More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_5008 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_5008  L-serine dehydratase  100 
 
 		 470 aa  959    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.941789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8589  L-serine dehydratase 1  74.26 
 
 		 458 aa  673    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0316  L-serine ammonia-lyase  75.58 
 
 		 470 aa  692    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4265  L-serine ammonia-lyase  70.21 
 
 		 460 aa  676    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1962  L-serine ammonia-lyase / 2-hydroxymethylglutarate dehydratase  67.3 
 
 		 457 aa  599  1e-170  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.447397 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0361  L-serine ammonia-lyase  67.58 
 
 		 459 aa  594  1e-169  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.739457  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2005  L-serine dehydratase 1  67.37 
 
 		 459 aa  592  1e-168  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.233439  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4132  L-serine dehydratase 1  68.37 
 
 		 460 aa  586  1e-166  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.465086  normal  0.630404 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2016  L-serine dehydratase 1  63.69 
 
 		 467 aa  576  1.0000000000000001e-163  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2612  L-serine dehydratase  64.54 
 
 		 467 aa  578  1.0000000000000001e-163  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0138144  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0881  L-serine dehydratase 1  65.75 
 
 		 459 aa  570  1e-161  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1037  L-serine dehydratase 1  64.33 
 
 		 466 aa  569  1e-161  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2062  L-serine dehydratase 1  63.37 
 
 		 467 aa  566  1e-160  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1862  L-serine dehydratase 1  62.74 
 
 		 467 aa  561  1.0000000000000001e-159  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0904594  normal  0.063682 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1367  L-serine ammonia-lyase  63.91 
 
 		 466 aa  563  1.0000000000000001e-159  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1175  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, single chain form  64.12 
 
 		 467 aa  560  1e-158  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.000212512  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1134  L-serine ammonia-lyase  64.12 
 
 		 467 aa  560  1e-158  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000711201  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0871  L-serine dehydratase 1  56.81 
 
 		 448 aa  487  1e-136  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3740  L-serine dehydratase 1  56.38 
 
 		 453 aa  482  1e-135  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.336679  normal  0.205833 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2483  L-serine dehydratase 1  56.17 
 
 		 450 aa  479  1e-134  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.743605 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3389  L-serine dehydratase 1  56.72 
 
 		 448 aa  474  1e-132  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0996  L-serine dehydratase 1  58.09 
 
 		 456 aa  471  1.0000000000000001e-131  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0239492  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0518  L-serine dehydratase 1  55.35 
 
 		 457 aa  468  1.0000000000000001e-131  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.244314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3995  L-serine dehydratase 1  56.81 
 
 		 452 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.344017  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4035  L-serine dehydratase 1  56.6 
 
 		 453 aa  467  9.999999999999999e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.218631 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02760  L-serine ammonia-lyase  52.92 
 
 		 472 aa  466  9.999999999999999e-131  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1803  L-serine dehydratase 1  54.78 
 
 		 456 aa  465  9.999999999999999e-131  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0423  L-serine dehydratase 1  52.38 
 
 		 470 aa  458  9.999999999999999e-129  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.149927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0112  L-serine dehydratase 1  52.32 
 
 		 462 aa  461  9.999999999999999e-129  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0095  L-serine ammonia-lyase  52.41 
 
 		 462 aa  461  9.999999999999999e-129  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3047  L-serine dehydratase 1  50.74 
 
 		 460 aa  461  9.999999999999999e-129  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01684  L-serine ammonia-lyase  50.53 
 
 		 468 aa  456  1e-127  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.737007  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1429  L-serine ammonia-lyase  51.59 
 
 		 463 aa  457  1e-127  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3334  L-serine dehydratase 1  51.98 
 
 		 462 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.503028 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2194  L-serine dehydratase 1  53.83 
 
 		 452 aa  455  1.0000000000000001e-126  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4547  L-serine ammonia-lyase  51.48 
 
 		 462 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0116  L-serine dehydratase 1  52.73 
 
 		 460 aa  452  1.0000000000000001e-126  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.117006  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4393  L-serine ammonia-lyase  51.79 
 
 		 458 aa  451  1e-125  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4369  L-serine ammonia-lyase  50.21 
 
 		 464 aa  451  1e-125  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0215032  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0654  L-serine dehydratase 1  54.56 
 
 		 462 aa  450  1e-125  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.344045  normal  0.592232 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3225  L-serine dehydratase 1  51.02 
 
 		 475 aa  449  1e-125  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.319975 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0329  L-serine dehydratase 1  50.63 
 
 		 463 aa  447  1.0000000000000001e-124  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0854  hypothetical protein  49.26 
 
 		 458 aa  448  1.0000000000000001e-124  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0828  hypothetical protein  49.26 
 
 		 458 aa  446  1.0000000000000001e-124  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26040  L-serine dehydratase  51.06 
 
 		 458 aa  445  1.0000000000000001e-124  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1955  L-serine ammonia-lyase  50.53 
 
 		 504 aa  442  1e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4831  L-serine ammonia-lyase  51.15 
 
 		 462 aa  444  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0396  L-serine ammonia-lyase  50.95 
 
 		 545 aa  444  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4357  L-serine dehydratase 1  55.01 
 
