More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_0871 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_0871  L-serine dehydratase 1  100 
 
 		 448 aa  906    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2483  L-serine dehydratase 1  68.43 
 
 		 450 aa  586  1e-166  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.743605 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3740  L-serine dehydratase 1  65.71 
 
 		 453 aa  576  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.336679  normal  0.205833 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3995  L-serine dehydratase 1  66.74 
 
 		 452 aa  568  1e-161  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.344017  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3389  L-serine dehydratase 1  64.6 
 
 		 448 aa  568  1e-161  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4035  L-serine dehydratase 1  65.49 
 
 		 453 aa  559  1e-158  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.218631 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1803  L-serine dehydratase 1  63.82 
 
 		 456 aa  542  1e-153  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4265  L-serine ammonia-lyase  60.65 
 
 		 460 aa  530  1e-149  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2194  L-serine dehydratase 1  60.13 
 
 		 452 aa  517  1.0000000000000001e-145  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0996  L-serine dehydratase 1  64.91 
 
 		 456 aa  505  9.999999999999999e-143  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0239492  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4831  L-serine ammonia-lyase  58.57 
 
 		 462 aa  499  1e-140  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01684  L-serine ammonia-lyase  56.55 
 
 		 468 aa  500  1e-140  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.737007  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1429  L-serine ammonia-lyase  57.48 
 
 		 463 aa  499  1e-140  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1863  L-serine ammonia-lyase  58.04 
 
 		 504 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0396  L-serine ammonia-lyase  58.04 
 
 		 545 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0995  L-serine ammonia-lyase  57.83 
 
 		 490 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0316  L-serine ammonia-lyase  57.14 
 
 		 470 aa  493  9.999999999999999e-139  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1955  L-serine ammonia-lyase  57.83 
 
 		 504 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3503  L-serine dehydratase 1  57.83 
 
 		 461 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3047  L-serine dehydratase 1  56.55 
 
 		 460 aa  494  9.999999999999999e-139  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5070  L-serine dehydratase 1  56.74 
 
 		 461 aa  488  1e-137  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1601  L-serine ammonia-lyase  57.33 
 
 		 464 aa  489  1e-137  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4547  L-serine dehydratase 1  56.74 
 
 		 461 aa  488  1e-137  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_5008  L-serine dehydratase  56.81 
 
 		 470 aa  487  1e-136  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.941789  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5127  L-serine dehydratase 1  56.96 
 
 		 461 aa  486  1e-136  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0112  L-serine dehydratase 1  57.7 
 
 		 462 aa  485  1e-136  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3215  L-serine dehydratase 1  56.96 
 
 		 529 aa  485  1e-136  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5152  L-serine dehydratase 1  56.96 
 
 		 461 aa  486  1e-136  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0095  L-serine ammonia-lyase  57.48 
 
 		 462 aa  485  1e-136  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0423  L-serine dehydratase 1  58.33 
 
 		 470 aa  486  1e-136  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.149927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0518  L-serine dehydratase 1  59.96 
 
 		 457 aa  483  1e-135  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.244314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3334  L-serine dehydratase 1  55.97 
 
 		 462 aa  484  1e-135  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.503028 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6540  L-serine dehydratase 1  56.77 
 
 		 459 aa  483  1e-135  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00743621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1037  L-serine dehydratase 1  58.06 
 
 		 466 aa  482  1e-135  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8589  L-serine dehydratase 1  60.17 
 
 		 458 aa  483  1e-135  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0485  L-serine ammonia-lyase  56.21 
 
 		 461 aa  483  1e-135  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1367  L-serine ammonia-lyase  56.99 
 
 		 466 aa  483  1e-135  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2062  L-serine dehydratase 1  57.3 
 
 		 467 aa  482  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5047  L-serine dehydratase 1  55.72 
 
 		 464 aa  480  1e-134  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.533739  normal  0.269496 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1962  L-serine ammonia-lyase / 2-hydroxymethylglutarate dehydratase  56.99 
 
 		 457 aa  480  1e-134  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.447397 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2016  L-serine dehydratase 1  57.73 
 
 		 467 aa  478  1e-133  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1862  L-serine dehydratase 1  57.08 
 
 		 467 aa  476  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0904594  normal  0.063682 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0854  hypothetical protein  55.36 
 
 		 458 aa  477  1e-133  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0828  hypothetical protein  55.36 
 
 		 458 aa  476  1e-133  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4369  L-serine ammonia-lyase  54.33 
 
 		 464 aa  476  1e-133  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0215032  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2612  L-serine dehydratase  57.94 
 
 		 467 aa  477  1e-133  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0138144  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3700  L-serine ammonia-lyase  56.89 
 
 		 457 aa  477  1e-133  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0045  L-serine dehydratase  54.9 
 
 		 461 aa  473  1e-132  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.388959 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2603  L-serine dehydratase 1  57.99 
 
 		 473 aa  474  1e-132  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0361  L-serine ammonia-lyase  57.42 
 
 		 459 aa  473  1e-132  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.739457  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4231  L-serine dehydratase 1  56.44 
 
