More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1886 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1886  C4-dicarboxylate transporter DctA  100 
 
 		 437 aa  862    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.327512  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2255  C4-dicarboxylate transporter DctA  97.94 
 
 		 436 aa  816    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.16569  normal  0.0457753 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3483  C4-dicarboxylate transporter DctA  98.17 
 
 		 436 aa  819    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.225944  normal  0.530275 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1729  C4-dicarboxylate transporter DctA  97.03 
 
 		 436 aa  811    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4878  C4-dicarboxylate transporter DctA  85.58 
 
 		 437 aa  726    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0194  C4-dicarboxylate transporter DctA  76.33 
 
 		 444 aa  659    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247995  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01460  C4-dicarboxylate transporter DctA  75.93 
 
 		 449 aa  660    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.881945 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2740  C4-dicarboxylate transporter DctA  63.81 
 
 		 452 aa  537  1e-151  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0765011  normal  0.707193 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3732  C4-dicarboxylate transporter DctA  64.13 
 
 		 440 aa  524  1e-147  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.405129 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0613  C4-dicarboxylate transporter DctA  64.82 
 
 		 439 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0163  C4-dicarboxylate transporter DctA  64.82 
 
 		 439 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.931394  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0646  C4-dicarboxylate transporter DctA  64.82 
 
 		 439 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2461  C4-dicarboxylate transporter DctA  61.79 
 
 		 440 aa  509  1e-143  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3460  C4-dicarboxylate transporter DctA  61.79 
 
 		 440 aa  509  1e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3423  C4-dicarboxylate transporter DctA  61.79 
 
 		 440 aa  509  1e-143  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.329562  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3458  C4-dicarboxylate transporter DctA  61.79 
 
 		 440 aa  509  1e-143  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0379  C4-dicarboxylate transporter DctA  61.79 
 
 		 440 aa  509  1e-143  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0541  C4-dicarboxylate transporter DctA  65.3 
 
 		 440 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0508551  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0567  C4-dicarboxylate transporter DctA  65.3 
 
 		 440 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.245555  normal  0.199571 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3388  C4-dicarboxylate transporter DctA  62.96 
 
 		 441 aa  501  1e-141  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0001363 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1420  C4-dicarboxylate transporter DctA  62.56 
 
 		 443 aa  497  1e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.196603 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0568  C4-dicarboxylate transporter DctA  62.27 
 
 		 440 aa  495  1e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3948  C4-dicarboxylate transporter DctA  60.66 
 
 		 442 aa  492  9.999999999999999e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0237  C4-dicarboxylate transporter DctA  60.09 
 
 		 447 aa  489  1e-137  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2596  C4-dicarboxylate transporter DctA  62.06 
 
 		 442 aa  488  1e-137  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000161796 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3444  C4-dicarboxylate transporter DctA  60.34 
 
 		 467 aa  488  1e-137  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1101  C4-dicarboxylate transporter DctA  61.59 
 
 		 425 aa  491  1e-137  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.125687  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3279  C4-dicarboxylate transporter DctA  61.59 
 
 		 463 aa  486  1e-136  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1203  C4-dicarboxylate transporter DctA  61.32 
 
 		 440 aa  483  1e-135  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4368  C4-dicarboxylate transporter DctA  58.96 
 
 		 441 aa  482  1e-135  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3956  C4-dicarboxylate transporter DctA  60.57 
 
 		 438 aa  476  1e-133  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.205542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4433  C4-dicarboxylate transporter DctA  58.8 
 
 		 438 aa  475  1e-133  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.485034 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4324  C4-dicarboxylate transporter DctA  60.33 
 
 		 438 aa  473  1e-132  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.269388 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3146  C4-dicarboxylate transporter DctA  58.7 
 
 		 446 aa  472  1e-132  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3473  C4-dicarboxylate transporter DctA  58.93 
 
 		 446 aa  463  1e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3275  C4-dicarboxylate transporter DctA  58.03 
 
 		 446 aa  460  9.999999999999999e-129  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.292333  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0554  C4-dicarboxylate transporter DctA  57.66 
 
 		 435 aa  455  1e-127  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3085  C4-dicarboxylate transporter DctA  60.05 
 
 		 440 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0796  C4-dicarboxylate transporter DctA  61.84 
 
 		 437 aa  451  1e-125  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.86356  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0307  C4-dicarboxylate transporter DctA  61.64 
 
 		 444 aa  446  1.0000000000000001e-124  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.44334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3012  C4-dicarboxylate transporter DctA  59.61 
 
 		 436 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.723105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5335  C4-dicarboxylate transporter DctA  57.66 
 
 		 443 aa  440  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.789043 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0381  sodium:dicarboxylate symporter  52.51 
 
 		 437 aa  426  1e-118  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000240059  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3748  C4-dicarboxylate transporter DctA  51.38 
 
 		 448 aa  416  9.999999999999999e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1039  sodium:dicarboxylate symporter  51.08 
 
 		 439 aa  413  1e-114  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.681651 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1856  sodium:dicarboxylate symporter  52.09 
 
 		 440 aa  409  1e-113  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3225  sodium:dicarboxylate symporter  49.88 
 
 		 439 aa  409  1e-113  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.891613  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2100  Sodium/dicarboxylate symporter  52.09 
 
 		 440 aa  408  1e-113  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1777  sodium:dicarboxylate symporter  52.09 
 
