More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3720 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_4797  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 242 aa  483  1e-135  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.421077  normal  0.182797 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3720  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 242 aa  483  1e-135  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00123836  normal  0.552774 
 
 
-
 
NC_003296  RS00713  transcription regulator protein  89.67 
 
 		 242 aa  426  1e-118  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000339699  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2215  transcriptional regulator, GntR family  30.89 
 
 		 270 aa  92.8  5e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.587929  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0204  GntR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 249 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.168827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0630  GntR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 255 aa  90.5  2e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1723  transcriptional regulator, GntR family  29.74 
 
 		 246 aa  83.6  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 243 aa  84  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1804  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 246 aa  84.3  0.000000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.582068 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0953  transcriptional regulator, GntR family  29.07 
 
 		 244 aa  83.2  0.000000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0129  UbiC transcription regulator-associated domain protein  30.62 
 
 		 579 aa  82.8  0.000000000000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.625714 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5014  GntR family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 249 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.153895  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34880  GntR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 249 aa  82  0.000000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000127927  normal  0.954426 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0267  GntR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 248 aa  81.6  0.00000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 248 aa  81.3  0.00000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 243 aa  81.3  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 243 aa  81.3  0.00000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 243 aa  81.3  0.00000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 243 aa  81.3  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05542  putative DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  27.87 
 
 		 273 aa  79.7  0.00000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0364359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2860  GntR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 249 aa  79.3  0.00000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.747318  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7288  putative transcriptional regulator, GntR family  32.31 
 
 		 249 aa  79.3  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.767574 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1299  GntR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 258 aa  79  0.00000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5286  GntR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 256 aa  78.6  0.00000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0794477 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3960  transcriptional regulator, GntR family  28.46 
 
 		 278 aa  78.6  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.130566  normal  0.0173208 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3846  transcriptional regulator, GntR family  28.46 
 
 		 278 aa  78.6  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00362277  normal  0.959313 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6106  GntR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 256 aa  78.6  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.744386  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1971  GntR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 256 aa  78.6  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1903  GntR family transcriptional regulator  25 
 
 		 239 aa  77.8  0.0000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.629939  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3164  GntR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 248 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.61715  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  27.97 
 
 		 243 aa  77.8  0.0000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1638  GntR family transcriptional regulator  25 
 
 		 239 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2866  GntR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 251 aa  77.4  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1431  transcriptional regulator, GntR family  30.14 
 
 		 270 aa  77  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1995  GntR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 256 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.795702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4840  GntR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 270 aa  75.9  0.0000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4355  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  29.68 
 
 		 256 aa  75.9  0.0000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.250836 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2122  transcriptional regulator, GntR family  30.21 
 
 		 244 aa  75.9  0.0000000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2752  GntR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 225 aa  75.9  0.0000000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.792581  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2757  transcriptional regulator, GntR family  24.26 
 
 		 245 aa  75.1  0.000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3895  GntR family transcriptional regulator  24.47 
 
 		 238 aa  74.7  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2792  GntR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 284 aa  74.7  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.120812 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1251  GntR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 245 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.116745  normal  0.0613053 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6155  GntR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 244 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.272713  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5116  transcriptional regulator, GntR family  24.69 
 
 		 238 aa  73.9  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.391901 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5259  transcriptional regulator, GntR family  29.77 
 
 		 254 aa  73.9  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2911  GntR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 242 aa  73.9  0.000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.786212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0016  GntR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 248 aa  73.9  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1196  GntR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 248 aa  74.3  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1959  GntR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 256 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.622516  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1886  GntR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 256 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.255199  normal  0.682445 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2570  transcriptional regulator, GntR family  25.44 
 
 		 241 aa  72.8  0.000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000448817  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2205  GntR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 278 aa  73.2  0.000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1409  transcriptional regulator, GntR family  30.17 
 
 		 252 aa  72.8  0.000000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3318  transcriptional regulator, GntR family  29.27 
 
 		 252 aa  72.8  0.000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000065866  hitchhiker  0.00380995 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2626  transcriptional regulator, GntR family  23.36 
 
 		 256 aa  72.8  0.000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000663973  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2282  transcriptional regulator, GntR family  28.51 
 
 		 262 aa  72.4  0.000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.557929  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4192  GntR family transcriptional regulator  24.47 
 
 		 238 aa  72.4  0.000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2551  transcriptional regulator, GntR family  27.63 
 
 		 242 aa  72.4  0.000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.321871  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4049  GntR family transcriptional regulator  24.47 
 
 		 238 aa  72  0.000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.855147  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0020  transcriptional regulator, GntR family  24.47 
 
 		 238 aa  72  0.000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0019  GntR family transcriptional regulator  24.47 
 
 		 238 aa  72  0.000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4235  transcriptional regulator, GntR family  24.47 
 
 		 238 aa  72  0.000000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4094  transcriptional regulator, GntR family  29.26 
 
 		 261 aa  72  0.000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7380  putative transcriptional regulator, GntR family  31.88 
 
 		 251 aa  72  0.000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.92051  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4206  transcriptional regulator, GntR family  29.26 
 
 		 261 aa  72  0.000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2477  GntR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 244 aa  72  0.000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.698104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2142  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 		 260 aa  72  0.000000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2885  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 244 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.790974  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2586  transcriptional regulator, GntR family  31.15 
 
 		 241 aa  71.2  0.00000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0534  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 244 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.237769  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1450  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 244 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1997  transcription regulator protein  28.76 
 
 		 274 aa  70.9  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.38113  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3168  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 244 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2878  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 244 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0720  GntR family regulatory protein  31.82 
 
 		 244 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.035737  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7245  GntR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 286 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.375803  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2743  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 244 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.927097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0958  transcriptional regulator, GntR family  27.47 
 
 		 246 aa  70.5  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000412  transcriptional regulator of succinyl CoA synthetase operon  25.24 
 
 		 235 aa  70.9  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0551  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 244 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0138  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 244 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.417671  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  26.18 
 
 		 247 aa  70.1  0.00000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1664  GntR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 240 aa  70.5  0.00000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00697714  normal  0.132461 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34690  transcriptional regulator, GntR family  26.96 
 
 		 244 aa  69.7  0.00000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0368161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2738  GntR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 239 aa  69.3  0.00000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0791  transcriptional regulator, GntR family  26.25 
 
 		 261 aa  69.3  0.00000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1749  transcriptional regulator, GntR family  29.7 
 
 		 249 aa  69.3  0.00000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.37809  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1926  GntR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 270 aa  68.9  0.00000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1802  GntR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 264 aa  68.9  0.00000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0871111  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0801  transcriptional regulator, GntR family  26.29 
 
 		 238 aa  68.6  0.00000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.912886  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6857  transcriptional regulator, GntR family  27.52 
 
 		 266 aa  68.6  0.00000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.314897 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0446  GntR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 244 aa  68.6  0.00000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2212  GntR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 244 aa  68.6  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.189171  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2825  GntR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 244 aa  68.6  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.214074  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1312  GntR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 243 aa  68.6  0.00000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.483973 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0836  GntR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 246 aa  68.6  0.00000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.840865  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2836  GntR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 244 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4156  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 244 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0239  transcriptional regulator, GntR family  26.05 
 
 		 242 aa  68.2  0.0000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>