 		 462 aa  444  1e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1863  L-serine ammonia-lyase  50.95 
 
 		 504 aa  444  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0992  L-serine dehydratase 1  51.58 
 
 		 458 aa  444  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1149  L-serine dehydratase 1  49.58 
 
 		 499 aa  438  9.999999999999999e-123  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2892  L-serine dehydratase 1  49.69 
 
 		 458 aa  440  9.999999999999999e-123  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.14665  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0995  L-serine ammonia-lyase  50.53 
 
 		 490 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4231  L-serine dehydratase 1  51.37 
 
 		 458 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2603  L-serine dehydratase 1  52.54 
 
 		 473 aa  441  9.999999999999999e-123  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0897  L-serine dehydratase 1  50.42 
 
 		 450 aa  439  9.999999999999999e-123  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.266509  normal  0.482369 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6246  L-serine dehydratase 1  50.42 
 
 		 455 aa  439  9.999999999999999e-123  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.187309  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16840  L-serine ammonia-lyase  50.21 
 
 		 458 aa  438  9.999999999999999e-123  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.128912  normal  0.527215 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0987  L-serine dehydratase 1  50.74 
 
 		 458 aa  435  1e-121  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3503  L-serine dehydratase 1  50.11 
 
 		 461 aa  437  1e-121  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5127  L-serine dehydratase 1  49.89 
 
 		 461 aa  435  1e-121  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0485  L-serine ammonia-lyase  49.68 
 
 		 461 aa  437  1e-121  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2900  L-serine dehydratase 1  50.73 
 
 		 458 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1601  L-serine ammonia-lyase  51.26 
 
 		 464 aa  437  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5152  L-serine dehydratase 1  49.89 
 
 		 461 aa  435  1e-121  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1024  L-serine dehydratase 1  50.95 
 
 		 458 aa  437  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.846352 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3280  L-serine dehydratase 1  51.69 
 
 		 460 aa  434  1e-120  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.984034 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5047  L-serine dehydratase 1  50.52 
 
 		 464 aa  432  1e-120  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.533739  normal  0.269496 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0430  L-serine dehydratase 1  50.1 
 
 		 465 aa  433  1e-120  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3215  L-serine dehydratase 1  49.89 
 
 		 529 aa  433  1e-120  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5070  L-serine dehydratase 1  49.89 
 
 		 461 aa  434  1e-120  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4547  L-serine dehydratase 1  49.89 
 
 		 461 aa  434  1e-120  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33270  L-serine ammonia-lyase  50.82 
 
 		 506 aa  432  1e-120  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0045  L-serine dehydratase  49.05 
 
 		 461 aa  431  1e-119  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.388959 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1625  L-serine dehydratase 1  48.3 
 
 		 458 aa  429  1e-119  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0594859  normal  0.120267 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2570  L-serine dehydratase 1  50.52 
 
 		 458 aa  431  1e-119  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3015  L-serine dehydratase 1  50.31 
 
 		 462 aa  431  1e-119  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0679  L-serine dehydratase 1  50 
 
 		 460 aa  431  1e-119  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1304  L-serine dehydratase 1  48.98 
 
 		 476 aa  429  1e-119  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00039374  normal  0.309635 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3620  L-serine dehydratase 1  49.68 
 
 		 467 aa  431  1e-119  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.294532  normal  0.0574017 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3038  L-serine ammonia-lyase  52.12 
 
 		 459 aa  428  1e-119  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.883779 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3591  L-serine dehydratase 1  48.48 
 
 		 475 aa  430  1e-119  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3144  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, single chain form  50.31 
 
 		 458 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0518  L-serine dehydratase 1  50.1 
 
 		 465 aa  427  1e-118  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.166535  decreased coverage  0.000152397 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6540  L-serine dehydratase 1  50.83 
 
 		 459 aa  427  1e-118  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00743621  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3333  L-serine ammonia-lyase  50.53 
 
 		 458 aa  426  1e-118  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3321  L-serine ammonia-lyase  49.79 
 
 		 462 aa  427  1e-118  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3490  L-serine dehydratase 1  50.11 
 
 		 458 aa  426  1e-118  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0052  L-serine ammonia-lyase  50.31 
 
 		 462 aa  427  1e-118  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1625  L-serine dehydratase 1  47.87 
 
 		 457 aa  425  1e-118  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.701794  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0155  L-serine dehydratase 1  50 
 
 		 462 aa  427  1e-118  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0129  L-serine dehydratase 1  50.21 
 
 		 462 aa  426  1e-118  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33030  L-serine dehydratase  49.15 
 
 		 458 aa  426  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.518916  hitchhiker  0.000319155 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0141  L-serine dehydratase 1  50.21 
 
 		 462 aa  426  1e-118  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3700  L-serine ammonia-lyase  48.96 
 
 		 457 aa  427  1e-118  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1325  L-serine ammonia-lyase  48.84 
 
 		 458 aa  426  1e-118  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.138393 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3884  L-serine dehydratase 1  50.31 
 
 		 462 aa  426  1e-118  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1196  L-serine ammonia-lyase  50.53 
 
 		 477 aa  424  1e-117  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.741628  normal  0.114508 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0292  L-serine dehydratase 1  51.59 
 
 		 459 aa  425  1e-117  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.247697 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>