More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3400 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_3400  Serine--glyoxylate transaminase  100 
 
 
402 aa  825    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3524  Serine--glyoxylate transaminase  81.3 
 
 
398 aa  647    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.119567  normal  0.298821 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5729  Serine-glyoxylate aminotransferase  76.74 
 
 
401 aa  631  1e-180  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.31736  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4717  Serine--glyoxylate transaminase  77.78 
 
 
391 aa  620  1e-176  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00393654 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4200  aminotransferase class V  77.52 
 
 
391 aa  612  9.999999999999999e-175  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.357141 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4570  Serine--glyoxylate transaminase  77 
 
 
391 aa  606  9.999999999999999e-173  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0189325 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5630  Serine-glyoxylate aminotransferase (SGAT)  69.11 
 
 
401 aa  540  9.999999999999999e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3418  Serine--glyoxylate transaminase  70.87 
 
 
400 aa  538  9.999999999999999e-153  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5728  serine-glyoxylate aminotransferase  63.8 
 
 
395 aa  528  1e-149  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.474874  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0923  aminotransferase, class V  66.23 
 
 
401 aa  528  1e-149  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000440044  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2804  Serine--glyoxylate transaminase  64.27 
 
 
399 aa  526  1e-148  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.19938  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4253  Serine--glyoxylate transaminase  64 
 
 
406 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.340668  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5140  aminotransferase, class V  63.54 
 
 
406 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2413  aminotransferase, class V  62.31 
 
 
415 aa  516  1.0000000000000001e-145  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0849168 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3325  serine--glyoxylate aminotransferase  63.43 
 
 
422 aa  516  1.0000000000000001e-145  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6959  Serine--glyoxylate transaminase  65.09 
 
 
406 aa  511  1e-144  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.987633  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3022  aminotransferase, class V  63.25 
 
 
406 aa  509  1e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.376021 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3001  Serine--glyoxylate transaminase  65.09 
 
 
406 aa  508  1e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000231297  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1162  aminotransferase, class V  62.53 
 
 
398 aa  498  1e-140  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.000700049  normal  0.406686 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2753  aminotransferase, class V  61.92 
 
 
406 aa  490  1e-137  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.320291 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0548  Serine--glyoxylate transaminase  62.24 
 
 
403 aa  487  1e-136  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0602  Serine--glyoxylate transaminase  60.26 
 
 
394 aa  482  1e-135  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2906  aminotransferase class V  59.79 
 
 
414 aa  479  1e-134  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2767  aminotransferase class V  62.6 
 
 
397 aa  476  1e-133  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169864  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3052  Serine--glyoxylate transaminase  60.15 
 
 
413 aa  476  1e-133  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.160259 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3486  Serine--glyoxylate transaminase  61.58 
 
 
397 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.415302  normal  0.243284 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4373  Serine--glyoxylate transaminase  62.6 
 
 
397 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.150786  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4911  aminotransferase class V  61.76 
 
 
397 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.158383  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1714  aminotransferase class V  53.42 
 
 
396 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.280776 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7112  aminotransferase class V  53.54 
 
 
417 aa  404  1e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103015  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6552  Serine--glyoxylate transaminase  54.45 
 
 
417 aa  404  1e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.323999 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3670  aminotransferase class V  53.45 
 
 
402 aa  394  1e-108  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.569732 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3261  serine-glyoxylate aminotransferase  50.26 
 
 
415 aa  379  1e-104  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.491157  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5929  Serine--glyoxylate transaminase  50.66 
 
 
421 aa  376  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.293616  normal  0.115656 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1795  Serine--glyoxylate transaminase  49.87 
 
 
402 aa  375  1e-103  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.758509  normal  0.307754 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2131  aminotransferase class V  49.87 
 
 
402 aa  374  1e-102  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.404443 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1747  aminotransferase class V  49.87 
 
 
402 aa  373  1e-102  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.223279 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1388  serine-glyoxylate aminotransferase  46.89 
 
 
391 aa  365  1e-99  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0981  aminotransferase, class V  47.49 
 
 
391 aa  364  1e-99  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1369  Serine--glyoxylate transaminase  47.4 
 
 
397 aa  357  1.9999999999999998e-97  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2489  putative serine--glyoxylate aminotransferase  49.73 
 
 
400 aa  355  5.999999999999999e-97  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1406  serine--glyoxylate aminotransferase  47.48 
 
 
395 aa  342  7e-93  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.600675  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3921  Serine--glyoxylate transaminase  44.85 
 
 
396 aa  339  4e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3308  serine-glyoxylate aminotransferase  44.47 
 
 
398 aa  337  2.9999999999999997e-91  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.662608  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0887  serine--glyoxylate transaminase  42.89 
 
 
396 aa  333  2e-90  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.894708 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2602  serine-glyoxylate aminotransferase  43.88 
 
 
396 aa  330  4e-89  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0190637  normal  0.923656 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6210  Serine--glyoxylate transaminase  45.12 
 
 
396 aa  319  3.9999999999999996e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.164021 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2699  serine-glyoxylate aminotransferase  44.95 
 
 
396 aa  318  9e-86  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.734695  normal  0.425338 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0008  serine--glyoxylate transaminase  44.67 
 
