40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2398 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2398  hypothetical protein  100 
 
 		 114 aa  225  2e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.47311 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3053  type IV pilus assembly PilZ  83.33 
 
 		 114 aa  196  7.999999999999999e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3320  type IV pilus assembly PilZ  40 
 
 		 119 aa  83.2  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3553  type IV pilus assembly PilZ  36.52 
 
 		 119 aa  80.5  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.180845  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3050  type IV pilus assembly PilZ  38.98 
 
 		 119 aa  80.9  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.672808 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2400  hypothetical protein  41.12 
 
 		 119 aa  79  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.93992  normal  0.497103 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7466  hypothetical protein  34.62 
 
 		 96 aa  61.6  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.113392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1549  type IV pilus assembly PilZ  34.52 
 
 		 82 aa  60.5  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00273376  normal  0.068987 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4838  type IV pilus assembly PilZ  31.33 
 
 		 137 aa  57.4  0.00000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.13934  normal  0.448899 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3752  type IV pilus assembly PilZ  32.14 
 
 		 136 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.052098 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1523  hypothetical protein  30 
 
 		 79 aa  56.2  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4536  type IV pilus assembly PilZ  34.88 
 
 		 94 aa  56.6  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4529  type IV pilus assembly PilZ  36.05 
 
 		 99 aa  55.5  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.470833  normal  0.812633 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2803  type IV pilus assembly PilZ  33.75 
 
 		 131 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4321  type IV pilus assembly PilZ  30.86 
 
 		 148 aa  54.7  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.329516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4690  type IV pilus assembly PilZ  30.86 
 
 		 148 aa  54.7  0.0000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0169937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1603  hypothetical protein  27.19 
 
 		 118 aa  53.1  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.858163  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5314  type IV pilus assembly PilZ  30.39 
 
 		 106 aa  52.4  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.947891  normal  0.173027 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2410  type IV pilus assembly PilZ  30.86 
 
 		 133 aa  52  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.847624  normal  0.205618 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4746  type IV pilus assembly PilZ  31.25 
 
 		 86 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.207973  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2029  type IV pilus assembly PilZ  32.5 
 
 		 79 aa  48.9  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.338028  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4028  hypothetical protein  45.61 
 
 		 85 aa  49.3  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.41217 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0827  type IV pilus assembly PilZ  32.58 
 
 		 122 aa  46.2  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00198339 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1244  type IV pilus assembly PilZ  35.48 
 
 		 82 aa  46.2  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.192834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4663  hypothetical protein  34.57 
 
 		 83 aa  45.4  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.969031  normal  0.75307 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2795  hypothetical protein  32.5 
 
 		 85 aa  45.4  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.133502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4527  type IV pilus assembly PilZ  37.5 
 
 		 118 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.501407  normal  0.772681 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5461  hypothetical protein  32.91 
 
 		 83 aa  45.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.392533 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4372  type IV pilus assembly PilZ  30 
 
 		 83 aa  45.1  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.132797  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0652  type IV pilus assembly PilZ  35 
 
 		 101 aa  43.9  0.0007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.30953 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5621  type IV pilus assembly PilZ  37.04 
 
 		 96 aa  43.9  0.0007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0212596  normal  0.144053 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2411  type IV pilus assembly PilZ  33.33 
 
 		 88 aa  43.9  0.0008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3181  type IV pilus assembly PilZ  31.51 
 
 		 81 aa  43.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.742526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3753  type IV pilus assembly PilZ  29.63 
 
 		 79 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.89147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2832  hypothetical protein  28.09 
 
 		 90 aa  42  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6500  type IV pilus assembly PilZ  38.33 
 
 		 151 aa  41.6  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.504949  normal  0.0176995 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1720  type IV pilus assembly PilZ  28.4 
 
 		 79 aa  40.8  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.688606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2527  hypothetical protein  35.44 
 
 		 85 aa  40.4  0.008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5895  type IV pilus assembly PilZ  33.96 
 
 		 81 aa  40  0.01  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.51757  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7098  type IV pilus assembly PilZ  32.05 
 
 		 82 aa  40  0.01  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.867442  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>