
280 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0794658  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0231  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.2 
 
 
271 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2561  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.2 
 
 
279 aa  155  6e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2524  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.8 
 
 
279 aa  154  1e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.667278  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.8 
 
 
279 aa  154  1e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.568124  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1181  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.71 
 
 
271 aa  143  3e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2295  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.17 
 
 
272 aa  142  7e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5801  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.84 
 
 
290 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2777  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.82 
 
 
292 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2784  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.09 
 
 
269 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.92 
 
 
281 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000218671  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2574  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.71 
 
 
270 aa  136  3.0000000000000003e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1306  ABC transporter, permease component  32.92 
 
 
286 aa  135  9e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.334764  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2511  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.76 
 
 
266 aa  135  9e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.05 
 
 
280 aa  134  1.9999999999999998e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.615395  normal  0.42897 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11490  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.56 
 
 
278 aa  133  3e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000965537  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4556  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.42 
 
 
267 aa  132  5e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.61 
 
 
273 aa  130  3e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0622  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.33 
 
 
257 aa  130  3e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3131  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
281 aa  129  4.0000000000000003e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.71 
 
 
283 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.894639  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0589  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.56 
 
 
269 aa  129  5.0000000000000004e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.39 
 
 
273 aa  128  9.000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0879  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.84 
 
 
274 aa  127  3e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00112224  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1380  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  34.06 
 
 
277 aa  125  6e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.153307 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1834  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.25 
 
 
268 aa  125  9e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.101401  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2712  sulfonate ABC transporter permease  34.18 
 
 
282 aa  125  1e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2920  sulfonate ABC transporter permease protein  34.18 
 
 
282 aa  125  1e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0981  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  31.74 
 
 
279 aa  124  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0770  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.77 
 
 
273 aa  124  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.86 
 
 
273 aa  123  3e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3181  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.66 
 
 
277 aa  123  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0283642  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1261  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.86 
 
 
273 aa  123  3e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.306936 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7629  putative ABC transporter permease protein  29.69 
 
 
282 aa  122  6e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.262472  normal  0.441686 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.47 
 
 
269 aa  122  7e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.363458 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6360  putative sulfonate ABC transporter, permease protein  34.35 
 
 
267 aa  122  8e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.821284  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3299  putative sulfonate ABC transporter, permease protein  32.03 
 
 
286 aa  122  9e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.201269  normal  0.262094 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1369  ABC transporter membrane protein  30.12 
 
 
272 aa  121  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0458182 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2638  ABC sulfonate transporter, inner membrane subunit  29.83 
 
 
279 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0950643  hitchhiker  0.0000361652 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19510  ABC transporter permease  29.67 
 
 
274 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1211  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.25 
 
 
273 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.132759  normal  0.452833 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0246  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.47 
 
 
279 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0570948  normal  0.0921514 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.64 
 
 
289 aa  119  6e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.276752  normal  0.204471 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0926  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.86 
 
 
249 aa  119  6e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.04587  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2959  sulfonate ABC transporter, permease protein, putative  33.86 
 
 
284 aa  119  7e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.132224  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0231  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.03 
 
 
279 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.33405  hitchhiker  0.000710194 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.38 
 
 
263 aa  118  9.999999999999999e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>