More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_618 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002936  DET0711  carbohydrate kinase  95.12 
 
 
328 aa  650    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_618  sugar kinase ribokinase  100 
 
 
328 aa  678    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0646  ribokinase-like domain-containing protein  96.04 
 
 
328 aa  651    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0902  PfkB domain protein  36.31 
 
 
309 aa  196  3e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2872  PfkB  27.43 
 
 
332 aa  94  3e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.626247 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2689  ribokinase  26.51 
 
 
345 aa  92.8  8e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1789  ribokinase  25.24 
 
 
297 aa  91.7  2e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000225274  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2588  PfkB domain-containing protein  28.8 
 
 
311 aa  90.9  3e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.02383  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2615  PfkB domain protein  27.27 
 
 
305 aa  89.4  7e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0041  ribokinase-like domain-containing protein  27.78 
 
 
304 aa  88.2  2e-16  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1170  PfkB domain-containing protein  27.92 
 
 
305 aa  87  4e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0154398  normal  0.362053 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0506  carbohydrate kinase-like  26.57 
 
 
334 aa  85.9  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4013  ribokinase-like domain-containing protein  26.92 
 
 
315 aa  85.5  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1649  ribokinase-like domain-containing protein  26.95 
 
 
308 aa  85.5  0.000000000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0416676  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3225  ribokinase  24.68 
 
 
311 aa  84.3  0.000000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.195342  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0967  cytidine kinase / inosine-guanosine kinase  26.56 
 
 
300 aa  84.7  0.000000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0230959  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05691  carbohydrate kinase  25.74 
 
 
338 aa  85.1  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0990225  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07411  carbohydrate kinase  27.37 
 
 
342 aa  84.7  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1228  ribokinase-like domain-containing protein  28.08 
 
 
337 aa  83.2  0.000000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2287  PfkB domain protein  24.84 
 
 
313 aa  82.8  0.000000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0121  ribokinase-like domain-containing protein  24.49 
 
 
328 aa  82.4  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.02163  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2483  PfkB domain protein  26.69 
 
 
302 aa  82  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1736  PfkB domain protein  28.61 
 
 
304 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0354  ribokinase  24.84 
 
 
308 aa  82  0.00000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0954  PfkB domain protein  27.48 
 
 
321 aa  81.6  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.102628  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  26.07 
 
 
305 aa  81.6  0.00000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl642  ribokinase  25.47 
 
 
308 aa  80.5  0.00000000000003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0691  ribokinase family sugar kinase  27.35 
 
 
303 aa  80.9  0.00000000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00280887  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0752  ribokinase-like domain-containing protein  26.67 
 
 
310 aa  80.9  0.00000000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1117  ribokinase-like domain-containing protein  26.47 
 
 
305 aa  80.9  0.00000000000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.145837 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0259  ribokinase  23.99 
 
 
304 aa  80.1  0.00000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1406  ribokinase-like domain-containing protein  23.27 
 
 
302 aa  80.1  0.00000000000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0253  ribokinase  23.99 
 
 
304 aa  80.1  0.00000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0059  ribokinase-like domain-containing protein  24.74 
 
 
319 aa  79.7  0.00000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2200  PfkB  24.39 
 
 
339 aa  79.3  0.00000000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000468276  decreased coverage  0.00888496 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1416  ribokinase-like domain-containing protein  21.66 
 
 
302 aa  79.3  0.00000000000008  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7068  PfkB  28.26 
 
 
297 aa  79  0.00000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05061  carbohydrate kinase  25.55 
 
 
348 aa  79  0.00000000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0313242  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0492  ribokinase-like domain-containing protein  21.73 
 
 
302 aa  79  0.0000000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05321  carbohydrate kinase  23.42 
 
 
333 aa  78.6  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0559209  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1856  PfkB family kinase  23.81 
 
 
315 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0158072  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0690  carbohydrate kinase PfkB family  24.41 
 
 
338 aa  78.2  0.0000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05621  carbohydrate kinase  23.74 
 
 
333 aa  78.2  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1220  cytidine kinase / inosine-guanosine kinase  21.41 
 
 
302 aa  78.6  0.0000000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.515057  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3455  ribokinase-like domain-containing protein  25.66 
 
 
326 aa  77.8  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.84523  normal  0.0336691 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01741  predicted kinase  23.81 
 
 
315 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01729  hypothetical protein  23.81 
 
 
315 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1419  PfkB family kinase  23.81 
 
 
315 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.997387  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1214  ribokinase-like domain-containing protein  25.51 
 
 
329 aa  77  0.0000000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4640  ribokinase  25.48 
 
 
305 aa  77  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.162899  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1870  PfkB domain protein  23.81 
 
 
315 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0114143  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1996  PfkB family kinase  23.81 
 
