More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0780 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0857  aminotransferase class V  85.57 
 
 		 395 aa  691    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4629  Serine--glyoxylate transaminase  90.89 
 
 		 395 aa  723    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0780  Serine--glyoxylate transaminase  100 
 
 		 395 aa  806    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.138734  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0544  putative aminotransferase, class V  73.92 
 
 		 395 aa  619  1e-176  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.155819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4689  aminotransferase, class V  73.92 
 
 		 393 aa  579  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2018  Serine--glyoxylate transaminase  49.61 
 
 		 400 aa  357  2.9999999999999997e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3472  aminotransferase, class V  44.84 
 
 		 396 aa  345  5e-94  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1888  aminotransferase, class V  47.8 
 
 		 400 aa  345  6e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.918879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0245  Serine-pyruvate aminotransferase/aspartate aminotransferase  47.8 
 
 		 400 aa  345  1e-93  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1369  Serine--glyoxylate transaminase  43.23 
 
 		 397 aa  331  2e-89  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1983  aminotransferase, class V  45.18 
 
 		 404 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.441158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0923  aminotransferase, class V  42.93 
 
 		 401 aa  320  3.9999999999999996e-86  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000440044  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2090  putative serine--glyoxylate aminotransferase  45.29 
 
 		 418 aa  316  4e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.71592  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4717  Serine--glyoxylate transaminase  42.93 
 
 		 391 aa  308  9e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393654 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6959  Serine--glyoxylate transaminase  40.25 
 
 		 406 aa  306  3e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.987633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3001  Serine--glyoxylate transaminase  40.25 
 
 		 406 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000231297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5728  serine-glyoxylate aminotransferase  40.78 
 
 		 395 aa  298  8e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.474874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4200  aminotransferase class V  42.42 
 
 		 391 aa  298  2e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.357141 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0729  aminotransferase, class V  45.57 
 
 		 390 aa  295  8e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.434547  normal  0.30406 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4570  Serine--glyoxylate transaminase  42.16 
 
 		 391 aa  295  1e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0189325 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4253  Serine--glyoxylate transaminase  39.33 
 
 		 406 aa  293  3e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.340668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5140  aminotransferase, class V  40.26 
 
 		 406 aa  292  7e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2804  Serine--glyoxylate transaminase  38.82 
 
 		 399 aa  292  8e-78  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.19938  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3325  serine--glyoxylate aminotransferase  37.92 
 
 		 422 aa  291  1e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3418  Serine--glyoxylate transaminase  41.28 
 
 		 400 aa  290  4e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2413  aminotransferase, class V  38.82 
 
 		 415 aa  289  7e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0849168 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3022  aminotransferase, class V  39.44 
 
 		 406 aa  287  2e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.376021 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3486  Serine--glyoxylate transaminase  41.03 
 
 		 397 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.415302  normal  0.243284 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5630  Serine-glyoxylate aminotransferase (SGAT)  40 
 
 		 401 aa  283  4.0000000000000003e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3524  Serine--glyoxylate transaminase  38.87 
 
 		 398 aa  281  1e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.119567  normal  0.298821 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5729  Serine-glyoxylate aminotransferase  38.07 
 
 		 401 aa  281  2e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.31736  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2767  aminotransferase class V  40.52 
 
 		 397 aa  277  2e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169864  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1714  aminotransferase class V  39.13 
 
 		 396 aa  277  2e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.280776 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1162  aminotransferase, class V  37.56 
 
 		 398 aa  275  7e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.000700049  normal  0.406686 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3400  Serine--glyoxylate transaminase  38.54 
 
 		 402 aa  273  5.000000000000001e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4373  Serine--glyoxylate transaminase  39.24 
 
 		 397 aa  271  1e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.150786  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1795  Serine--glyoxylate transaminase  38.89 
 
 		 402 aa  271  2e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.758509  normal  0.307754 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3052  Serine--glyoxylate transaminase  38.13 
 
 		 413 aa  271  2e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.160259 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0602  Serine--glyoxylate transaminase  36.15 
 
 		 394 aa  270  2e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2131  aminotransferase class V  38.38 
 
 		 402 aa  269  5.9999999999999995e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.404443 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3670  aminotransferase class V  38.58 
 
 		 402 aa  268  1e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.569732 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1747  aminotransferase class V  38.13 
 
 		 402 aa  266  4e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.223279 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2753  aminotransferase, class V  36.67 
 
 		 406 aa  264  2e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.320291 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2906  aminotransferase class V  38.44 
 
 		 414 aa  264  2e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0981  aminotransferase, class V  37.05 
 
 		 391 aa  263  6e-69  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6552  Serine--glyoxylate transaminase  37.5 
 
 		 417 aa  262  8.999999999999999e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.323999 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0548  Serine--glyoxylate transaminase  36.73 
 
 		 403 aa  261  2e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4911  aminotransferase class V  38.73 
 
 		 397 aa  259  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.158383  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5929  Serine--glyoxylate transaminase  38.83 
 
 		 421 aa  258  1e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.293616  normal  0.115656 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1388  serine-glyoxylate aminotransferase  36.68 
 
 		 391 aa  257  3e-67  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7112  aminotransferase class V  35.71 
 
