More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4132 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_0361  L-serine ammonia-lyase  78.04 
 
 		 459 aa  703    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.739457  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0881  L-serine dehydratase 1  77.83 
 
 		 459 aa  687    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1962  L-serine ammonia-lyase / 2-hydroxymethylglutarate dehydratase  78.04 
 
 		 457 aa  708    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.447397 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4132  L-serine dehydratase 1  100 
 
 		 460 aa  938    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.465086  normal  0.630404 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2005  L-serine dehydratase 1  77.61 
 
 		 459 aa  699    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.233439  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4265  L-serine ammonia-lyase  67.6 
 
 		 460 aa  619  1e-176  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_5008  L-serine dehydratase  68.37 
 
 		 470 aa  586  1e-166  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.941789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8589  L-serine dehydratase 1  69.31 
 
 		 458 aa  581  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0316  L-serine ammonia-lyase  66.38 
 
 		 470 aa  582  1.0000000000000001e-165  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1367  L-serine ammonia-lyase  64.81 
 
 		 466 aa  563  1.0000000000000001e-159  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1037  L-serine dehydratase 1  62.23 
 
 		 466 aa  541  1e-153  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2062  L-serine dehydratase 1  61.03 
 
 		 467 aa  543  1e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2016  L-serine dehydratase 1  61.46 
 
 		 467 aa  538  1e-151  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1862  L-serine dehydratase 1  61.24 
 
 		 467 aa  537  1e-151  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0904594  normal  0.063682 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2612  L-serine dehydratase  62.61 
 
 		 467 aa  533  1e-150  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0138144  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1175  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, single chain form  59.96 
 
 		 467 aa  523  1e-147  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.000212512  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1134  L-serine ammonia-lyase  59.96 
 
 		 467 aa  523  1e-147  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000711201  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3047  L-serine dehydratase 1  52.92 
 
 		 460 aa  486  1e-136  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0095  L-serine ammonia-lyase  54.43 
 
 		 462 aa  484  1e-135  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0116  L-serine dehydratase 1  55.36 
 
 		 460 aa  479  1e-134  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.117006  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0112  L-serine dehydratase 1  54.21 
 
 		 462 aa  481  1e-134  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01684  L-serine ammonia-lyase  53.33 
 
 		 468 aa  478  1e-134  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.737007  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0329  L-serine dehydratase 1  55.15 
 
 		 463 aa  479  1e-134  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1429  L-serine ammonia-lyase  53.23 
 
 		 463 aa  476  1e-133  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0423  L-serine dehydratase 1  54.12 
 
 		 470 aa  473  1e-132  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.149927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2483  L-serine dehydratase 1  56.21 
 
 		 450 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.743605 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3225  L-serine dehydratase 1  54.3 
 
 		 475 aa  470  1.0000000000000001e-131  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.319975 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16840  L-serine ammonia-lyase  51.95 
 
 		 458 aa  466  9.999999999999999e-131  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.128912  normal  0.527215 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0679  L-serine dehydratase 1  52.12 
 
 		 460 aa  467  9.999999999999999e-131  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4393  L-serine ammonia-lyase  53.03 
 
 		 458 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4231  L-serine dehydratase 1  53.25 
 
 		 458 aa  464  1e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6246  L-serine dehydratase 1  52.39 
 
 		 455 aa  462  1e-129  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.187309  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04899  L-serine dehydratase  52.2 
 
 		 456 aa  458  9.999999999999999e-129  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3740  L-serine dehydratase 1  55.31 
 
 		 453 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.336679  normal  0.205833 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0518  L-serine dehydratase 1  53.56 
 
 		 457 aa  458  9.999999999999999e-129  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.244314  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4547  L-serine ammonia-lyase  52.16 
 
 		 462 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0854  hypothetical protein  49.89 
 
 		 458 aa  459  9.999999999999999e-129  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4369  L-serine ammonia-lyase  52.47 
 
 		 464 aa  460  9.999999999999999e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0215032  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6183  L-serine dehydratase 1  53.8 
 
 		 457 aa  458  9.999999999999999e-129  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2892  L-serine dehydratase 1  52.06 
 
 		 458 aa  459  9.999999999999999e-129  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.14665  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33030  L-serine dehydratase  52.56 
 
 		 458 aa  460  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.518916  hitchhiker  0.000319155 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0871  L-serine dehydratase 1  55.99 
 
 		 448 aa  460  9.999999999999999e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2808  L-serine dehydratase  52.35 
 
 		 469 aa  457  1e-127  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.255142  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0828  hypothetical protein  49.68 
 
 		 458 aa  457  1e-127  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0992  L-serine dehydratase 1  52.38 
 
 		 458 aa  458  1e-127  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26040  L-serine dehydratase  52.8 
 
 		 458 aa  456  1e-127  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0987  L-serine dehydratase 1  51.52 
 
 		 458 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3884  L-serine dehydratase 1  50.85 
 
 		 462 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3280  L-serine dehydratase 1  51.84 
 
