50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1720 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1720  type IV pilus assembly PilZ  100 
 
 		 79 aa  160  6e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.688606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3753  type IV pilus assembly PilZ  92.41 
 
 		 79 aa  149  1e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.89147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5461  hypothetical protein  57.69 
 
 		 83 aa  90.5  7e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.392533 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1549  type IV pilus assembly PilZ  50.63 
 
 		 82 aa  90.1  9e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00273376  normal  0.068987 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1523  hypothetical protein  50.63 
 
 		 79 aa  87.8  4e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7256  hypothetical protein  45.57 
 
 		 84 aa  81.6  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.226268  normal  0.415957 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4536  type IV pilus assembly PilZ  44.3 
 
 		 94 aa  81.3  0.000000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2029  type IV pilus assembly PilZ  44.3 
 
 		 79 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.338028  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4372  type IV pilus assembly PilZ  44.3 
 
 		 83 aa  65.1  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.132797  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4663  hypothetical protein  39.24 
 
 		 83 aa  60.8  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.969031  normal  0.75307 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2803  type IV pilus assembly PilZ  39.51 
 
 		 131 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4527  type IV pilus assembly PilZ  43.04 
 
 		 118 aa  57.4  0.00000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.501407  normal  0.772681 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1467  hypothetical protein  36.36 
 
 		 98 aa  57  0.00000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.511382 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5314  type IV pilus assembly PilZ  38.46 
 
 		 106 aa  57  0.00000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.947891  normal  0.173027 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7466  hypothetical protein  34.62 
 
 		 96 aa  56.6  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.113392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4690  type IV pilus assembly PilZ  36.25 
 
 		 148 aa  55.5  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0169937  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4321  type IV pilus assembly PilZ  36.25 
 
 		 148 aa  55.5  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.329516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2410  type IV pilus assembly PilZ  39.51 
 
 		 133 aa  54.3  0.0000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.847624  normal  0.205618 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3553  type IV pilus assembly PilZ  33.33 
 
 		 119 aa  53.5  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.180845  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5566  hypothetical protein  42.31 
 
 		 103 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4746  type IV pilus assembly PilZ  37.5 
 
 		 86 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.207973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4838  type IV pilus assembly PilZ  33.33 
 
 		 137 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.13934  normal  0.448899 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3752  type IV pilus assembly PilZ  35.8 
 
 		 136 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.052098 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3050  type IV pilus assembly PilZ  42.86 
 
 		 119 aa  51.6  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.672808 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2400  hypothetical protein  41.79 
 
 		 119 aa  51.6  0.000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.93992  normal  0.497103 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3320  type IV pilus assembly PilZ  37.04 
 
 		 119 aa  49.7  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1244  type IV pilus assembly PilZ  39.06 
 
 		 82 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.192834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0087  hypothetical protein  39.08 
 
 		 101 aa  47.8  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.423806  normal  0.428785 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7098  type IV pilus assembly PilZ  34.18 
 
 		 82 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.867442  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3181  type IV pilus assembly PilZ  36.25 
 
 		 81 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.742526  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  32.88 
 
 		 417 aa  46.6  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4529  type IV pilus assembly PilZ  36.25 
 
 		 99 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.470833  normal  0.812633 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2644  hypothetical protein  36.25 
 
 		 97 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6500  type IV pilus assembly PilZ  43.08 
 
 		 151 aa  45.4  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.504949  normal  0.0176995 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  32.88 
 
 		 417 aa  44.7  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0047  hypothetical protein  36.05 
 
 		 106 aa  42.7  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.090381  normal  0.242113 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0055  hypothetical protein  35.71 
 
 		 106 aa  42.7  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.555564  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1913  hypothetical protein  32.89 
 
 		 99 aa  42.4  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.190295  hitchhiker  0.0055716 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3053  type IV pilus assembly PilZ  30 
 
 		 114 aa  42  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0652  type IV pilus assembly PilZ  37.66 
 
 		 101 aa  41.2  0.004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.30953 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2411  type IV pilus assembly PilZ  34.43 
 
 		 88 aa  41.6  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2803  hypothetical protein  44.23 
 
 		 100 aa  41.2  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.202538 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2398  hypothetical protein  28.4 
 
 		 114 aa  40.8  0.006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.47311 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2833  type IV pilus assembly PilZ  42.31 
 
 		 82 aa  40.4  0.007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0990376  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0833  type IV pilus assembly PilZ  28 
 
 		 117 aa  40.8  0.007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.2495  normal  0.757001 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3242  type IV pilus assembly PilZ  40.38 
 
 		 82 aa  40.4  0.008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.439074  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0626  hypothetical protein  36.36 
 
 		 104 aa  40.4  0.008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0227611  normal  0.369246 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1603  hypothetical protein  34.62 
 
 		 118 aa  40.4  0.009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.858163  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0689  type IV pilus assembly PilZ  37.66 
 
 		 99 aa  40  0.01  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.244965  normal  0.130937 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0678  type IV pilus assembly PilZ  37.66 
 
 		 99 aa  40  0.01  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>