More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1042 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1042  PfkB  100 
 
 		 320 aa  632  1e-180  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1949  ribokinase-like domain-containing protein  42.62 
 
 		 305 aa  135  9.999999999999999e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0799374  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0970  carbohydrate kinase  33.64 
 
 		 314 aa  109  8.000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2483  PfkB domain protein  33.13 
 
 		 302 aa  102  1e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0692  carbohydrate kinase  32.04 
 
 		 304 aa  99.8  6e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.19709  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1736  PfkB domain protein  31.68 
 
 		 304 aa  99  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2812  PfkB  30.97 
 
 		 321 aa  93.6  4e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3386  ribokinase-like domain-containing protein  31.55 
 
 		 298 aa  91.3  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.139536 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4749  ribokinase  33.23 
 
 		 309 aa  90.9  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1980  ribokinase  29.03 
 
 		 302 aa  88.6  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4268  PfkB family kinase  31.65 
 
 		 298 aa  87  4e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1117  ribokinase-like domain-containing protein  30.86 
 
 		 305 aa  86.7  5e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.145837 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03768  predicted sugar kinase  31.33 
 
 		 298 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4103  PfkB domain protein  31.33 
 
 		 298 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03717  hypothetical protein  31.33 
 
 		 298 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.953641  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4406  PfkB family kinase  31.33 
 
 		 298 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1507  ribokinase  31.76 
 
 		 308 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1526  ribokinase  31.76 
 
 		 308 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.395922  normal  0.909431 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5330  kinase, PfkB family  31.01 
 
 		 298 aa  82.4  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.574224 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl642  ribokinase  23.12 
 
 		 308 aa  81.3  0.00000000000002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0041  ribokinase-like domain-containing protein  30.97 
 
 		 304 aa  79.3  0.00000000000007  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1587  ribokinase  31.38 
 
 		 311 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338475  normal  0.646425 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  30.84 
 
 		 306 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  25.48 
 
 		 299 aa  78.2  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1130  ribokinase  31.86 
 
 		 311 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1610  ribokinase  31.86 
 
 		 311 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.231434  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4349  kinase, PfkB family  27.16 
 
 		 298 aa  78.2  0.0000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  29.78 
 
 		 308 aa  75.9  0.0000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1860  ribokinase-like domain-containing protein  26.22 
 
 		 315 aa  75.5  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.335723  decreased coverage  0.00000390561 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0162  ribokinase  27.64 
 
 		 309 aa  75.5  0.000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1870  PfkB domain protein  25.91 
 
 		 315 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0114143  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1960  ribokinase  30.06 
 
 		 302 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0122509  normal  0.0586965 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  29.47 
 
 		 308 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1996  PfkB family kinase  25.91 
 
 		 315 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1419  PfkB family kinase  25.61 
 
 		 315 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.997387  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0354  ribokinase  28.48 
 
 		 308 aa  73.6  0.000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4140  ribokinase-like domain-containing protein  27.3 
 
 		 298 aa  73.2  0.000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.682006  normal  0.581205 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4257  kinase, PfkB family  29.21 
 
 		 298 aa  73.2  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2496  kinase, pfkB family  26.22 
 
 		 310 aa  73.2  0.000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4413  PfkB family kinase  29.21 
 
 		 298 aa  73.6  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4103  PfkB family kinase  27.3 
 
 		 298 aa  73.2  0.000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4348  kinase, PfkB family  29.21 
 
 		 298 aa  73.2  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.603923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4302  kinase PfkB family  29.21 
 
 		 298 aa  73.2  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4235  kinase, PfkB family  29.21 
 
 		 298 aa  73.2  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.907464  normal  0.927219 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3225  ribokinase  21.97 
 
 		 311 aa  73.2  0.000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.195342  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01741  predicted kinase  25.61 
 
 		 315 aa  72.8  0.000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01729  hypothetical protein  25.61 
 
 		 315 aa  72.8  0.000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0078  ribokinase-like domain-containing protein  28.16 
 
 		 302 aa  72.8  0.000000000007  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0283  PfkB domain protein  29.39 
 
 		 292 aa  72.8  0.000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.686629  normal  0.98072 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3816  ribokinase  25.41 
 
 		 404 aa  72  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3749  ribokinase  25.41 
 
 		 404 aa  72  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3738  ribokinase  25.08 
 
