More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1200 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc1200  transmembrane permease ABC transporter protein  100 
 
 
263 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.441856  normal  0.826922 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  94.3 
 
 
263 aa  492  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.629035  normal  0.968824 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  94.68 
 
 
263 aa  493  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2120  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  87.07 
 
 
263 aa  444  1.0000000000000001e-124  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0243564  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2103  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  85.93 
 
 
263 aa  427  1e-118  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.153016  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2274  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.07 
 
 
279 aa  406  1.0000000000000001e-112  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2336  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  75.46 
 
 
277 aa  403  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.544063  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2355  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  76.38 
 
 
274 aa  392  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214574  normal  0.0382396 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1832  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  75.65 
 
 
274 aa  387  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.146122 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0957  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.36 
 
 
274 aa  384  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.199065  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2746  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.84 
 
 
283 aa  379  1e-104  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3278  ABC transporter related protein  63.14 
 
 
257 aa  290  2e-77  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000407876  normal  0.0335836 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4882  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.46 
 
 
259 aa  285  4e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.947992  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0261  ABC transporter, permease protein  62.1 
 
 
263 aa  280  2e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.597346  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1056  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.53 
 
 
266 aa  280  2e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.498595  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2256  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.37 
 
 
268 aa  278  5e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1432  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.2 
 
 
260 aa  278  6e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324199  normal  0.863766 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0285  ABC transporter, permease protein  61.29 
 
 
263 aa  277  1e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3590  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.89 
 
 
262 aa  275  5e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4037  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.4 
 
 
276 aa  274  1.0000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.960786  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4149  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.4 
 
 
276 aa  274  1.0000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3212  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.64 
 
 
271 aa  269  4e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.896165  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.99 
 
 
264 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.440017  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6067  ABC transporter permease  61.88 
 
 
261 aa  252  4.0000000000000004e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2107  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.94 
 
 
265 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.970819 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3334  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  56.37 
 
 
265 aa  231  6e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.227064  normal  0.190195 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3330  ABC transporter membrane spanning protein  44.53 
 
 
295 aa  211  1e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.730487  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5061  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44 
 
 
293 aa  204  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.877762  normal  0.739003 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5341  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44 
 
 
293 aa  203  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.7364 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3514  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.75 
 
 
295 aa  201  8e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.739127  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1531  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.61 
 
 
295 aa  197  1.0000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2678  ABC transporter, permease protein  46.12 
 
 
285 aa  191  7e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2699  ABC transporter, permease protein  46.12 
 
 
282 aa  191  8e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0253  ABC transporter, permease protein  46.12 
 
 
282 aa  191  8e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.735185  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3961  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.93 
 
 
287 aa  191  8e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0040  ABC transporter, permease protein  46.12 
 
 
282 aa  191  8e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.522623  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3274  ABC transporter, permease protein  46.12 
 
 
282 aa  191  8e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1853  ABC transporter, permease protein  46.12 
 
 
282 aa  191  8e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.989072  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0040  ABC transporter, permease protein  46.12 
 
 
282 aa  191  8e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0037  ABC transporter, permease protein  46.12 
 
 
259 aa  191  1e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0038  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.31 
 
 
285 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.090458  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.31 
 
 
285 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0051  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.31 
 
 
282 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.71 
 
 
285 aa  188  8e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0033  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.71 
 
 
282 aa  188  8e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.589022  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0034  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.31 
 
 
285 aa  187  1e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3216  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  45.71 
 
 
285 aa  186  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0493  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  47.01 
 
 
287 aa  185  5e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.114665  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4033  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.01 
 
 
287 aa  186  5e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.753159  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.29 
 
 
302 aa  181  8.000000000000001e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.033554  normal  0.953446 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.31 
 
 
294 aa  177  2e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0684117  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0950  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.4 
 
 
283 aa  169  3e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.616045  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4522  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.08 
 
 
329 aa  161  1e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0231  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
271 aa  149  4e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2962  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.58 
 
 
280 aa  145  4.0000000000000006e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0794658  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0622  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.24 
 
 
257 aa  144  1e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2561  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.73 
 
 
279 aa  135  5e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2524  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.29 
 
 
279 aa  135  9e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.667278  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.29 
 
 
279 aa  135  9e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.568124  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0926  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38 
 
 
249 aa  132  5e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.04587  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2777  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.27 
 
 
292 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.24 
 
 
281 aa  129  4.0000000000000003e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000218671  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1181  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.67 
 
 
271 aa  129  4.0000000000000003e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2295  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.32 
 
 
272 aa  127  1.0000000000000001e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0589  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.78 
 
 
269 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1169  putative ABC transporter permease protein  33.59 
 
 
279 aa  126  3e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7629  putative ABC transporter permease protein  34.35 
 
 
282 aa  125  7e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.262472  normal  0.441686 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.5 
 
 
257 aa  123  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116723  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0033  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
243 aa  122  5e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2784  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.94 
 
 
269 aa  122  6e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.15 
 
 
254 aa  122  6e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.63161  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1834  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.31 
 
 
268 aa  122  7e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.101401  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1306  ABC transporter, permease component  33.75 
 
 
286 aa  119  3e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.334764  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5801  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  29.18 
 
 
290 aa  120  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3131  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.02 
 
 
281 aa  120  3e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0770  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.17 
 
 
273 aa  119  6e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4887  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.65 
 
 
267 aa  117  3e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06840  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system permease component  32.88 
 
 
266 aa  116  5e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.73 
 
 
283 aa  115  6e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.894639  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.35 
 
 
274 aa  115  6.9999999999999995e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.240571  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0211  ABC transporter, permease protein  32.42 
 
 
258 aa  115  7.999999999999999e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0879  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.23 
 
 
274 aa  115  7.999999999999999e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00112224  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.84 
 
 
273 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0202  ABC transporter, permease protein  32.42 
 
 
258 aa  115  8.999999999999998e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000865  hydroxymethylpyrimidine ABC transporter transmembrane component  32.88 
 
 
266 aa  114  1.0000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11490  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.2 
 
 
278 aa  114  1.0000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000965537  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3598  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  30.84 
 
 
285 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.330128 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3099  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.33 
 
 
261 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.578785 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0797  ABC transporter, permease protein, putative  29.79 
 
 
250 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3181  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.92 
 
 
277 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0283642  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0278  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.1 
 
 
258 aa  113  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6300  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.16 
 
 
272 aa  113  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2127  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.38 
 
 
255 aa  113  3e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.427162 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.45 
 
 
253 aa  113  3e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21600  aliphatic sulfonates ABC transporter, inner membrane component  28.15 
 
 
284 aa  112  4.0000000000000004e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3118  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.38 
 
 
284 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4580  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.88 
 
 
257 aa  112  5e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2712  sulfonate ABC transporter permease  31.25 
 
 
282 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2920  sulfonate ABC transporter permease protein  31.25 
 
 
282 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0981  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  28.92 
 
 
279 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>