271 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0999 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0999  putative periplasmic cytochrome type-c oxidoreductase signal peptide protein  100 
 
 		 115 aa  234  3e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.209116  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0930  cytochrome c class I  76.23 
 
 		 122 aa  178  2e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.308919  normal  0.54377 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0865  cytochrome c class I  76.23 
 
 		 122 aa  176  8e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.394911  normal  0.438525 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1024  cytochrome c, class I  69.57 
 
 		 115 aa  163  5.9999999999999996e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.462828  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0987  cytochrome c, class I  70.43 
 
 		 114 aa  157  4e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.13289 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2100  cytochrome c class I  70.59 
 
 		 126 aa  154  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.215456 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0907  putative periplasmic cytochrome type-c oxidoreductase signal peptide protein  61.74 
 
 		 121 aa  153  7e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.153679  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2878  cytochrome c class I  59.5 
 
 		 219 aa  141  3e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3555  cytochrome c, class I  58.68 
 
 		 219 aa  140  6e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.411936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2370  cytochrome c, class I  67 
 
 		 119 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.16283  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2250  cytochrome c class I  67 
 
 		 119 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.792334 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1223  cytochrome c, class I  61.26 
 
 		 221 aa  137  3e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.153054  normal  0.842605 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5673  cytochrome c, class I  66 
 
 		 119 aa  137  6e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3951  cytochrome c, class I  70.59 
 
 		 221 aa  136  8.999999999999999e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.2644 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2354  cytochrome c class I  65 
 
 		 119 aa  136  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.408751 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1719  cytochrome c, class I  65 
 
 		 119 aa  136  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.355431  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2331  cytochrome c, class I  65 
 
 		 119 aa  136  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2356  cytochrome c, class I  58.77 
 
 		 222 aa  135  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4466  cytochrome c class I  59.81 
 
 		 230 aa  134  5e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.657614  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0946  cytochrome c class I  63 
 
 		 119 aa  134  6.0000000000000005e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.769829  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0935  putative periplasmic cytochrome type-c oxidoreductase signal peptide protein  59.5 
 
 		 124 aa  133  7.000000000000001e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1588  cytochrome c, class I  59.22 
 
 		 221 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.166336  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0861  cytochrome c, class I  57.41 
 
 		 225 aa  130  5e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1232  cytochrome c class I  62.07 
 
 		 122 aa  128  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.730475 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1616  cytochrome c class I  61.11 
 
 		 219 aa  128  3e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.016754 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1095  cytochrome c553-like protein  57.76 
 
 		 220 aa  127  4.0000000000000003e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1662  cytochrome c class I  55.45 
 
 		 224 aa  126  8.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3314  putative cytochrome C precursor-related protein  63.39 
 
 		 122 aa  121  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.717977  normal  0.454929 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1179  cytochrome c family protein  61.54 
 
 		 119 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0300  cytochrome c, class IC  61.54 
 
 		 119 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.949004  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1332  cytochrome c, class IC  61.54 
 
 		 119 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.0014287  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0848  cytochrome C4 family protein  61.54 
 
 		 119 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.412823  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1017  cytochrome c, class IC  61.54 
 
 		 119 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0966  cytochrome c, class IC:cytochrome c, class I  62.22 
 
 		 119 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1171  cytochrome c family protein  61.54 
 
 		 119 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2027  cytochrome c, class IC  53.4 
 
 		 111 aa  113  7.999999999999999e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2701  cytochrome c, class I  65 
 
 		 109 aa  111  4.0000000000000004e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.487536  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3050  cytochrome c, class I  53.01 
 
 		 106 aa  90.1  9e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000221964  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00326  cytochrome C4  45.45 
 
 		 91 aa  84  6e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0523  cytochrome c, class I  50 
 
 		 112 aa  83.6  9e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.631495 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1068  cytochrome c family protein  46 
 
 		 206 aa  82  0.000000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.230608  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1635  putative cytochrome  46.25 
 
 		 129 aa  79.7  0.00000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.240566  normal  0.477632 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0210  cytochrome c, class I  42.45 
 
 		 200 aa  74.3  0.0000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.478667  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0126  cytochrome c4  39.25 
 
 		 205 aa  72  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.813624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0143  cytochrome c, class I  39.25 
 
 		 205 aa  72  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.286683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1589  class I diheme cytochrome c4  33.91 
 
 		 191 aa  72.4  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0141  cytochrome c class I  39.25 
 
 		 205 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0552  cytochrome c, class I  37.93 
 
 		 209 aa  70.1  0.000000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0057  cytochrome c class I  39.82 
 
 		 206 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.53791  hitchhiker  0.00143417 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0091  cytochrome c, class I  38.05 
 
