More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2478 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_0954  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  59.07 
 
 
573 aa  652    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2478  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding protein  100 
 
 
585 aa  1164    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3594  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  58.13 
 
 
574 aa  652    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2104  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  53.79 
 
 
588 aa  600  1e-170  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.444225 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1073  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  54.53 
 
 
586 aa  572  1.0000000000000001e-162  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0677257  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1015  thiamine pyrophosphate enzyme  53.92 
 
 
586 aa  569  1e-161  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.661723  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1076  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  53.68 
 
 
586 aa  568  1e-160  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.244575  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0296  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  36.35 
 
 
568 aa  300  3e-80  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.414678  normal  0.470316 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0553  hypothetical protein  36.81 
 
 
553 aa  299  1e-79  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.000755623  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4120  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  31.9 
 
 
568 aa  298  2e-79  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4360  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  32.42 
 
 
640 aa  291  2e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0493016 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5210  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  36.35 
 
 
549 aa  291  3e-77  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1207  hypothetical protein  34.96 
 
 
540 aa  290  7e-77  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1089  thiamine pyrophosphate protein central region  38.1 
 
 
550 aa  288  2e-76  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8313  putative acetolactate synthase  33.97 
 
 
550 aa  287  4e-76  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.387847 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1100  hypothetical protein  34.38 
 
 
540 aa  287  5e-76  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.575745  normal  0.0877269 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2914  thiamine pyrophosphate protein domain-containing protein  34.6 
 
 
548 aa  286  7e-76  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.540468  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7728  hypothetical protein  35.53 
 
 
559 aa  273  8.000000000000001e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11850  hypothetical protein  34.66 
 
 
547 aa  270  5.9999999999999995e-71  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0544  acetolactate synthase-like TPP-requiring enzyme  34.22 
 
 
586 aa  265  1e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00261466 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1710  hypothetical protein  34.9 
 
 
551 aa  259  7e-68  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2028  putative acetolactate synthase (acetohydroxy-acid synthase) (ALS), TPP-requiring enzyme  34.32 
 
 
570 aa  243  7e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1073  thiamine pyrophosphate enzyme, central region  30.82 
 
 
847 aa  196  9e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1326  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  29.76 
 
 
557 aa  194  5e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2188  thiamine pyrophosphate protein central region  30.32 
 
 
847 aa  189  2e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.941679 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0112  thiamine pyrophosphate domain protein TPP-binding  29.79 
 
 
582 aa  186  8e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.246122  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10119  putative oxalyl-CoA decarboxylase  31.16 
 
 
582 aa  180  5.999999999999999e-44  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3892  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  31.27 
 
 
550 aa  174  5.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.289685  normal  0.0243729 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00825  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  25.76 
 
 
574 aa  173  7.999999999999999e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1296  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  27.18 
 
 
563 aa  172  1e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3075  acetolactate synthase, large subunit  25.51 
 
 
566 aa  172  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.843153  hitchhiker  0.00877617 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2332  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  31.77 
 
 
588 aa  172  2e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.428788  normal  0.0160517 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3108  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  27.99 
 
 
571 aa  171  3e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1242  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.83 
 
 
563 aa  170  7e-41  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0519918 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2293  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  31.59 
 
 
570 aa  170  7e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2340  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  31.59 
 
 
570 aa  170  7e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.425304 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2482  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.28 
 
 
561 aa  170  8e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.246138  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1070  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  29.32 
 
 
558 aa  170  8e-41  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0531725  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3155  thiamine pyrophosphate-requiring enzyme  31.1 
 
 
550 aa  169  1e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001649  acetolactate synthase large subunit  25.38 
 
 
574 aa  169  1e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.546971  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0527  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  25.76 
 
 
608 aa  168  2.9999999999999998e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.372461 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0522  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  25.76 
 
 
570 aa  168  2.9999999999999998e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.96739  normal  0.011615 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5983  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  34.3 
 
 
541 aa  167  4e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.946895 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0609  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  26.4 
 
 
599 aa  167  5e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1592  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.02 
 
 
569 aa  167  6.9999999999999995e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1909  acetolactate synthase large subunit, biosynthetic type  27.85 
 
 
561 aa  167  6.9999999999999995e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000425472  hitchhiker  0.0000717525 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2401  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  27.55 
 
