More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0361 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_0881  L-serine dehydratase 1  94.12 
 
 		 459 aa  827    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0361  L-serine ammonia-lyase  100 
 
 		 459 aa  928    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.739457  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1962  L-serine ammonia-lyase / 2-hydroxymethylglutarate dehydratase  76.69 
 
 		 457 aa  697    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.447397 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4132  L-serine dehydratase 1  78.04 
 
 		 460 aa  697    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.465086  normal  0.630404 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2005  L-serine dehydratase 1  99.35 
 
 		 459 aa  923    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.233439  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4265  L-serine ammonia-lyase  67.03 
 
 		 460 aa  608  1e-173  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8589  L-serine dehydratase 1  70.54 
 
 		 458 aa  601  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_5008  L-serine dehydratase  67.58 
 
 		 470 aa  588  1e-167  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.941789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1367  L-serine ammonia-lyase  66.52 
 
 		 466 aa  571  1e-161  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0316  L-serine ammonia-lyase  64.76 
 
 		 470 aa  558  1e-158  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1037  L-serine dehydratase 1  63.09 
 
 		 466 aa  550  1e-155  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2612  L-serine dehydratase  62.96 
 
 		 467 aa  545  1e-154  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0138144  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2062  L-serine dehydratase 1  61.88 
 
 		 467 aa  545  1e-154  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1862  L-serine dehydratase 1  62.53 
 
 		 467 aa  542  1e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0904594  normal  0.063682 
 
 
-
 
NC_004310  BR1175  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, single chain form  60.17 
 
 		 467 aa  519  1e-146  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.000212512  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1134  L-serine ammonia-lyase  60.17 
 
 		 467 aa  519  1e-146  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000711201  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2016  L-serine dehydratase 1  61.06 
 
 		 467 aa  520  1e-146  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3740  L-serine dehydratase 1  57.21 
 
 		 453 aa  476  1e-133  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.336679  normal  0.205833 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3047  L-serine dehydratase 1  53.25 
 
 		 460 aa  478  1e-133  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01684  L-serine ammonia-lyase  54 
 
 		 468 aa  475  1e-133  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.737007  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2483  L-serine dehydratase 1  58.08 
 
 		 450 aa  475  1e-133  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.743605 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2892  L-serine dehydratase 1  55 
 
 		 458 aa  474  1e-132  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.14665  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0329  L-serine dehydratase 1  53.88 
 
 		 463 aa  473  1e-132  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1429  L-serine ammonia-lyase  54.31 
 
 		 463 aa  473  1e-132  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0112  L-serine dehydratase 1  55.17 
 
 		 462 aa  469  1.0000000000000001e-131  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4369  L-serine ammonia-lyase  53.76 
 
 		 464 aa  468  1.0000000000000001e-131  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0215032  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3389  L-serine dehydratase 1  56.89 
 
 		 448 aa  470  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0095  L-serine ammonia-lyase  55.17 
 
 		 462 aa  471  1.0000000000000001e-131  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3225  L-serine dehydratase 1  53.68 
 
 		 475 aa  468  1.0000000000000001e-131  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.319975 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6246  L-serine dehydratase 1  55.53 
 
 		 455 aa  469  1.0000000000000001e-131  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.187309  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0423  L-serine dehydratase 1  54.93 
 
 		 470 aa  466  9.999999999999999e-131  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.149927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0871  L-serine dehydratase 1  57.42 
 
 		 448 aa  466  9.999999999999999e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6183  L-serine dehydratase 1  54.57 
 
 		 457 aa  461  1e-129  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26040  L-serine dehydratase  54.23 
 
 		 458 aa  464  1e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3995  L-serine dehydratase 1  57.21 
 
 		 452 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.344017  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3620  L-serine dehydratase 1  54.03 
 
 		 467 aa  461  9.999999999999999e-129  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.294532  normal  0.0574017 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4035  L-serine dehydratase 1  56.99 
 
 		 453 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.218631 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2603  L-serine dehydratase 1  55.77 
 
 		 473 aa  461  9.999999999999999e-129  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0679  L-serine dehydratase 1  52.89 
 
 		 460 aa  457  1e-127  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4547  L-serine ammonia-lyase  53 
 
 		 462 aa  456  1e-127  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1863  L-serine ammonia-lyase  53.55 
 
 		 504 aa  455  1e-127  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0396  L-serine ammonia-lyase  53.55 
 
 		 545 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0116  L-serine dehydratase 1  54.09 
 
 		 460 aa  451  1.0000000000000001e-126  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.117006  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1601  L-serine ammonia-lyase  52.14 
 
 		 464 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1955  L-serine ammonia-lyase  53.33 
 
 		 504 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16840  L-serine ammonia-lyase  51.72 
 
 		 458 aa  451  1e-125  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.128912  normal  0.527215 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0654  L-serine dehydratase 1  55.46 
 
 		 462 aa  450  1e-125  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.344045  normal  0.592232 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5047  L-serine dehydratase 1  51.92 
 
