267 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0865 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_0865  cytochrome c class I  100 
 
 
122 aa  248  2e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.394911  normal  0.438525 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0930  cytochrome c class I  97.54 
 
 
122 aa  230  5e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.308919  normal  0.54377 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0999  putative periplasmic cytochrome type-c oxidoreductase signal peptide protein  74.59 
 
 
115 aa  172  9.999999999999999e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.209116  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1024  cytochrome c, class I  64.75 
 
 
115 aa  155  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.462828  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2100  cytochrome c class I  60.17 
 
 
126 aa  153  6e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.215456 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0987  cytochrome c, class I  65.57 
 
 
114 aa  150  5e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.13289 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0907  putative periplasmic cytochrome type-c oxidoreductase signal peptide protein  55.93 
 
 
121 aa  137  3.9999999999999997e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.153679  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3951  cytochrome c, class I  68.24 
 
 
221 aa  134  5e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.2644 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2250  cytochrome c class I  65 
 
 
119 aa  133  9e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.792334 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2370  cytochrome c, class I  65 
 
 
119 aa  133  9e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.16283  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2354  cytochrome c class I  64 
 
 
119 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.408751 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1719  cytochrome c, class I  64 
 
 
119 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.355431  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2331  cytochrome c, class I  64 
 
 
119 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2878  cytochrome c class I  57.27 
 
 
219 aa  132  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5673  cytochrome c, class I  64 
 
 
119 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0946  cytochrome c class I  63 
 
 
119 aa  131  3e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.769829  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0935  putative periplasmic cytochrome type-c oxidoreductase signal peptide protein  56.56 
 
 
124 aa  131  3e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3555  cytochrome c, class I  56.36 
 
 
219 aa  130  3.9999999999999996e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.411936  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1588  cytochrome c, class I  56.25 
 
 
221 aa  131  3.9999999999999996e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.166336  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0861  cytochrome c, class I  55.45 
 
 
225 aa  130  5e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1223  cytochrome c, class I  57.27 
 
 
221 aa  130  6.999999999999999e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.153054  normal  0.842605 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1232  cytochrome c class I  57.38 
 
 
122 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.730475 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1616  cytochrome c class I  58.18 
 
 
219 aa  129  2.0000000000000002e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.016754 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2356  cytochrome c, class I  59.81 
 
 
222 aa  128  3e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3314  putative cytochrome C precursor-related protein  59.02 
 
 
122 aa  125  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.717977  normal  0.454929 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1095  cytochrome c553-like protein  55.65 
 
 
220 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1662  cytochrome c class I  57.55 
 
 
224 aa  124  5e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0966  cytochrome c, class IC:cytochrome c, class I  65.88 
 
 
119 aa  122  1e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4466  cytochrome c class I  55.45 
 
 
230 aa  122  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.657614  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1179  cytochrome c family protein  62.64 
 
 
119 aa  122  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1171  cytochrome c family protein  62.64 
 
 
119 aa  122  2e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1017  cytochrome c, class IC  62.64 
 
 
119 aa  122  2e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1332  cytochrome c, class IC  62.64 
 
 
119 aa  122  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.0014287  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0300  cytochrome c, class IC  62.64 
 
 
119 aa  122  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.949004  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0848  cytochrome C4 family protein  62.64 
 
 
119 aa  122  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.412823  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2027  cytochrome c, class IC  45.87 
 
 
111 aa  104  3e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2701  cytochrome c, class I  58.02 
 
 
109 aa  104  5e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.487536  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3050  cytochrome c, class I  39.45 
 
 
106 aa  82  0.000000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000221964  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0523  cytochrome c, class I  42.7 
 
 
112 aa  82.8  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.631495 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00326  cytochrome C4  44.87 
 
 
91 aa  79.3  0.00000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1068  cytochrome c family protein  39.81 
 
 
206 aa  76.3  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.230608  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1635  putative cytochrome  48.48 
 
 
129 aa  74.7  0.0000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.240566  normal  0.477632 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3049  cytochrome c, class I  46.99 
 
 
113 aa  69.7  0.00000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000419911  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0091  cytochrome c, class I  39.05 
 
 
206 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000145105  normal  0.1806 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00327  cytochrome C552  40.54 
 
 
153 aa  67.4  0.00000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1770  cytochrome c553-like protein  32.5 
 
 
195 aa  66.2  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.290935 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1400  class I diheme cytochrome c4  33.04 
 
 
198 aa  66.6  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.49014  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0126  cytochrome c4  34.23 
 
 
205 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.813624  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5102  cytochrome c class I  35.14 
 
 
205 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0768786 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0143  cytochrome c, class I  34.23 
 
