40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3053 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3053  type IV pilus assembly PilZ  100 
 
 		 114 aa  228  1e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2398  hypothetical protein  83.33 
 
 		 114 aa  196  7.999999999999999e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.47311 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3320  type IV pilus assembly PilZ  36.52 
 
 		 119 aa  77.8  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3050  type IV pilus assembly PilZ  35.59 
 
 		 119 aa  77.4  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.672808 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3553  type IV pilus assembly PilZ  35.65 
 
 		 119 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.180845  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2400  hypothetical protein  36.45 
 
 		 119 aa  71.6  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.93992  normal  0.497103 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7466  hypothetical protein  34.62 
 
 		 96 aa  61.2  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.113392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1603  hypothetical protein  33.04 
 
 		 118 aa  60.1  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.858163  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4690  type IV pilus assembly PilZ  28.95 
 
 		 148 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0169937  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4321  type IV pilus assembly PilZ  28.95 
 
 		 148 aa  57.8  0.00000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.329516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4838  type IV pilus assembly PilZ  32.93 
 
 		 137 aa  57.4  0.00000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.13934  normal  0.448899 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3752  type IV pilus assembly PilZ  33.75 
 
 		 136 aa  56.2  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.052098 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1549  type IV pilus assembly PilZ  31.71 
 
 		 82 aa  56.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00273376  normal  0.068987 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2410  type IV pilus assembly PilZ  32.93 
 
 		 133 aa  55.1  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.847624  normal  0.205618 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2803  type IV pilus assembly PilZ  30.16 
 
 		 131 aa  53.9  0.0000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5314  type IV pilus assembly PilZ  28.43 
 
 		 106 aa  52.8  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.947891  normal  0.173027 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1523  hypothetical protein  26.25 
 
 		 79 aa  52  0.000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4529  type IV pilus assembly PilZ  32.93 
 
 		 99 aa  50.4  0.000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.470833  normal  0.812633 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4536  type IV pilus assembly PilZ  29.41 
 
 		 94 aa  49.7  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2029  type IV pilus assembly PilZ  33.75 
 
 		 79 aa  49.7  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.338028  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2832  hypothetical protein  29.21 
 
 		 90 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4746  type IV pilus assembly PilZ  32.5 
 
 		 86 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.207973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0827  type IV pilus assembly PilZ  30.95 
 
 		 122 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00198339 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4527  type IV pilus assembly PilZ  33.04 
 
 		 118 aa  47.4  0.00007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.501407  normal  0.772681 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5621  type IV pilus assembly PilZ  37.04 
 
 		 96 aa  47  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0212596  normal  0.144053 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4028  hypothetical protein  42.11 
 
 		 85 aa  45.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.41217 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1244  type IV pilus assembly PilZ  30.51 
 
 		 82 aa  44.7  0.0004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.192834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2795  hypothetical protein  38.24 
 
 		 85 aa  44.7  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.133502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2644  hypothetical protein  27.17 
 
 		 97 aa  45.1  0.0004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5461  hypothetical protein  31.65 
 
 		 83 aa  44.3  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.392533 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0652  type IV pilus assembly PilZ  32.79 
 
 		 101 aa  44.3  0.0006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.30953 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3753  type IV pilus assembly PilZ  31.25 
 
 		 79 aa  43.5  0.0009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.89147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4663  hypothetical protein  34.57 
 
 		 83 aa  43.5  0.0009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.969031  normal  0.75307 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4372  type IV pilus assembly PilZ  31.25 
 
 		 83 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.132797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2411  type IV pilus assembly PilZ  32.08 
 
 		 88 aa  43.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1720  type IV pilus assembly PilZ  30 
 
 		 79 aa  42  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.688606  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7098  type IV pilus assembly PilZ  30 
 
 		 82 aa  41.2  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.867442  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2527  hypothetical protein  34.18 
 
 		 85 aa  40.4  0.008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5895  type IV pilus assembly PilZ  32.69 
 
 		 81 aa  40.4  0.008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.51757  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3181  type IV pilus assembly PilZ  29.87 
 
 		 81 aa  40.4  0.008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.742526  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>