32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4372 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_4372  type IV pilus assembly PilZ  100 
 
 		 83 aa  171  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.132797  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4663  hypothetical protein  79.27 
 
 		 83 aa  136  7e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.969031  normal  0.75307 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1467  hypothetical protein  44.58 
 
 		 98 aa  88.2  4e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.511382 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2029  type IV pilus assembly PilZ  41.77 
 
 		 79 aa  68.6  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.338028  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1549  type IV pilus assembly PilZ  43.59 
 
 		 82 aa  66.2  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00273376  normal  0.068987 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1720  type IV pilus assembly PilZ  44.3 
 
 		 79 aa  65.1  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.688606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4536  type IV pilus assembly PilZ  41.77 
 
 		 94 aa  65.1  0.0000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3753  type IV pilus assembly PilZ  43.04 
 
 		 79 aa  61.2  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.89147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1523  hypothetical protein  42.11 
 
 		 79 aa  60.8  0.000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4527  type IV pilus assembly PilZ  51.72 
 
 		 118 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.501407  normal  0.772681 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5461  hypothetical protein  40.51 
 
 		 83 aa  55.5  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.392533 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7466  hypothetical protein  35 
 
 		 96 aa  55.1  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.113392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7256  hypothetical protein  32.89 
 
 		 84 aa  49.7  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.226268  normal  0.415957 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3320  type IV pilus assembly PilZ  34.62 
 
 		 119 aa  48.9  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4746  type IV pilus assembly PilZ  38.46 
 
 		 86 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.207973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4321  type IV pilus assembly PilZ  32.5 
 
 		 148 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.329516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4529  type IV pilus assembly PilZ  35 
 
 		 99 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.470833  normal  0.812633 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4690  type IV pilus assembly PilZ  32.5 
 
 		 148 aa  46.2  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0169937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2398  hypothetical protein  30 
 
 		 114 aa  45.1  0.0004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.47311 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2400  hypothetical protein  37.93 
 
 		 119 aa  44.7  0.0004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.93992  normal  0.497103 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2410  type IV pilus assembly PilZ  33.33 
 
 		 133 aa  44.3  0.0005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.847624  normal  0.205618 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2411  type IV pilus assembly PilZ  37.7 
 
 		 88 aa  44.3  0.0005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3752  type IV pilus assembly PilZ  34.57 
 
 		 136 aa  44.3  0.0006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.052098 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3050  type IV pilus assembly PilZ  32.5 
 
 		 119 aa  43.9  0.0007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.672808 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3053  type IV pilus assembly PilZ  31.25 
 
 		 114 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2410  type IV pilus assembly PilZ  34.12 
 
 		 91 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00616498  normal  0.0220666 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2803  type IV pilus assembly PilZ  30.86 
 
 		 131 aa  43.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4838  type IV pilus assembly PilZ  30 
 
 		 137 aa  42.7  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.13934  normal  0.448899 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5895  type IV pilus assembly PilZ  34.43 
 
 		 81 aa  41.2  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.51757  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1913  hypothetical protein  32.43 
 
 		 99 aa  40.8  0.006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.190295  hitchhiker  0.0055716 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2833  type IV pilus assembly PilZ  39.62 
 
 		 82 aa  40.4  0.008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0990376  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0652  type IV pilus assembly PilZ  37.5 
 
 		 101 aa  40  0.01  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.30953 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>