 
383 aa  303  3.0000000000000004e-81  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0160251  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0857  aminotransferase class V  41.67 
 
 
395 aa  299  5e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0544  putative aminotransferase, class V  41.24 
 
 
395 aa  295  8e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.155819  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4629  Serine--glyoxylate transaminase  41.15 
 
 
395 aa  293  4e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2630  aminotransferase class V  41.76 
 
 
382 aa  291  2e-77  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3486  aminotransferase class V  41.76 
 
 
382 aa  291  2e-77  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3803  aminotransferase class V  40.98 
 
 
384 aa  283  3.0000000000000004e-75  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0780  Serine--glyoxylate transaminase  38.54 
 
 
395 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.138734  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0013  aminotransferase, class V  41.89 
 
 
385 aa  278  9e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00141675  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1188  aminotransferase class V  40.21 
 
 
383 aa  277  3e-73  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.26379  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0019  Serine--glyoxylate transaminase  40.68 
 
 
388 aa  276  4e-73  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000322298  hitchhiker  0.00000185369 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0191  Serine--glyoxylate transaminase  41.46 
 
 
382 aa  273  5.000000000000001e-72  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.746637 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4341  aminotransferase class V  40.9 
 
 
382 aa  270  5e-71  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.182025  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0600  soluble hydrogenase, tritium exchange subunit  41.16 
 
 
362 aa  268  1e-70  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00706485  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0945  Serine--pyruvate transaminase  42.15 
 
 
386 aa  268  2e-70  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0754728  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00341  soluble hydrogenase small subunit  39.66 
 
 
387 aa  267  2.9999999999999995e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00351  soluble hydrogenase small subunit  39.61 
 
 
385 aa  267  2.9999999999999995e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.269173 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0575  phosphoserine aminotransferase / L-aspartate aminotransferase  40.61 
 
 
362 aa  266  4e-70  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_540  aminotransferase, class V  41.16 
 
 
362 aa  266  5e-70  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0499245  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00331  soluble hydrogenase small subunit  38.23 
 
 
384 aa  265  7e-70  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.417582  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1361  soluble hydrogenase small subunit  38.23 
 
 
384 aa  265  8e-70  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0035  soluble hydrogenase small subunit  39.34 
 
 
387 aa  265  8e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00341  soluble hydrogenase small subunit  39.34 
 
 
387 aa  265  1e-69  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4689  aminotransferase, class V  39.74 
 
 
393 aa  265  1e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1351  aminotransferase class V  39 
 
 
363 aa  263  3e-69  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1383  aminotransferase, class V  39.31 
 
 
384 aa  263  4e-69  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000831703  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3167  Serine--glyoxylate transaminase  39.78 
 
 
385 aa  263  4.999999999999999e-69  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.131097 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1429  aminotransferase class V  38.7 
 
 
384 aa  260  3e-68  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.126435  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1378  Serine--pyruvate transaminase  38.64 
 
 
382 aa  258  2e-67  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0103  class V aminotransferase  38.12 
 
 
382 aa  256  4e-67  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0040  soluble hydrogenase small subunit  41.99 
 
 
397 aa  256  6e-67  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3472  aminotransferase, class V  38.27 
 
 
396 aa  255  1.0000000000000001e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00431  soluble hydrogenase small subunit  40.61 
 
 
382 aa  254  2.0000000000000002e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00341  soluble hydrogenase small subunit  37.68 
 
 
387 aa  254  2.0000000000000002e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0044  soluble hydrogenase small subunit  40.61 
 
 
382 aa  251  2e-65  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2693  aminotransferase class V  37.63 
 
 
381 aa  251  2e-65  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00390195  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0009  aminotransferase class V  40.76 
 
 
383 aa  245  9e-64  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2126  aminotransferase class V  37.03 
 
 
386 aa  243  6e-63  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000896436  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0040  aminotransferase class V  35.64 
 
 
385 aa  241  2e-62  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0119169  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2307  alanine--glyoxylate transaminase  37.95 
 
 
360 aa  240  2.9999999999999997e-62  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2090  putative serine--glyoxylate aminotransferase  39.9 
 
 
418 aa  239  6.999999999999999e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.71592  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0111  aminotransferase, class V  37.11 
 
 
380 aa  239  9e-62  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1504  aminotransferase class V  37.15 
 
 
379 aa  238  2e-61  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0011  aminotransferase, class V  38.56 
 
 
384 aa  238  2e-61  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000196245  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0836  phosphoserine aminotransferase / L-aspartate aminotransferase  35.19 
 
 
400 aa  236  5.0000000000000005e-61  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.259424  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1389  alanine--glyoxylate transaminase  35.86 
 
 
382 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2460  Serine--glyoxylate transaminase  35.64 
 
 
379 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0104  aminotransferase class V  36.97 
 
 
380 aa  234  3e-60  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2018  Serine--glyoxylate transaminase  37.79 
 
 
400 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0519  alanine--glyoxylate transaminase  35.6 
 
 
382 aa  233  6e-60  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1983  aminotransferase, class V  37.18 
 
 
404 aa  232  7.000000000000001e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.441158  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1247  phosphoserine aminotransferase / L-aspartate aminotransferase  35.58 
 
 
382 aa  229  8e-59  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.465201  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>