 
205 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.286683  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0628  cytochrome c, class I  35.71 
 
 
102 aa  65.9  0.0000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000335471  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1589  class I diheme cytochrome c4  36.89 
 
 
191 aa  65.9  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2741  class I diheme cytochrome c4  32.14 
 
 
198 aa  65.5  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.236816  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0141  cytochrome c class I  34.23 
 
 
205 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3398  cytochrome c, class I  39.45 
 
 
98 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00389658  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0312  putative cytochrome c4 precursor  35.34 
 
 
193 aa  64.3  0.0000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.717329 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1085  cytochrome c class I  35.04 
 
 
105 aa  63.5  0.0000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.032196  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3416  cytochrome c family protein  35.04 
 
 
105 aa  63.5  0.0000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1032  cytochrome c family protein  35.04 
 
 
105 aa  63.5  0.0000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03219  hypothetical protein  39.17 
 
 
104 aa  62  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0094  cytochrome c, class I  36.52 
 
 
206 aa  62.8  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00310871  decreased coverage  0.00000781089 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0187  cytochrome c oxidase  39.53 
 
 
208 aa  62.4  0.000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0207051  normal  0.526918 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0100  cytochrome c class I  35.58 
 
 
206 aa  62.8  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3622  cytochrome c, class I  34.95 
 
 
206 aa  62.4  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00635609  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0618  cytochrome c, class I  34.65 
 
 
212 aa  62.8  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0057  cytochrome c class I  36.19 
 
 
206 aa  62.4  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.53791  hitchhiker  0.00143417 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0524  cytochrome c, class I  35.78 
 
 
115 aa  62  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.614003 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3908  cytochrome c, class I  34.58 
 
 
207 aa  60.8  0.000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3958  cytochrome c, class I  33.03 
 
 
108 aa  60.8  0.000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.990396  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2603  cytochrome c family protein  37.74 
 
 
202 aa  60.5  0.000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.44743  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1464  cytochrome c, class I  42.86 
 
 
98 aa  60.5  0.000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00242813  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3764  cytochrome c class I  45.45 
 
 
104 aa  60.8  0.000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000231636  normal  0.0830615 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0283  cytochrome c family protein  36.73 
 
 
318 aa  60.5  0.000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1922  cytochrome c family protein  33.33 
 
 
104 aa  60.5  0.000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4111  cytochrome c, class I  34.91 
 
 
207 aa  59.7  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.590499 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3907  cytochrome c, class I  35.85 
 
 
207 aa  60.1  0.00000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0045605  normal  0.272938 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3999  cytochrome c, class I  35.85 
 
 
207 aa  60.1  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.898029  normal  0.022349 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2853  cytochrome c, class I  40.48 
 
 
205 aa  59.7  0.00000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.530376  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4487  cytochrome c class I  34.91 
 
 
207 aa  59.3  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000352733  normal  0.0165724 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0552  cytochrome c, class I  35.58 
 
 
209 aa  59.3  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4366  cytochrome c class I  40.28 
 
 
219 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6834  cytochrome c, class I  42.86 
 
 
218 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.221701 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1634  cytochrome c class I  45.71 
 
 
153 aa  58.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.18479  normal  0.474892 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4292  cytochrome c class I  34.91 
 
 
207 aa  59.3  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000136847  unclonable  0.00000000000512206 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4347  cytochrome c class I  34.91 
 
 
207 aa  59.3  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000402028  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5047  cytochrome c, class I  40.28 
 
 
219 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0051  cytochrome c class I  34.91 
 
 
207 aa  59.3  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00284279  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5813  cytochrome c, class I  40.28 
 
 
219 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4666  cytochrome c  33.96 
 
 
207 aa  58.5  0.00000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0210  cytochrome c, class I  36 
 
 
200 aa  58.5  0.00000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.478667  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3093  cytochrome c class I  40 
 
 
105 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.571355 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0138  hypothetical protein  40.45 
 
 
200 aa  57.8  0.00000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1185  cytochrome c, class I  31.9 
 
 
215 aa  57.8  0.00000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002765  cytochrome c553  37.5 
 
 
104 aa  57.8  0.00000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.38085  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2702  cytochrome c, class I  37.5 
 
 
108 aa  57.8  0.00000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.482609  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1071  cytochrome c, class I  35.4 
 
 
105 aa  57  0.00000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0930552  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0123  hypothetical protein  39.33 
 
 
200 aa  56.6  0.0000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2170  cytochrome c class I  36.7 
 
 
221 aa  56.6  0.0000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3569  cytochrome c, class I  34.71 
 
 
202 aa  56.2  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.697012  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0157  cytochrome c, class I  37.8 
 
 
201 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71333  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>