 
315 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1860  ribokinase-like domain-containing protein  23.81 
 
 
315 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.335723  decreased coverage  0.00000390561 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2057  PfkB family kinase  23.89 
 
 
315 aa  76.3  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.124987  normal  0.010035 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1366  ribokinase-like domain-containing protein  22.71 
 
 
320 aa  76.3  0.0000000000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04580  Ribokinase  25.74 
 
 
306 aa  76.3  0.0000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2903  cytidine kinase / inosine-guanosine kinase  22.88 
 
 
299 aa  75.9  0.0000000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.859362  hitchhiker  0.00094244 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1580  ribokinase-like domain-containing protein  27.86 
 
 
309 aa  75.9  0.0000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0863941  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  21.86 
 
 
299 aa  75.5  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0258  ribokinase-like domain-containing protein  23.19 
 
 
380 aa  75.1  0.000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0147  ribokinase-like domain-containing protein  25.65 
 
 
318 aa  74.3  0.000000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.719935  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3332  ribokinase  25.96 
 
 
297 aa  74.7  0.000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1119  ribokinase-like domain-containing protein  25.75 
 
 
322 aa  74.7  0.000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0404  ribokinase  27.39 
 
 
307 aa  74.7  0.000000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000422627  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  24.92 
 
 
308 aa  74.3  0.000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0162  ribokinase  25.57 
 
 
309 aa  74.7  0.000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0692  carbohydrate kinase  25.09 
 
 
304 aa  73.9  0.000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.19709  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0316  pfkB family carbohydrate kinase  24.83 
 
 
330 aa  73.9  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.930013  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2461  ribokinase-like domain-containing protein  26.75 
 
 
316 aa  73.9  0.000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.281644  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2100  ribokinase  23.6 
 
 
307 aa  73.9  0.000000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0036  pfkB family carbohydrate kinase  25 
 
 
333 aa  73.9  0.000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.564268  normal  0.540344 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0151  PfkB  25.86 
 
 
331 aa  73.6  0.000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1802  ribokinase family sugar kinase  25.62 
 
 
306 aa  73.2  0.000000000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00331295  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1980  ribokinase  26.37 
 
 
302 aa  72.8  0.000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1080  PfkB domain protein  24.21 
 
 
317 aa  72.8  0.000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2909  ribokinase  25.4 
 
 
302 aa  72.4  0.00000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0179509 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0070  ribokinase-like domain-containing protein  27.21 
 
 
305 aa  72  0.00000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.60231  normal  0.104072 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3217  PfkB domain protein  21.79 
 
 
312 aa  72  0.00000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0556  ribokinase family sugar kinase  22.55 
 
 
308 aa  72  0.00000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.987541  hitchhiker  0.0000000000000234776 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  25.31 
 
 
305 aa  72  0.00000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3022  PfkB domain protein  26.69 
 
 
333 aa  71.6  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.523599  normal  0.417909 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1307  PfkB domain protein  23.65 
 
 
338 aa  71.6  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.887451  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  25.23 
 
 
307 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1010  ribokinase-like domain-containing protein  27.62 
 
 
290 aa  71.2  0.00000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4087  PfkB domain protein  24.82 
 
 
330 aa  71.2  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4404  ribokinase-like domain-containing protein  26.26 
 
 
322 aa  71.2  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.168915  normal  0.135313 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2385  PfkB domain-containing protein  26.88 
 
 
297 aa  70.9  0.00000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.790997  normal  0.420761 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1845  ribokinase-like domain-containing protein  24.05 
 
 
341 aa  70.5  0.00000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000273033  unclonable  0.000000000472438 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19960  PfkB domain protein  22.16 
 
 
323 aa  70.1  0.00000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0291  carbohydrate kinase  24.2 
 
 
337 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1639  ribokinase-like domain-containing protein  25.24 
 
 
331 aa  70.1  0.00000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.487738  normal  0.0146751 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1910  carbohydrate kinase  23.34 
 
 
339 aa  70.1  0.00000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.0000000000000704659  hitchhiker  0.00127543 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000338  ribokinase  25.24 
 
 
305 aa  70.1  0.00000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4407  PfkB domain protein  25.45 
 
 
330 aa  70.1  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2120  PfkB domain protein  25 
 
 
290 aa  69.7  0.00000000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0865  ribokinase  23.49 
 
 
305 aa  69.7  0.00000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.657252 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0389  PfkB  26.01 
 
 
323 aa  69.7  0.00000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.211683  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4021  PfkB  24.55 
 
 
330 aa  69.3  0.00000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.737193  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1085  PfkB domain protein  24.92 
 
 
294 aa  69.3  0.00000000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.000428719  normal  0.482766 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0276  PfkB domain protein  23.78 
 
 
304 aa  68.6  0.0000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>