More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0119 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0119  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  584  1e-166  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3048  LysR family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 290 aa  192  7e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3282  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 294 aa  158  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.355799  normal  0.889807 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3637  transcriptional regulator, LysR family  40.36 
 
 		 299 aa  155  9e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.360851 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 304 aa  150  3e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6038  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 330 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.904291  normal  0.627469 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 305 aa  149  4e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6151  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 330 aa  149  7e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.410647  normal  0.467276 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5786  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 330 aa  149  7e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5808  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 296 aa  148  8e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2267  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 302 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000460407  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4553  hypothetical protein  34.64 
 
 		 302 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8482  transcriptional regulator, LysR family  35.05 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736171  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.76 
 
 		 328 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.55 
 
 		 300 aa  146  5e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4077  LysR family transcriptional regulator  37.94 
 
 		 291 aa  145  7.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.34 
 
 		 321 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.76 
 
 		 329 aa  145  9e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.76 
 
 		 329 aa  145  9e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.76 
 
 		 329 aa  145  9e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 310 aa  144  1e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.34 
 
 		 321 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.34 
 
 		 321 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.34 
 
 		 320 aa  144  1e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6631  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 343 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.34 
 
 		 321 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6082  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 329 aa  145  1e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.34 
 
 		 321 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.34 
 
 		 321 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.34 
 
 		 321 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.11 
 
 		 323 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.11 
 
 		 328 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5904  LysR family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 324 aa  143  4e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0325  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.59 
 
 		 320 aa  143  4e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4524  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 308 aa  142  5e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 310 aa  142  6e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7705  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 317 aa  142  6e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.728095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 305 aa  142  6e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 305 aa  142  6e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4030  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 310 aa  142  8e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14280  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 298 aa  142  9e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.560719  normal  0.445591 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0187  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.54 
 
 		 320 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.163484  normal  0.742641 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.52 
 
 		 294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3945  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 303 aa  140  3e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.656157  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.16 
 
 		 294 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01684  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.55 
 
 		 313 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0181  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.19 
 
 		 320 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.23 
 
 		 293 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0058  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.06 
 
 		 297 aa  139  4.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1265  putative transcriptional regulator  37.33 
 
 		 298 aa  139  6e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.42 
 
 		 348 aa  139  6e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0994  transcriptional regulator, LysR family  35.55 
 
 		 327 aa  139  7e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414086  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 302 aa  139  7e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.83 
 
 		 293 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.83 
 
 		 293 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.83 
 
 		 293 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.52 
 
 		 294 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2329  LysR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 288 aa  137  2e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.52 
 
 		 294 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0669  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 		 309 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.15 
 
 		 309 aa  136  4e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.16 
 
 		 294 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5716  transcriptional regulator LysR family  34.52 
 
 		 299 aa  136  4e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340323  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2456  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 318 aa  136  5e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  32.77 
 
 		 305 aa  136  5e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.16 
 
 		 294 aa  136  5e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0304  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 294 aa  135  6.0000000000000005e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 296 aa  135  7.000000000000001e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  33.81 
 
 		 300 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1251  LysR family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 300 aa  135  9e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.255094 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1165  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 300 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711876  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3881  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0449  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.038969  normal  0.109175 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0481  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.81 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1528  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 288 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2532  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.63 
 
 		 301 aa  133  3e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.949132 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4044  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 330 aa  132  5e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.832658 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4008  transcriptional regulator, LysR family  32.5 
 
 		 292 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2804  transcriptional regulator, LysR family  34.51 
 
 		 301 aa  132  9e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.860406  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4494  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5664  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 306 aa  132  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0318296 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3688  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 300 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292486  normal  0.608026 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5641  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 309 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1418  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.380241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1887  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 295 aa  131  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 310 aa  130  2.0000000000000002e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0921  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 315 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0998  LysR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 290 aa  130  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.72 
 
 		 306 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0106  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 294 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1466  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2729  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 323 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.270725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 326 aa  130  3e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 310 aa  130  3e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>