61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_6002 on replicon NC_007971
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013422  Hneap_1205  transposase Tn3 family protein  90.96 
 
 		 2967 bp  854    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1575    100 
 
 		 1881 bp  1338    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2345  transposase Tn3 family protein  90.52 
 
 		 2967 bp  831    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2145  transposase Tn3 family protein  91.7 
 
 		 2967 bp  894    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0052  Tn3 family transposase  92.15 
 
 		 2967 bp  918    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.469648 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1495  transposase Tn3  91.56 
 
 		 2967 bp  886    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.487839 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6002    100 
 
 		 675 bp  1338    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6179  TnpA transposase Tn4380 mercury transposon Tn3 family  100 
 
 		 2967 bp  1338    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.646837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6188  transposase Tn3  89.68 
 
 		 2970 bp  785    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.480567  hitchhiker  0.0000297094 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2317  transposase Tn3  91.51 
 
 		 1020 bp  678    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000027108  hitchhiker  0.0000324498 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0124  Tn3 family transposase  100 
 
 		 2967 bp  1338    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.906843 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4474  transposase Tn6050  100 
 
 		 2967 bp  1338    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.199867  decreased coverage  0.00670356 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4598  transposase Tn6050  100 
 
 		 2967 bp  1338    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0210751  hitchhiker  0.00941907 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1297    91.51 
 
 		 1016 bp  678    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.76445 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4318  transposase Tn3 family protein  92.3 
 
 		 2895 bp  926    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5050  TnpA family transposase  90.95 
 
 		 795 bp  628  1e-178  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3347  transposase Tn3  90.95 
 
 		 486 bp  615  9.999999999999999e-175  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.0077216  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3476    86.96 
 
 		 2978 bp  593  1e-167  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0141  transposon Tn21 transposase TnpA  86.1 
 
 		 2973 bp  585  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0036  Tn3 family transposase  86.1 
 
 		 2973 bp  585  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.296904 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2143    90.77 
 
 		 444 bp  555  1e-156  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1913  transposase Tn3 family protein  85.25 
 
 		 2973 bp  547  1e-153  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3845  transposase Tn3 family protein  85.25 
 
 		 2973 bp  547  1e-153  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3828  transposase Tn3 family protein  85.25 
 
 		 2973 bp  547  1e-153  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2998  transposase Tn3  85.25 
 
 		 2268 bp  547  1e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.645323 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1257  transposase Tn3 family protein  85.1 
 
 		 2973 bp  539  1e-151  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2679  transposase Tn3 family protein  85.1 
 
 		 2973 bp  539  1e-151  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.669766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0030  transposase  86.68 
 
 		 1821 bp  466  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000301486  normal  0.581594 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0035  transposase  86.68 
 
 		 768 bp  466  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.401081  normal  0.351265 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5337  transposase  86.68 
 
 		 2967 bp  466  1e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0150  Tn1721 transposase  86.68 
 
 		 933 bp  466  1e-129  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.751061 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0157    86.71 
 
 		 1755 bp  468  1e-129  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.336177  normal  0.717019 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2321  transposase Tn3 family protein  84.93 
 
 		 2967 bp  458  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.801463  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1576  transposase  89.25 
 
 		 612 bp  452  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0122395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1409    90.66 
 
 		 765 bp  412  1e-113  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.778302  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0630  transposase Tn3 family protein  87.92 
 
 		 2967 bp  398  1e-109  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3983  transposase Tn3 family protein  87.92 
 
 		 2967 bp  398  1e-109  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.948733  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15410    100 
 
 		 201 bp  398  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  9.49822e-18  unclonable  4.892999999999999e-22 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2295    84.57 
 
 		 1066 bp  394  1e-107  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0230482  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0167  ISSod9, transposase  81.03 
 
 		 2967 bp  315  9e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0016  ISSod9, transposase  81.03 
 
 		 2967 bp  315  9e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5790  transposase Tn3 family protein  86.42 
 
 		 3048 bp  274  2.9999999999999997e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0010  Tn3 family transposase  80.84 
 
 		 2970 bp  220  4e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1488  hypothetical protein  94.21 
 
 		 168 bp  184  2e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0200539  normal  0.398384 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1331  hypothetical protein  92.38 
 
 		 144 bp  137  5e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1120    89.89 
 
 		 811 bp  105  2e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1039  hypothetical protein  92.31 
 
 		 93 bp  89.7  0.000000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5432  transposase Tn3 family protein  79.46 
 
 		 2958 bp  79.8  0.0000000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.478575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4458  transposase Tn3 family protein  83.19 
 
 		 2967 bp  73.8  0.00000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.386666  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4289  transposase Tn3 family protein  83.19 
 
 		 2967 bp  73.8  0.00000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4189  transposase Tn3 family protein  83.19 
 
 		 2967 bp  73.8  0.00000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.346248  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0914  hypothetical protein  84.38 
 
 		 162 bp  71.9  0.0000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0355  transposase  86.49 
 
 		 675 bp  67.9  0.000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010727  Mpop_5425  transposase Tn3 family protein  93.33 
 
 		 2979 bp  65.9  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5458  hypothetical protein  93.33 
 
 		 2979 bp  65.9  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15420    100 
 
 		 165 bp  60  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  4.98117e-18  unclonable  4.51223e-22 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2055  hypothetical protein  93.33 
 
 		 132 bp  58  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3844  hypothetical protein  87.04 
 
 		 495 bp  52  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5092  transposase Tn3 family protein  86.21 
 
 		 2952 bp  52  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4554  transposase Tn3  91.67 
 
 		 2976 bp  48.1  0.003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4378  transposase Tn3  91.67 
 
 		 2976 bp  48.1  0.003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>