More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3235 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2455  ribose ABC transporter ATP-binding protein  98.65 
 
 		 524 aa  1016    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.785166  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2262  ABC transporter related  73.88 
 
 		 532 aa  737    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2368  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  76.79 
 
 		 517 aa  797    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.696414  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1957  ABC transporter related  92.07 
 
 		 517 aa  956    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.45423  normal  0.0285383 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2152  ABC transporter  76.4 
 
 		 517 aa  791    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.73393 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3345  ribose transport protein RbsA  76.6 
 
 		 510 aa  749    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.121309  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2020  ABC transporter, ATP-binding protein  69.63 
 
 		 548 aa  667    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.48203  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1920  ABC transporter-like  77.82 
 
 		 517 aa  795    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4746  ABC sugar transporter, ATPase subunit  72.65 
 
 		 537 aa  691    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.16753  normal  0.434406 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2474  D-xylose ABC transporter, ATP-binding protein  69.94 
 
 		 515 aa  686    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1584  ABC transporter related  72.24 
 
 		 537 aa  689    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.133672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1998  ABC ribose transporter, fused ATPase subunits  74.66 
 
 		 532 aa  748    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0790932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0574  ABC sugar transporter, fused ATPase subunits  72.33 
 
 		 536 aa  706    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1127  ABC transporter related  72.24 
 
 		 537 aa  688    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.071444  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1630  ABC transporter related  72.87 
 
 		 534 aa  697    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1504  ABC transporter related  71.02 
 
 		 537 aa  676    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.170489  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39330  ribose transporter  76 
 
 		 510 aa  727    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.683009  normal  0.485398 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4158  ABC transporter related  70.81 
 
 		 537 aa  697    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.605809 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1607  ABC transporter related  72.24 
 
 		 537 aa  688    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.111484  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1236  ABC transporter related  71.6 
 
 		 520 aa  709    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.154748  normal  0.642442 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3491  ABC transporter related  95.36 
 
 		 517 aa  981    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.295162 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1523  ABC transporter related  71.43 
 
 		 537 aa  679    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.686144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1855  putative ribose ABC transporter, ATP-binding protein  69.63 
 
 		 523 aa  667    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1868  putative ribose ABC transporter, ATP-binding protein  69.63 
 
 		 523 aa  666    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3235  ABC transporter related  100 
 
 		 517 aa  1030    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157816  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0946  ABC transporter related  61.72 
 
 		 526 aa  587  1e-166  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0516195  normal  0.0273292 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1016  ABC transporter ATP-binding protein  62.45 
 
 		 523 aa  581  1.0000000000000001e-165  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.339278 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0881  ABC transporter related  61.31 
 
 		 526 aa  581  1e-164  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.218523  normal  0.474832 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4637  ABC transporter related  58.52 
 
 		 539 aa  549  1e-155  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4197  ABC transporter-related protein  55.78 
 
 		 521 aa  528  1e-148  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2132  ABC transporter related  52.01 
 
 		 555 aa  507  9.999999999999999e-143  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.459231 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6345  ABC transporter related  49.16 
 
 		 516 aa  404  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.174321  normal  0.144091 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6474  ABC transporter related  47.6 
 
 		 514 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.891446  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3003  ABC transporter related  47.46 
 
 		 495 aa  399  9.999999999999999e-111  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00261146  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6709  ABC transporter related  47.6 
 
 		 514 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.268301  normal  0.306288 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6315  ABC transporter related  47.6 
 
 		 514 aa  397  1e-109  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.681428  normal  0.300453 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2808  ABC transporter related  43.72 
 
 		 501 aa  398  1e-109  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4335  ABC transporter related  44.67 
 
 		 511 aa  392  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.975481  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1254  ABC transporter related  45.93 
 
 		 515 aa  394  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5471  ABC transporter related  45.75 
 
 		 520 aa  389  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.428158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2905  ABC transporter related  45.62 
 
 		 497 aa  387  1e-106  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.077452 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1228  ABC transporter related  45.75 
 
 		 517 aa  388  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0873  ABC transporter related  44.65 
 
 		 514 aa  384  1e-105  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.304732  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4598  ABC transporter related  43.17 
 
 		 506 aa  382  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0392025 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3125  ABC transporter related  45.53 
 
 		 495 aa  380  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0634  ribose ABC transporter ATP-binding protein  42.53 
 
 		 494 aa  380  1e-104  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.97602  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0578  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  42.53 
 
 		 494 aa  380  1e-104  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0699  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  42.53 
 
 		 494 aa  379  1e-104  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.159606  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1399  ABC transporter ATP-binding protein  44.75 
 
 		 508 aa  380  1e-104  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.172278 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0724  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  42.53 
 
 		 494 aa  380  1e-104  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.79429e-30 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1338  ABC transporter, ATP-binding protein  41.84 
 
 		 497 aa  379  1e-104  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.375231 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3347  ABC transporter related  43.49 
 
