39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4663 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4663  hypothetical protein  100 
 
 		 83 aa  170  5e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.969031  normal  0.75307 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4372  type IV pilus assembly PilZ  79.27 
 
 		 83 aa  136  7e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.132797  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1467  hypothetical protein  48.81 
 
 		 98 aa  87  8e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.511382 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2029  type IV pilus assembly PilZ  40.51 
 
 		 79 aa  70.1  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.338028  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1549  type IV pilus assembly PilZ  45.57 
 
 		 82 aa  68.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00273376  normal  0.068987 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4536  type IV pilus assembly PilZ  40 
 
 		 94 aa  67.4  0.00000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1523  hypothetical protein  42.31 
 
 		 79 aa  65.5  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7256  hypothetical protein  37.04 
 
 		 84 aa  62  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.226268  normal  0.415957 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1720  type IV pilus assembly PilZ  39.24 
 
 		 79 aa  60.8  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.688606  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4527  type IV pilus assembly PilZ  55.17 
 
 		 118 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.501407  normal  0.772681 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5461  hypothetical protein  40 
 
 		 83 aa  58.5  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.392533 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3753  type IV pilus assembly PilZ  39.24 
 
 		 79 aa  57.8  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.89147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7466  hypothetical protein  35.71 
 
 		 96 aa  52.8  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.113392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0689  type IV pilus assembly PilZ  43.86 
 
 		 99 aa  46.2  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.244965  normal  0.130937 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3320  type IV pilus assembly PilZ  37.93 
 
 		 119 aa  46.2  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2803  type IV pilus assembly PilZ  35 
 
 		 131 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0678  type IV pilus assembly PilZ  43.86 
 
 		 99 aa  46.2  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2398  hypothetical protein  34.57 
 
 		 114 aa  45.4  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.47311 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0652  type IV pilus assembly PilZ  42.86 
 
 		 101 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.30953 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2400  hypothetical protein  38.6 
 
 		 119 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.93992  normal  0.497103 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4529  type IV pilus assembly PilZ  35 
 
 		 99 aa  45.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.470833  normal  0.812633 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2833  type IV pilus assembly PilZ  43.14 
 
 		 82 aa  45.4  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0990376  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2803  hypothetical protein  43.14 
 
 		 100 aa  44.7  0.0004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.202538 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2410  type IV pilus assembly PilZ  37.29 
 
 		 133 aa  43.9  0.0007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.847624  normal  0.205618 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4321  type IV pilus assembly PilZ  30 
 
 		 148 aa  43.9  0.0008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.329516  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4028  hypothetical protein  33.75 
 
 		 85 aa  43.9  0.0008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.41217 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4690  type IV pilus assembly PilZ  30 
 
 		 148 aa  43.9  0.0008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0169937  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0833  type IV pilus assembly PilZ  30.38 
 
 		 117 aa  43.5  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.2495  normal  0.757001 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4746  type IV pilus assembly PilZ  33.33 
 
 		 86 aa  42.7  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.207973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3053  type IV pilus assembly PilZ  34.57 
 
 		 114 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2411  type IV pilus assembly PilZ  37.7 
 
 		 88 aa  43.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3752  type IV pilus assembly PilZ  35.59 
 
 		 136 aa  42.4  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.052098 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2410  type IV pilus assembly PilZ  31.76 
 
 		 91 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00616498  normal  0.0220666 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5895  type IV pilus assembly PilZ  36.07 
 
 		 81 aa  42  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.51757  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2644  hypothetical protein  35 
 
 		 97 aa  42  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3242  type IV pilus assembly PilZ  41.18 
 
 		 82 aa  41.6  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.439074  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4838  type IV pilus assembly PilZ  30.65 
 
 		 137 aa  41.6  0.003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.13934  normal  0.448899 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3181  type IV pilus assembly PilZ  36.51 
 
 		 81 aa  41.6  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.742526  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5176  hypothetical protein  39.62 
 
 		 83 aa  40  0.01  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.30312  normal  0.215484 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>