 		 440 aa  409  1e-113  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03376  C4-dicarboxylate transport protein  50 
 
 		 428 aa  404  1e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0185  sodium:dicarboxylate symporter  50 
 
 		 428 aa  404  1e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0189  C4-dicarboxylate transporter DctA  50 
 
 		 428 aa  404  1e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3934  C4-dicarboxylate transporter DctA  50 
 
 		 428 aa  404  1e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3836  C4-dicarboxylate transporter DctA  50 
 
 		 428 aa  404  1e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.275466 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0228  C4-dicarboxylate transporter DctA  50 
 
 		 429 aa  402  1e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4892  C4-dicarboxylate transporter DctA  49.76 
 
 		 428 aa  402  1e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.321398  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03329  hypothetical protein  50 
 
 		 428 aa  404  1e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3731  C4-dicarboxylate transporter DctA  50 
 
 		 428 aa  404  1e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4016  C4-dicarboxylate transporter DctA  50 
 
 		 428 aa  404  1e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5339  C4-dicarboxylate transporter DctA  50.73 
 
 		 465 aa  401  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49130  C4-dicarboxylate transporter DctA  50.24 
 
 		 436 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000308919 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1188  C4-dicarboxylate transporter DctA  50.97 
 
 		 440 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.32454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0153  C4-dicarboxylate transporter DctA  50.97 
 
 		 429 aa  397  1e-109  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.401467 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3925  C4-dicarboxylate transporter DctA  50.12 
 
 		 428 aa  397  1e-109  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3480  C4-dicarboxylate transporter DctA  49.15 
 
 		 444 aa  398  1e-109  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.327392  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4196  C4-dicarboxylate transporter DctA  50 
 
 		 436 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3501  C4-dicarboxylate transporter DctA  49.31 
 
 		 451 aa  397  1e-109  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0982  C4-dicarboxylate transporter DctA  49.3 
 
 		 452 aa  397  1e-109  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.206436  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33260  C4-dicarboxylate transporter DctA  50.97 
 
 		 442 aa  394  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.36472  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3930  C4-dicarboxylate transporter DctA  50.73 
 
 		 428 aa  393  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.080438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2714  sodium:dicarboxylate symporter  51.81 
 
 		 455 aa  392  1e-108  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4228  C4-dicarboxylate transporter DctA  51.48 
 
 		 440 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2994  C4-dicarboxylate transporter DctA  48.61 
 
 		 449 aa  394  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.134288  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3890  C4-dicarboxylate transporter DctA  49.76 
 
 		 430 aa  394  1e-108  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3886  C4-dicarboxylate transporter DctA  50.73 
 
 		 428 aa  393  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3990  C4-dicarboxylate transporter DctA  50.73 
 
 		 428 aa  393  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.142242 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1218  C4-dicarboxylate transporter DctA  51.23 
 
 		 440 aa  393  1e-108  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.623958  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4078  C4-dicarboxylate transporter DctA  50.36 
 
 		 428 aa  393  1e-108  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1200  C4-dicarboxylate transporter DctA  51.23 
 
 		 440 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3822  C4-dicarboxylate transporter DctA  50.73 
 
 		 428 aa  393  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3809  C4-dicarboxylate transporter DctA  50.73 
 
 		 428 aa  393  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.708508 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1440  C4-dicarboxylate transporter DctA  51.4 
 
 		 448 aa  389  1e-107  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.022063  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0098  C4-dicarboxylate transporter DctA  49.64 
 
 		 429 aa  389  1e-107  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4067  C4-dicarboxylate transporter DctA  49.64 
 
 		 429 aa  389  1e-107  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.409819 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4064  C4-dicarboxylate transporter DctA  49.64 
 
 		 429 aa  389  1e-107  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4178  C4-dicarboxylate transporter DctA  47.78 
 
 		 454 aa  388  1e-106  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.174427 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1682  C4-dicarboxylate transport protein  49.76 
 
 		 460 aa  387  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.662063  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2717  C4-dicarboxylate transporter DctA  47.98 
 
 		 443 aa  388  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3707  C4-dicarboxylate transporter DctA  49.63 
 
 		 450 aa  388  1e-106  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151684 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4236  C4-dicarboxylate transporter DctA  49.15 
 
 		 444 aa  387  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4299  C4-dicarboxylate transporter DctA  50 
 
 		 452 aa  385  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709019 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0083  C4-dicarboxylate transporter DctA  49.64 
 
 		 430 aa  385  1e-106  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0367  sodium:dicarboxylate symporter  48.69 
 
 		 447 aa  387  1e-106  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0192  C4-dicarboxylate transporter DctA  49.16 
 
 		 429 aa  382  1e-105  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0620705 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3547  sodium:dicarboxylate symporter  48.69 
 
 		 454 aa  383  1e-105  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0280524 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0080  C4-dicarboxylate transporter DctA  49.28 
 
 		 430 aa  382  1e-105  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1437  C4-dicarboxylate transporter DctA  48.66 
 
 		 447 aa  379  1e-104  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0432682  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1364  sodium:dicarboxylate symporter  47.57 
 
 		 438 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.150129 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6225  C4-dicarboxylate transport protein  47.95 
 
 		 444 aa  381  1e-104  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0186  C4-dicarboxylate transporter DctA  48.45 
 
 		 429 aa  379  1e-104  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.436113  normal  0.912792 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>