 		 513 aa  380  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0920182  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0796  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  42.12 
 
 		 494 aa  375  1e-103  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000104514  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0735  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  42.32 
 
 		 494 aa  377  1e-103  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0577  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  42.32 
 
 		 494 aa  377  1e-103  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01050  monosaccharide ABC transporter ATP-binding protein  44.53 
 
 		 540 aa  377  1e-103  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4639  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  42.12 
 
 		 494 aa  376  1e-103  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.202571  unclonable  1.04957e-25 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0116  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  40.9 
 
 		 492 aa  373  1e-102  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0581  ABC transporter related  41.91 
 
 		 496 aa  374  1e-102  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0562  ABC transporter-related protein  41.49 
 
 		 496 aa  374  1e-102  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000997744  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2524  ABC transporter related  42.98 
 
 		 505 aa  372  1e-102  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3330  ABC transporter related protein  43.06 
 
 		 497 aa  373  1e-102  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0768  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  43.78 
 
 		 496 aa  370  1e-101  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000105666  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3104  ABC transporter related protein  44.56 
 
 		 511 aa  370  1e-101  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3279  ABC transporter related  40.44 
 
 		 505 aa  369  1e-101  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0989  ABC transporter related  39.92 
 
 		 499 aa  368  1e-100  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.86187  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2474  ABC transporter related  41.45 
 
 		 513 aa  366  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0599981  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0667  ribose ABC transporter ATP-binding protein  42.64 
 
 		 461 aa  365  1e-100  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0779  ABC transporter related protein  42.29 
 
 		 528 aa  367  1e-100  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.63436  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3601  L-arabinose transporter ATP-binding protein  44.65 
 
 		 508 aa  368  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.611963  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3476  L-arabinose transporter ATP-binding protein  44.56 
 
 		 501 aa  365  1e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5275  ABC transporter related  43.63 
 
 		 508 aa  364  2e-99  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0254262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0415  ABC transporter related  40.32 
 
 		 503 aa  363  3e-99  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000110391  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5318  ABC transporter related  44.56 
 
 		 508 aa  363  4e-99  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.398307  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1962  ABC transporter-related protein  39.31 
 
 		 494 aa  362  6e-99  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0299142 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3764  L-arabinose transporter ATP-binding protein  43.81 
 
 		 501 aa  362  7.0000000000000005e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.639409  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5475  L-arabinose transporter ATP-binding protein  44.23 
 
 		 520 aa  361  1e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0511877 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2246  L-arabinose transporter ATP-binding protein  42.07 
 
 		 511 aa  361  1e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000548441 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3218  ribose import ATP-binding protein RbsA  40.76 
 
 		 501 aa  361  2e-98  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4920  L-arabinose transporter ATP-binding protein  44.23 
 
 		 519 aa  361  2e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.671617  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2492  ABC transporter related protein  40.04 
 
 		 498 aa  361  2e-98  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0624  ABC sugar transporter, ATPase subunit  43.52 
 
 		 512 aa  360  3e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5135  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (ribose)  42.03 
 
 		 524 aa  360  3e-98  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1800  ABC-type sugar transport system, ATPase component  39.06 
 
 		 492 aa  360  5e-98  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.225071  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2010  ABC transporter related  38.38 
 
 		 500 aa  360  5e-98  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4589  L-arabinose transporter ATP-binding protein  43.61 
 
 		 515 aa  359  5e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00173683 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1644  ABC transporter related  40.17 
 
 		 495 aa  359  6e-98  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.121193  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02652  conserved hypothetical protein  41.67 
 
 		 499 aa  358  9.999999999999999e-98  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4967  ABC transporter related  42.71 
 
 		 513 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1998  L-arabinose transporter ATP-binding protein  41.32 
 
 		 523 aa  358  9.999999999999999e-98  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02613  hypothetical protein  41.67 
 
 		 499 aa  358  9.999999999999999e-98  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1884  L-arabinose transporter ATP-binding protein  41.32 
 
 		 523 aa  358  9.999999999999999e-98  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.326668  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5245  ABC transporter related  42.48 
 
 		 514 aa  358  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.835189 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2122  ABC transporter related  42.74 
 
 		 511 aa  357  1.9999999999999998e-97  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4140  L-arabinose transporter ATP-binding protein  43.81 
 
 		 514 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0411  ABC transporter related  40.29 
 
 		 494 aa  358  1.9999999999999998e-97  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.046808  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5219  L-arabinose transporter ATP-binding protein  43.41 
 
 		 515 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5640  L-arabinose transporter ATP-binding protein  43.41 
 
 		 515 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.273168  normal  0.0496803 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2262  L-arabinose transporter ATP-binding protein  41.12 
 
 		 523 aa  357  2.9999999999999997e-97  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2258  ABC transporter related  43.83 
 
 		 492 aa  357  2.9999999999999997e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0621772  normal  0.0357164 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>