 		 404 aa  71.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1940  PfkB  24.01 
 
 		 294 aa  72  0.00000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.123547  normal  0.0238447 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1856  PfkB family kinase  24.46 
 
 		 315 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0158072  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0752  ribokinase-like domain-containing protein  30.58 
 
 		 310 aa  72  0.00000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3859  ribokinase  25.41 
 
 		 404 aa  72  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  26.33 
 
 		 305 aa  70.5  0.00000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0616  PfkB domain protein  27.95 
 
 		 312 aa  70.9  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.246916  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3918  ribokinase  25.08 
 
 		 404 aa  70.5  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1649  ribokinase-like domain-containing protein  27.27 
 
 		 308 aa  70.1  0.00000000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0416676  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4160  ribokinase  28.34 
 
 		 310 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3488  ribokinase  28.8 
 
 		 302 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232463  normal  0.188896 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3407  ribokinase  24.44 
 
 		 424 aa  69.3  0.00000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0869  ribokinase-like domain-containing protein  23.45 
 
 		 290 aa  68.6  0.0000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0417  ribokinase-like domain-containing protein  26.5 
 
 		 309 aa  68.6  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.994196  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2205  PfkB  29.54 
 
 		 327 aa  67.8  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.503057  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0576  putative ribokinase  28.57 
 
 		 312 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.588326 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0185  ribokinase  26.99 
 
 		 291 aa  67.8  0.0000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  decreased coverage  0.00000069064  normal  0.0609987 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4029  carbohydrate kinase, PfkB  30 
 
 		 299 aa  67.4  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0022  PfkB domain protein  22.29 
 
 		 291 aa  67.4  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0646  ribokinase-like domain-containing protein  26.75 
 
 		 328 aa  67.4  0.0000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1124  ribokinase  25 
 
 		 403 aa  67  0.0000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4524  ribokinase  26.46 
 
 		 308 aa  66.2  0.0000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00216955  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4200  ribokinase  35.85 
 
 		 326 aa  66.2  0.0000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0200  ribokinase  27.44 
 
 		 313 aa  65.9  0.0000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.933367 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0349  putative ribokinase  26.15 
 
 		 309 aa  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0404  ribokinase  26.2 
 
 		 307 aa  65.1  0.000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000422627  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0008  ribokinase  26.6 
 
 		 308 aa  65.5  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000914124  normal  0.985734 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2594  PfkB  31.91 
 
 		 319 aa  65.5  0.000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.2534  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3570  PfkB  29.29 
 
 		 297 aa  65.5  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.498935  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0008  ribokinase  26.6 
 
 		 308 aa  65.5  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0252287  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0025  ribokinase-like domain-containing protein  24.14 
 
 		 307 aa  65.5  0.000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.112625  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0070  ribokinase-like domain-containing protein  29.54 
 
 		 305 aa  65.5  0.000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.60231  normal  0.104072 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04580  Ribokinase  24.52 
 
 		 306 aa  65.5  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0020  PfkB domain protein  21.97 
 
 		 291 aa  65.5  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2311  ribokinase-like domain-containing protein  28.21 
 
 		 313 aa  64.7  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.216314 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0558  PfkB domain protein  27.36 
 
 		 295 aa  65.1  0.000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_618  sugar kinase ribokinase  26.73 
 
 		 328 aa  65.1  0.000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0865  ribokinase  25.53 
 
 		 305 aa  64.7  0.000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.657252 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  28.57 
 
 		 302 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4464  aminoimidazole riboside kinase  26.11 
 
 		 319 aa  64.3  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.680577  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4209  ribokinase  26.24 
 
 		 308 aa  63.9  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.847437  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  24.7 
 
 		 305 aa  63.9  0.000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3167  ribokinase  26.02 
 
 		 295 aa  63.9  0.000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3455  ribokinase-like domain-containing protein  27.03 
 
 		 326 aa  63.5  0.000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.84523  normal  0.0336691 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1084  PfkB family DNA-binding protein/kinase  22.04 
 
 		 404 aa  63.5  0.000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2471  ribokinase  30.46 
 
 		 297 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4234  ribokinase  26.09 
 
 		 308 aa  63.9  0.000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2817  PfkB domain protein  30.12 
 
 		 295 aa  63.2  0.000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.575722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1612  ribokinase family sugar kinase  23.17 
 
 		 340 aa  63.5  0.000000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0874983  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>