 		 460 aa  452  1.0000000000000001e-126  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.984034 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000749  L-serine dehydratase  52.42 
 
 		 456 aa  452  1.0000000000000001e-126  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.360037  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1024  L-serine dehydratase 1  51.52 
 
 		 458 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.846352 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3389  L-serine dehydratase 1  55.87 
 
 		 448 aa  451  1e-125  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4831  L-serine ammonia-lyase  51.82 
 
 		 462 aa  449  1e-125  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0082  L-serine ammonia-lyase  50.54 
 
 		 489 aa  450  1e-125  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1625  L-serine dehydratase 1  50.54 
 
 		 457 aa  450  1e-125  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.701794  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3015  L-serine dehydratase 1  50.64 
 
 		 462 aa  449  1e-125  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3700  L-serine ammonia-lyase  51.61 
 
 		 457 aa  451  1e-125  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3334  L-serine dehydratase 1  51.71 
 
 		 462 aa  448  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.503028 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0608  L-serine dehydratase 1  51.87 
 
 		 476 aa  447  1.0000000000000001e-124  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3333  L-serine ammonia-lyase  51.52 
 
 		 458 aa  445  1.0000000000000001e-124  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3321  L-serine ammonia-lyase  51.6 
 
 		 462 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0996  L-serine dehydratase 1  56.18 
 
 		 456 aa  448  1.0000000000000001e-124  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0239492  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1084  L-serine dehydratase 1  50.42 
 
 		 472 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0052  L-serine ammonia-lyase  50.21 
 
 		 462 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0155  L-serine dehydratase 1  51.6 
 
 		 462 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4035  L-serine dehydratase 1  55.53 
 
 		 453 aa  445  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.218631 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1625  L-serine dehydratase 1  50.96 
 
 		 458 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0594859  normal  0.120267 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2402  L-serine dehydratase 1  50.54 
 
 		 458 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000825911  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2603  L-serine dehydratase 1  53.23 
 
 		 473 aa  448  1.0000000000000001e-124  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3995  L-serine dehydratase 1  55.53 
 
 		 452 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.344017  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2194  L-serine dehydratase 1  54.01 
 
 		 452 aa  446  1.0000000000000001e-124  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3144  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, single chain form  50.21 
 
 		 458 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0045  L-serine dehydratase  51.29 
 
 		 461 aa  443  1e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.388959 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3503  L-serine dehydratase 1  51.5 
 
 		 461 aa  444  1e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6165  L-serine dehydratase  51.92 
 
 		 485 aa  441  1e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.137181  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0396  L-serine ammonia-lyase  51.39 
 
 		 545 aa  443  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0995  L-serine ammonia-lyase  51.29 
 
 		 490 aa  442  1e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3251  L-serine ammonia-lyase  50.85 
 
 		 462 aa  442  1e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2900  L-serine dehydratase 1  50.11 
 
 		 458 aa  443  1e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0897  L-serine dehydratase 1  51.3 
 
 		 450 aa  444  1e-123  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.266509  normal  0.482369 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2913  L-serine dehydratase 1  51.39 
 
 		 462 aa  442  1e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1863  L-serine ammonia-lyase  51.39 
 
 		 504 aa  443  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1538  L-serine dehydratase 1  49.79 
 
 		 458 aa  443  1e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00324731  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3620  L-serine dehydratase 1  51.42 
 
 		 467 aa  442  1e-123  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.294532  normal  0.0574017 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0142  L-serine dehydratase 1  51.39 
 
 		 462 aa  442  1e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3490  L-serine dehydratase 1  52.05 
 
 		 458 aa  443  1e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0139  L-serine dehydratase 1  51.6 
 
 		 462 aa  442  1e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2570  L-serine dehydratase 1  50 
 
 		 458 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1955  L-serine ammonia-lyase  51.29 
 
 		 504 aa  442  1e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2406  L-serine dehydratase 1  50.54 
 
 		 458 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3296  L-serine dehydratase  51.73 
 
 		 458 aa  440  9.999999999999999e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0430  L-serine dehydratase 1  51.17 
 
 		 465 aa  439  9.999999999999999e-123  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1942  L-serine dehydratase 1  50.54 
 
 		 458 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0383387  normal  0.499337 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0982  L-serine ammonia-lyase  51.08 
 
 		 459 aa  440  9.999999999999999e-123  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0518  L-serine dehydratase 1  51.5 
 
 		 465 aa  439  9.999999999999999e-123  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.166535  decreased coverage  0.000152397 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2295  L-serine ammonia-lyase  50 
 
 		 458 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3256  L-serine dehydratase 1  50 
 
 		 456 aa  441  9.999999999999999e-123  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0654  L-serine dehydratase 1  52.72 
 
 		 462 aa  439  9.999999999999999e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.344045  normal  0.592232 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2417  L-serine dehydratase 1  50.54 
 
 		 458 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3931  L-serine ammonia-lyase  50.85 
 
 		 462 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.706313  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>