 		 464 aa  450  1e-125  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.533739  normal  0.269496 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4831  L-serine ammonia-lyase  52.79 
 
 		 462 aa  450  1e-125  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0995  L-serine ammonia-lyase  52.9 
 
 		 490 aa  450  1e-125  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3334  L-serine dehydratase 1  52.03 
 
 		 462 aa  449  1e-125  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.503028 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2570  L-serine dehydratase 1  52.7 
 
 		 458 aa  449  1e-125  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0518  L-serine dehydratase 1  54.53 
 
 		 457 aa  450  1e-125  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.244314  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2194  L-serine dehydratase 1  55.46 
 
 		 452 aa  451  1e-125  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3256  L-serine dehydratase 1  50.11 
 
 		 456 aa  449  1e-125  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04899  L-serine dehydratase  52.1 
 
 		 456 aa  445  1.0000000000000001e-124  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3503  L-serine dehydratase 1  52.04 
 
 		 461 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3144  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, single chain form  52.27 
 
 		 458 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0045  L-serine dehydratase  52.04 
 
 		 461 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.388959 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4393  L-serine ammonia-lyase  52.49 
 
 		 458 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1803  L-serine dehydratase 1  55.41 
 
 		 456 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5127  L-serine dehydratase 1  52.26 
 
 		 461 aa  445  1e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2808  L-serine dehydratase  52.48 
 
 		 469 aa  444  1e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.255142  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0854  hypothetical protein  49.35 
 
 		 458 aa  442  1e-123  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0828  hypothetical protein  49.35 
 
 		 458 aa  442  1e-123  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0485  L-serine ammonia-lyase  52.04 
 
 		 461 aa  444  1e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5070  L-serine dehydratase 1  51.83 
 
 		 461 aa  443  1e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3215  L-serine dehydratase 1  52.26 
 
 		 529 aa  444  1e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0992  L-serine dehydratase 1  52.6 
 
 		 458 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1149  L-serine dehydratase 1  49.28 
 
 		 499 aa  443  1e-123  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2402  L-serine dehydratase 1  49.57 
 
 		 458 aa  442  1e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000825911  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4547  L-serine dehydratase 1  51.83 
 
 		 461 aa  443  1e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33030  L-serine dehydratase  52.48 
 
 		 458 aa  442  1e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.518916  hitchhiker  0.000319155 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5152  L-serine dehydratase 1  52.26 
 
 		 461 aa  445  1e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4231  L-serine dehydratase 1  52.6 
 
 		 458 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0996  L-serine dehydratase 1  58.48 
 
 		 456 aa  442  1e-123  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0239492  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0518  L-serine dehydratase 1  52.89 
 
 		 465 aa  440  9.999999999999999e-123  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.166535  decreased coverage  0.000152397 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0819  L-serine dehydratase 1  54.45 
 
 		 452 aa  441  9.999999999999999e-123  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.101463  normal  0.657436 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000749  L-serine dehydratase  51.43 
 
 		 456 aa  440  9.999999999999999e-123  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.360037  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3490  L-serine dehydratase 1  52.93 
 
 		 458 aa  440  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3700  L-serine ammonia-lyase  51.29 
 
 		 457 aa  440  9.999999999999999e-123  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1538  L-serine dehydratase 1  49.13 
 
 		 458 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00324731  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3296  L-serine dehydratase  52.49 
 
 		 458 aa  435  1e-121  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1625  L-serine dehydratase 1  49.68 
 
 		 458 aa  437  1e-121  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0594859  normal  0.120267 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3884  L-serine dehydratase 1  50 
 
 		 462 aa  435  1e-121  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3164  L-serine dehydratase 1  52.71 
 
 		 458 aa  437  1e-121  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0608  L-serine dehydratase 1  50.44 
 
 		 476 aa  436  1e-121  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1325  L-serine ammonia-lyase  51.19 
 
 		 458 aa  437  1e-121  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.138393 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1024  L-serine dehydratase 1  51.95 
 
 		 458 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.846352 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02979  L-serine dehydratase 3  50.66 
 
 		 454 aa  432  1e-120  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3300  L-serine ammonia-lyase  50.66 
 
 		 454 aa  432  1e-120  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3586  L-serine dehydratase tdcG  50.66 
 
 		 454 aa  432  1e-120  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0586  L-serine dehydratase 1  50.66 
 
 		 454 aa  432  1e-120  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1946  L-serine dehydratase 1  49.78 
 
 		 458 aa  434  1e-120  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3245  L-serine ammonia-lyase TdcG  50.66 
 
 		 454 aa  432  1e-120  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.346654  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3483  L-serine ammonia-lyase  53.25 
 
 		 458 aa  433  1e-120  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0897  L-serine dehydratase 1  51.3 
 
 		 450 aa  432  1e-120  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.266509  normal  0.482369 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2711  L-serine dehydratase 1  51.19 
 
 		 458 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.468733 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0302  L-serine ammonia-lyase  54 
 
 		 462 aa  433  1e-120  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02930  hypothetical protein  50.66 
 
 		 454 aa  432  1e-120  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>