More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_5221 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_5221  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  100 
 
 
221 aa  431  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0225  amino acid ABC transporter permease  86.82 
 
 
221 aa  348  2e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.506932  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3085  glutamine/glutamate ABC transporter, permease protein  80 
 
 
221 aa  323  2e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.136089  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2944  amino acid ABC transporter permease  79.09 
 
 
221 aa  319  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.867238  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0464  amino acid ABC transporter, permease  56.36 
 
 
221 aa  245  4e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1542  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.69 
 
 
217 aa  224  9e-58  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0591728  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0661  6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase  45.83 
 
 
217 aa  202  3e-51  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4585  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.45 
 
 
221 aa  202  4e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000297343  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0287  ABC transporter membrane-spanning permease - glutamine transport  46.01 
 
 
217 aa  197  1.0000000000000001e-49  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0690  conserved hypothetical protein, ABC transporter, His/Glu/Gln/Arg/opine family (permease protein)  44.39 
 
 
215 aa  195  6e-49  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.682816  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1542  ABC-type amino acid transport system, permease component  44.65 
 
 
226 aa  185  4e-46  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00547976  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0445  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.13 
 
 
217 aa  184  8e-46  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2672  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.12 
 
 
226 aa  181  8.000000000000001e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000621779  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0091  amino acid ABC transporter permease  40.28 
 
 
219 aa  177  1e-43  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1472  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  40.43 
 
 
233 aa  170  2e-41  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00526185  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0517  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  39.57 
 
 
233 aa  166  2e-40  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.234547  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0492  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  40 
 
 
233 aa  166  2e-40  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00116254  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0119  ABC-type amino acid transport system, permease component  42.53 
 
 
218 aa  158  5e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0582  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  34.25 
 
 
223 aa  142  3e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0568  amino acid ABC transporter permease  34.25 
 
 
223 aa  141  9e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1466  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein/permease protein  32.57 
 
 
727 aa  139  1.9999999999999998e-32  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6714  ABC amino acid transporter, inner membrane subunit  42.23 
 
 
254 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2849  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.58 
 
 
215 aa  137  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0467618  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3405  amino acid ABC transporter, permease protein  37.37 
 
 
263 aa  135  7.000000000000001e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.679621  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1687  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  37.1 
 
 
248 aa  134  8e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0763978  normal  0.68129 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1052  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.25 
 
 
218 aa  134  9.999999999999999e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.233768  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4963  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.76 
 
 
248 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0584906  normal  0.053215 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4703  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.01 
 
 
492 aa  129  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1039  amino acid ABC transporter permease  34.23 
 
 
222 aa  129  4.0000000000000003e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  0.0386437 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0376  amino acid ABC transporter permease  38.34 
 
 
319 aa  128  8.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.45598 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3091  amino acid ABC transporter permease  40.11 
 
 
220 aa  128  8.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.832424  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3108  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.07 
 
 
214 aa  128  9.000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3584  amino acid ABC transporter permease  35.41 
 
 
223 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.495139  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1057  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.24 
 
 
216 aa  127  1.0000000000000001e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000168875  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3127  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.95 
 
 
227 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0256845 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2504  amino acid ABC transporter permease  39.04 
 
 
220 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.12542  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5023  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  36.79 
 
 
320 aa  126  3e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0963279  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1461  ABC-type amino acid transport system, periplasmic and permease components  32.99 
 
 
736 aa  125  3e-28  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4897  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.79 
 
 
320 aa  125  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.691189  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5073  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.79 
 
 
320 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2776  amino acid ABC transporter, permease protein  37.97 
 
 
220 aa  125  5e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.636718  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4751  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.1 
 
 
224 aa  125  5e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.73498e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1045  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  36.24 
 
 
216 aa  125  5e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6678  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.12 
 
 
241 aa  125  5e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3164  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.69 
 
 
493 aa  124  9e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.296252  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0554  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.41 
 
 
218 aa  124  1e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0343  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.49 
 
 
216 aa  124  1e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0442  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.79 
 
 
320 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0608  amino acid ABC transporter permease  32.87 
 