 
558 aa  166  8e-40  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1631  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  28.82 
 
 
559 aa  166  1.0000000000000001e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0605  acetolactate synthase, large subunit  25.56 
 
 
567 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.102703 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2267  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  27.12 
 
 
549 aa  164  3e-39  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.158148 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2077  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  25.82 
 
 
585 aa  164  4.0000000000000004e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2256  acetolactate synthase, large subunit  28.25 
 
 
560 aa  164  4.0000000000000004e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4165  acetolactate synthase 2 catalytic subunit  27.56 
 
 
557 aa  164  5.0000000000000005e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1170  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  25 
 
 
583 aa  164  6e-39  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2228  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  25.77 
 
 
585 aa  163  6e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.635342 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1714  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  24.7 
 
 
570 aa  163  7e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1850  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  24.7 
 
 
570 aa  163  7e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0722574  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1888  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  24.7 
 
 
570 aa  163  7e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3430  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  25.89 
 
 
574 aa  163  7e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.646845  normal  0.0217288 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2502  putative oxalyl-CoA decarboxylase  27.5 
 
 
581 aa  163  7e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0637  putative oxalyl-CoA decarboxylase  25.99 
 
 
569 aa  163  9e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0748  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  26.62 
 
 
572 aa  162  1e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.651563  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1905  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  25.77 
 
 
585 aa  163  1e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.239635  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1691  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  24.7 
 
 
570 aa  162  1e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0223  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  27.54 
 
 
552 aa  162  1e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.387939  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08870  acetolactate synthase 1 catalytic subunit  27.38 
 
 
620 aa  162  2e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3322  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  26.46 
 
 
607 aa  162  2e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.437675  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1953  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.39 
 
 
598 aa  162  2e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1547  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  27.66 
 
 
569 aa  162  2e-38  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.272513  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2706  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  25.26 
 
 
573 aa  162  2e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1769  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.39 
 
 
598 aa  161  3e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.712951  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2893  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.35 
 
 
592 aa  161  4e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0020584 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0741  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  25.65 
 
 
573 aa  160  4e-38  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0624  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  26.03 
 
 
574 aa  161  4e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.146468 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0608  acetolactate synthase large subunit biosynthetic type  25.48 
 
 
566 aa  160  5e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2317  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  25.38 
 
 
594 aa  160  5e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.251422  normal  0.549514 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2059  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  25.17 
 
 
573 aa  160  5e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0929  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.39 
 
 
619 aa  160  6e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2503  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  25.63 
 
 
566 aa  160  6e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000132944  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5585  putative oxalyl-CoA decarboxylase  28.23 
 
 
581 aa  160  6e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3813  acetolactate synthase catalytic subunit  26.76 
 
 
554 aa  160  8e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3624  acetolactate synthase catalytic subunit  26.33 
 
 
554 aa  160  8e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0902  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.39 
 
 
619 aa  160  8e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0770  acetolactate synthase  26.08 
 
 
562 aa  160  8e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0281  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.06 
 
 
554 aa  159  1e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1369  putative oxalyl-CoA decarboxylase  27.13 
 
 
583 aa  159  1e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1209  putative oxalyl-CoA decarboxylase  27.13 
 
 
583 aa  159  1e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.32462 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1905  acetolactate synthase large subunit biosynthetic type  26.12 
 
 
573 aa  159  1e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3230  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.66 
 
 
644 aa  159  1e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1046  acetolactate synthase  25.73 
 
 
562 aa  159  1e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0405645  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1203  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  25.85 
 
 
584 aa  158  2e-37  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0125  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  25.34 
 
 
584 aa  158  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0451  acetolactate synthase, large subunit  26.43 
 
 
549 aa  159  2e-37  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0772  acetolactate synthase  25.91 
 
 
565 aa  158  2e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1662  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  25.86 
 
 
564 aa  159  2e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0153  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.2 
 
 
562 aa  158  2e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0209009 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0771  acetolactate synthase  25.91 
 
 
565 aa  158  3e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4127  acetolactate synthase catalytic subunit  26.87 
 
 
562 aa  158  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0218  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  24.83 
 
 
588 aa  158  3e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0158938 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2119  acetolactate synthase, large subunit  24.53 
 
 
568 aa  158  3e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.712969  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>