 		 206 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000145105  normal  0.1806 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5102  cytochrome c class I  35.51 
 
 		 205 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0768786 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2414  putative cytochrome c  35.19 
 
 		 206 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3049  cytochrome c, class I  45.35 
 
 		 113 aa  67.4  0.00000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000419911  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3398  cytochrome c, class I  41.75 
 
 		 98 aa  67  0.00000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00389658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3622  cytochrome c, class I  38.18 
 
 		 206 aa  67  0.00000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00635609  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1400  class I diheme cytochrome c4  33.64 
 
 		 198 aa  66.6  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.49014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0051  cytochrome c class I  37.5 
 
 		 207 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00284279  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4292  cytochrome c class I  37.5 
 
 		 207 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000136847  unclonable  0.00000000000512206 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3416  cytochrome c family protein  37.74 
 
 		 105 aa  65.5  0.0000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1032  cytochrome c family protein  37.74 
 
 		 105 aa  65.5  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4487  cytochrome c class I  37.5 
 
 		 207 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000352733  normal  0.0165724 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4347  cytochrome c class I  37.5 
 
 		 207 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000402028  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3907  cytochrome c, class I  38.39 
 
 		 207 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0045605  normal  0.272938 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3999  cytochrome c, class I  38.39 
 
 		 207 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.898029  normal  0.022349 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1085  cytochrome c class I  37.74 
 
 		 105 aa  65.5  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.032196  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0100  cytochrome c class I  37.5 
 
 		 206 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0628  cytochrome c, class I  43.42 
 
 		 102 aa  65.1  0.0000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000335471  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4111  cytochrome c, class I  37.5 
 
 		 207 aa  65.5  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.590499 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0094  cytochrome c, class I  37.07 
 
 		 206 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00310871  decreased coverage  0.00000781089 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2741  class I diheme cytochrome c4  33.64 
 
 		 198 aa  64.7  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.236816  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1922  cytochrome c family protein  38.26 
 
 		 104 aa  64.3  0.0000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4666  cytochrome c  36.61 
 
 		 207 aa  64.3  0.0000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00014  cytochrome c4 cytochrome C, class I in atlantica  37.7 
 
 		 207 aa  64.3  0.0000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3908  cytochrome c, class I  35.4 
 
 		 207 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00327  cytochrome C552  50 
 
 		 153 aa  63.9  0.0000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0138  hypothetical protein  39.32 
 
 		 200 aa  63.5  0.0000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0157  cytochrome c, class I  41.3 
 
 		 201 aa  63.5  0.0000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0524  cytochrome c, class I  36.44 
 
 		 115 aa  63.5  0.0000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.614003 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1185  cytochrome c, class I  37.62 
 
 		 215 aa  63.2  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1770  cytochrome c553-like protein  31.78 
 
 		 195 aa  63.5  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.290935 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0123  hypothetical protein  38.46 
 
 		 200 aa  62.4  0.000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0187  cytochrome c oxidase  45.07 
 
 		 208 aa  62.4  0.000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0207051  normal  0.526918 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001915  cytochrome c4  38.38 
 
 		 205 aa  62.8  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.352914  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03219  hypothetical protein  41.23 
 
 		 104 aa  62  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2702  cytochrome c, class I  39.8 
 
 		 108 aa  62  0.000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.482609  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3569  cytochrome c, class I  37.39 
 
 		 202 aa  61.6  0.000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.697012  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3764  cytochrome c class I  50.68 
 
 		 104 aa  61.6  0.000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000231636  normal  0.0830615 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002765  cytochrome c553  42.11 
 
 		 104 aa  61.6  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.38085  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00575  cytochrome c553  38.38 
 
 		 205 aa  62  0.000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2603  cytochrome c family protein  38 
 
 		 202 aa  59.7  0.00000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.44743  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0283  cytochrome c family protein  38.3 
 
 		 318 aa  59.7  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1634  cytochrome c class I  50.75 
 
 		 153 aa  59.7  0.00000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.18479  normal  0.474892 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1889  cytochrome c, class I  35.59 
 
 		 221 aa  58.9  0.00000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3093  cytochrome c class I  42.5 
 
 		 105 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.571355 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1833  cytochrome c554  40.57 
 
 		 107 aa  59.3  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0312  putative cytochrome c4 precursor  30.84 
 
 		 193 aa  58.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.717329 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1464  cytochrome c, class I  40.51 
 
 		 98 aa  58.9  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00242813  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3716  cytochrome c, class I  36.52 
 
 		 206 aa  58.9  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000156417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2853  cytochrome c, class I  39 
 
 		 205 aa  59.3  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.530376  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3945  cytochrome c, class I  33.93 
 
 		 207 aa  58.5  0.00000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.405176  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>