 		 417 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103015  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0887  serine--glyoxylate transaminase  37.99 
 
 		 396 aa  254  3e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.894708 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1406  serine--glyoxylate aminotransferase  37.88 
 
 		 395 aa  238  1e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.600675  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3308  serine-glyoxylate aminotransferase  35.96 
 
 		 398 aa  237  3e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.662608  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2489  putative serine--glyoxylate aminotransferase  36.61 
 
 		 400 aa  235  1.0000000000000001e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3261  serine-glyoxylate aminotransferase  35.92 
 
 		 415 aa  233  3e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.491157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2602  serine-glyoxylate aminotransferase  34.04 
 
 		 396 aa  233  4.0000000000000004e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0190637  normal  0.923656 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3921  Serine--glyoxylate transaminase  33.86 
 
 		 396 aa  226  5.0000000000000005e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3803  aminotransferase class V  33.93 
 
 		 384 aa  223  3e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3486  aminotransferase class V  34.3 
 
 		 382 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6210  Serine--glyoxylate transaminase  36.24 
 
 		 396 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.164021 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2630  aminotransferase class V  34.3 
 
 		 382 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0191  Serine--glyoxylate transaminase  35.2 
 
 		 382 aa  213  3.9999999999999995e-54  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.746637 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2699  serine-glyoxylate aminotransferase  34.55 
 
 		 396 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.734695  normal  0.425338 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0008  serine--glyoxylate transaminase  34.94 
 
 		 383 aa  208  1e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0160251  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1383  aminotransferase, class V  30.45 
 
 		 384 aa  206  7e-52  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000831703  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1429  aminotransferase class V  30.45 
 
 		 384 aa  202  9e-51  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.126435  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0019  Serine--glyoxylate transaminase  33.25 
 
 		 388 aa  201  1.9999999999999998e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000322298  hitchhiker  0.00000185369 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0836  phosphoserine aminotransferase / L-aspartate aminotransferase  34.87 
 
 		 400 aa  200  3e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.259424  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1188  aminotransferase class V  31.99 
 
 		 383 aa  196  5.000000000000001e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.26379  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0111  aminotransferase, class V  31.11 
 
 		 380 aa  196  5.000000000000001e-49  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0945  Serine--pyruvate transaminase  35.13 
 
 		 386 aa  196  6e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0754728  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0013  aminotransferase, class V  33.42 
 
 		 385 aa  196  9e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00141675  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1361  soluble hydrogenase small subunit  31.02 
 
 		 384 aa  195  1e-48  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00331  soluble hydrogenase small subunit  31.02 
 
 		 384 aa  194  2e-48  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.417582  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2693  aminotransferase class V  29.43 
 
 		 381 aa  193  3e-48  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00390195  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00341  soluble hydrogenase small subunit  32.21 
 
 		 387 aa  193  4e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0009  aminotransferase class V  34.97 
 
 		 383 aa  192  1e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11530  L-aspartate aminotransferase;phosphoserine aminotransferase  31.91 
 
 		 384 aa  191  1e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000426602  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0011  aminotransferase, class V  32.27 
 
 		 384 aa  192  1e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000196245  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3167  Serine--glyoxylate transaminase  34.59 
 
 		 385 aa  192  1e-47  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.131097 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00431  soluble hydrogenase small subunit  34.47 
 
 		 382 aa  191  2e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0035  soluble hydrogenase small subunit  31.32 
 
 		 387 aa  189  5e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00341  soluble hydrogenase small subunit  31.09 
 
 		 387 aa  189  5.999999999999999e-47  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1351  aminotransferase class V  31.99 
 
 		 363 aa  189  5.999999999999999e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0040  soluble hydrogenase small subunit  34.46 
 
 		 397 aa  189  7e-47  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00341  soluble hydrogenase small subunit  30.6 
 
 		 387 aa  189  7e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00351  soluble hydrogenase small subunit  32.18 
 
 		 385 aa  189  8e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.269173 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0040  aminotransferase class V  31.09 
 
 		 385 aa  188  1e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0119169  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0103  class V aminotransferase  32.98 
 
 		 382 aa  188  2e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4341  aminotransferase class V  32.17 
 
 		 382 aa  186  4e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.182025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2307  alanine--glyoxylate transaminase  32.15 
 
 		 360 aa  186  5e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1378  Serine--pyruvate transaminase  30.99 
 
 		 382 aa  186  7e-46  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0044  soluble hydrogenase small subunit  34.14 
 
 		 382 aa  185  1.0000000000000001e-45  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_540  aminotransferase, class V  32.13 
 
 		 362 aa  182  8.000000000000001e-45  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0499245  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0104  aminotransferase class V  29.54 
 
 		 380 aa  182  1e-44  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0575  phosphoserine aminotransferase / L-aspartate aminotransferase  31.58 
 
 		 362 aa  181  2e-44  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0600  soluble hydrogenase, tritium exchange subunit  31.58 
 
 		 362 aa  179  4.999999999999999e-44  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00706485  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1389  alanine--glyoxylate transaminase  29.97 
 
 		 382 aa  180  4.999999999999999e-44  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0519  alanine--glyoxylate transaminase  29.72 
 
 		 382 aa  178  1e-43  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>