 
218 aa  123  2e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0191188  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0552  glutamine ABC transporter permease  32.87 
 
 
218 aa  123  2e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0641  amino acid ABC transporter permease  32.87 
 
 
218 aa  123  2e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00751047  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0698  amino acid ABC transporter, permease protein  32.87 
 
 
218 aa  123  2e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6379  amino acid ABC transporter permease  36.92 
 
 
222 aa  123  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0574  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.95 
 
 
510 aa  124  2e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5480  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.11 
 
 
219 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6612  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.92 
 
 
222 aa  123  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0311568 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5079  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.93 
 
 
222 aa  123  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0506194  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2074  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.82 
 
 
227 aa  122  3e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0835  amino acid ABC transporter inner membrane protein  38.2 
 
 
219 aa  122  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0932034 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4661  amino acid ABC transporter, permease protein  31.94 
 
 
218 aa  122  3e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.128052  hitchhiker  2.19299e-21 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0469  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter, permease protein EhuC  36.71 
 
 
216 aa  122  3e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1344  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.28 
 
 
267 aa  122  3e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.755534 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0325  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.02 
 
 
216 aa  122  4e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0716  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.78 
 
 
216 aa  122  4e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.267737  normal  0.0337978 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1548  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  34.93 
 
 
219 aa  122  4e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1923  amino acid ABC transporter permease/periplasmic protein  30.69 
 
 
714 aa  122  4e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.132292  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3132  amino acid ABC transporter permease  34.45 
 
 
222 aa  122  5e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.9281  normal  0.0247415 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2510  amino acid ABC transporter, permease protein  32.27 
 
 
223 aa  122  6e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000045662  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1917  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.09 
 
 
221 aa  122  6e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.182238  normal  0.18588 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4249  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.64 
 
 
219 aa  122  6e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0330968 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3137  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.06 
 
 
226 aa  121  6e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.490493  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3004  polar amino acid ABC transporter permease  34.93 
 
 
219 aa  121  7e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3092  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  34.93 
 
 
219 aa  121  7e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1919  ABC polar amino acid transporter inner membrane protein  31.82 
 
 
223 aa  121  7e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.375316  hitchhiker  0.00379946 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6210  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.41 
 
 
222 aa  121  7e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2588  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.65 
 
 
221 aa  121  8e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.449362  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0553  glutamine ABC transporter permease  32.87 
 
 
218 aa  121  8e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.421713  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2135  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  34.93 
 
 
219 aa  121  8e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2004  polar amino acid ABC transporter permease  34.93 
 
 
219 aa  121  8e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.695709  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0776  polar amino acid ABC transporter permease  34.93 
 
 
219 aa  121  8e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2610  polar amino acid ABC transporter permease  34.93 
 
 
219 aa  121  8e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.703731  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3248  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.58 
 
 
248 aa  121  9e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.350579  normal  0.268323 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3109  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.17 
 
 
245 aa  121  9e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0709  amino acid ABC transporter, permease protein  32.41 
 
 
218 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.23 
 
 
323 aa  121  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.566323  normal  0.619807 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1759  putative ABC transporter, permease protein  34.78 
 
 
228 aa  120  9.999999999999999e-27  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00086145  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4773  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.41 
 
 
219 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6679  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.6 
 
 
215 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2980  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.28 
 
 
223 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.74053  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29420  amino acid ABC transporter membrane protein  36.07 
 
 
219 aa  120  1.9999999999999998e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0590  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.65 
 
 
266 aa  119  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0283053  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2587  amino acid ABC transporter permease  33.97 
 
 
234 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.727948  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4512  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.56 
 
 
226 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.194375  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0692  amino acid ABC transporter permease  32.24 
 
 
222 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.194775  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2439  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.11 
 
 
234 aa  120  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.917675  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3057  polar amino acid ABC transporter permease  34.93 
 
 
219 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6997  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.43 
 
 
228 aa  119  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0515813 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2286  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.64 
 
 
295 aa  119  3e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1497  amino acid ABC transporter permease  41.43 
 
 
228 aa  119  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.732768  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6332  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.43 
 
 
228 aa  119  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.587938  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>