49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1549 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1549  type IV pilus assembly PilZ  100 
 
 		 82 aa  167  4e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00273376  normal  0.068987 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2029  type IV pilus assembly PilZ  58.97 
 
 		 79 aa  103  7e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.338028  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1523  hypothetical protein  63.29 
 
 		 79 aa  103  1e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4536  type IV pilus assembly PilZ  60 
 
 		 94 aa  101  4e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7256  hypothetical protein  55.56 
 
 		 84 aa  93.2  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.226268  normal  0.415957 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1720  type IV pilus assembly PilZ  50.63 
 
 		 79 aa  90.1  9e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.688606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3753  type IV pilus assembly PilZ  50.63 
 
 		 79 aa  89.4  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.89147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5461  hypothetical protein  48.72 
 
 		 83 aa  85.5  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.392533 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1467  hypothetical protein  41.77 
 
 		 98 aa  71.6  0.000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.511382 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4663  hypothetical protein  45.57 
 
 		 83 aa  68.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.969031  normal  0.75307 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7466  hypothetical protein  42.31 
 
 		 96 aa  67.8  0.00000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.113392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4527  type IV pilus assembly PilZ  41.77 
 
 		 118 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.501407  normal  0.772681 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4372  type IV pilus assembly PilZ  43.59 
 
 		 83 aa  66.2  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.132797  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3181  type IV pilus assembly PilZ  33.77 
 
 		 81 aa  61.2  0.000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.742526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1244  type IV pilus assembly PilZ  48.28 
 
 		 82 aa  61.2  0.000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.192834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3553  type IV pilus assembly PilZ  36.25 
 
 		 119 aa  60.5  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.180845  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2398  hypothetical protein  34.52 
 
 		 114 aa  60.5  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.47311 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  39.73 
 
 		 417 aa  57.8  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  38.36 
 
 		 417 aa  56.6  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3053  type IV pilus assembly PilZ  31.71 
 
 		 114 aa  56.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3050  type IV pilus assembly PilZ  32.95 
 
 		 119 aa  53.9  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.672808 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2803  type IV pilus assembly PilZ  34.15 
 
 		 131 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5314  type IV pilus assembly PilZ  33.33 
 
 		 106 aa  52.8  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.947891  normal  0.173027 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2411  type IV pilus assembly PilZ  37.29 
 
 		 88 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5895  type IV pilus assembly PilZ  31.65 
 
 		 81 aa  52  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.51757  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7098  type IV pilus assembly PilZ  31.17 
 
 		 82 aa  52  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.867442  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4529  type IV pilus assembly PilZ  36.25 
 
 		 99 aa  52  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.470833  normal  0.812633 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2410  type IV pilus assembly PilZ  34.15 
 
 		 133 aa  51.2  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.847624  normal  0.205618 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2400  hypothetical protein  34.33 
 
 		 119 aa  50.8  0.000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.93992  normal  0.497103 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3752  type IV pilus assembly PilZ  32.5 
 
 		 136 aa  50.4  0.000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.052098 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4838  type IV pilus assembly PilZ  28.92 
 
 		 137 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.13934  normal  0.448899 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4321  type IV pilus assembly PilZ  31.25 
 
 		 148 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.329516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4690  type IV pilus assembly PilZ  31.25 
 
 		 148 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0169937  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2832  hypothetical protein  29.49 
 
 		 90 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2542  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  35.29 
 
 		 657 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0652  type IV pilus assembly PilZ  41.77 
 
 		 101 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.30953 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2644  hypothetical protein  31.25 
 
 		 97 aa  45.4  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0689  type IV pilus assembly PilZ  40 
 
 		 99 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.244965  normal  0.130937 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6500  type IV pilus assembly PilZ  41.1 
 
 		 151 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.504949  normal  0.0176995 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2135  hypothetical protein  31.34 
 
 		 75 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.269568 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0678  type IV pilus assembly PilZ  40 
 
 		 99 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3320  type IV pilus assembly PilZ  28.75 
 
 		 119 aa  45.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2795  hypothetical protein  32.91 
 
 		 85 aa  44.7  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.133502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4746  type IV pilus assembly PilZ  30 
 
 		 86 aa  44.3  0.0006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.207973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1603  hypothetical protein  37.14 
 
 		 118 aa  43.5  0.0009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.858163  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2941  hypothetical protein  33.33 
 
 		 85 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.544468 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2527  hypothetical protein  35.44 
 
 		 85 aa  42.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3242  type IV pilus assembly PilZ  31.48 
 
 		 82 aa  41.6  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.439074  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1926  hypothetical protein  31.48 
 
 		 89 aa  41.6  0.004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.440558 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>