 		 458 aa  472  1e-132  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0992  L-serine dehydratase 1  57.39 
 
 		 458 aa  472  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2892  L-serine dehydratase 1  56.09 
 
 		 458 aa  474  1e-132  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.14665  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2005  L-serine dehydratase 1  57.42 
 
 		 459 aa  472  1e-132  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.233439  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1175  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, single chain form  57.51 
 
 		 467 aa  470  1.0000000000000001e-131  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.000212512  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3015  L-serine dehydratase 1  53.7 
 
 		 462 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4393  L-serine ammonia-lyase  56.46 
 
 		 458 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1134  L-serine ammonia-lyase  57.51 
 
 		 467 aa  470  1.0000000000000001e-131  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000711201  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0329  L-serine dehydratase 1  55.31 
 
 		 463 aa  471  1.0000000000000001e-131  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6246  L-serine dehydratase 1  57.58 
 
 		 455 aa  471  1.0000000000000001e-131  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.187309  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02760  L-serine ammonia-lyase  56.14 
 
 		 472 aa  465  9.999999999999999e-131  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0987  L-serine dehydratase 1  56.3 
 
 		 458 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1024  L-serine dehydratase 1  56.3 
 
 		 458 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.846352 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4547  L-serine ammonia-lyase  55.19 
 
 		 462 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1084  L-serine dehydratase 1  55.11 
 
 		 472 aa  468  9.999999999999999e-131  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0052  L-serine ammonia-lyase  53.48 
 
 		 462 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6183  L-serine dehydratase 1  56.47 
 
 		 457 aa  467  9.999999999999999e-131  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0430  L-serine dehydratase 1  56.77 
 
 		 465 aa  466  9.999999999999999e-131  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0881  L-serine dehydratase 1  58.3 
 
 		 459 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2900  L-serine dehydratase 1  55.68 
 
 		 458 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1754  L-serine ammonia-lyase  57.64 
 
 		 458 aa  467  9.999999999999999e-131  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.120711  normal  0.244789 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26040  L-serine dehydratase  55.14 
 
 		 458 aa  462  1e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2838  L-serine ammonia-lyase  52.61 
 
 		 458 aa  464  1e-129  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.947815  hitchhiker  0.0000107679 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1149  L-serine dehydratase 1  52.42 
 
 		 499 aa  463  1e-129  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3884  L-serine dehydratase 1  52.83 
 
 		 462 aa  461  1e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3144  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, single chain form  55.65 
 
 		 458 aa  460  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1946  L-serine dehydratase 1  52.39 
 
 		 458 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0518  L-serine dehydratase 1  55.91 
 
 		 465 aa  461  9.999999999999999e-129  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.166535  decreased coverage  0.000152397 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2402  L-serine dehydratase 1  51.3 
 
 		 458 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000825911  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1473  L-serine ammonia-lyase  57.55 
 
 		 461 aa  458  9.999999999999999e-129  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0162786  normal  0.053495 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4132  L-serine dehydratase 1  55.99 
 
 		 460 aa  460  9.999999999999999e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.465086  normal  0.630404 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3225  L-serine dehydratase 1  53.91 
 
 		 475 aa  460  9.999999999999999e-129  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.319975 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2570  L-serine dehydratase 1  55.43 
 
 		 458 aa  457  1e-127  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0819  L-serine dehydratase 1  58.02 
 
 		 452 aa  456  1e-127  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.101463  normal  0.657436 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0116  L-serine dehydratase 1  55.1 
 
 		 460 aa  458  1e-127  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.117006  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1195  L-serine dehydratase 1  54.37 
 
 		 477 aa  455  1e-127  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.197277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33030  L-serine dehydratase  54.78 
 
 		 458 aa  457  1e-127  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.518916  hitchhiker  0.000319155 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2808  L-serine dehydratase  54.78 
 
 		 469 aa  457  1e-127  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.255142  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3591  L-serine dehydratase 1  54.18 
 
 		 475 aa  457  1e-127  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3038  L-serine ammonia-lyase  57.02 
 
 		 459 aa  452  1.0000000000000001e-126  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.883779 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2171  L-serine dehydratase 1  51.96 
 
 		 458 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.633035  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1196  L-serine ammonia-lyase  54.55 
 
 		 477 aa  453  1.0000000000000001e-126  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.741628  normal  0.114508 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3333  L-serine ammonia-lyase  55.36 
 
 		 458 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0654  L-serine dehydratase 1  58.7 
 
 		 462 aa  454  1.0000000000000001e-126  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.344045  normal  0.592232 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3280  L-serine dehydratase 1  53.71 
 
 		 460 aa  452  1.0000000000000001e-126  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.984034 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6165  L-serine dehydratase  55.99 
 
 		 485 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.137181  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1325  L-serine ammonia-lyase  52.17 
 
 		 458 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.138393 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2711  L-serine dehydratase 1  55.43 
 
 		 458 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.468733 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0302  L-serine ammonia-lyase  57.7 
 
 		 462 aa  453  1.0000000000000001e-126  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3490  L-serine dehydratase 1  55.77 
 
 		 458 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>