More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1188 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03376  C4-dicarboxylate transport protein  75.9 
 
 
428 aa  642    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0185  sodium:dicarboxylate symporter  76.14 
 
 
428 aa  644    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1188  C4-dicarboxylate transporter DctA  100 
 
 
440 aa  874    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.32454  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33260  C4-dicarboxylate transporter DctA  78.13 
 
 
442 aa  670    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.36472  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4196  C4-dicarboxylate transporter DctA  82.18 
 
 
436 aa  710    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1682  C4-dicarboxylate transport protein  87.67 
 
 
460 aa  769    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.662063  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4016  C4-dicarboxylate transporter DctA  76.14 
 
 
428 aa  644    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4228  C4-dicarboxylate transporter DctA  98.41 
 
 
440 aa  865    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3707  C4-dicarboxylate transporter DctA  87.44 
 
 
450 aa  762    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00151684 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4236  C4-dicarboxylate transporter DctA  86.3 
 
 
444 aa  752    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03329  hypothetical protein  75.9 
 
 
428 aa  642    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0189  C4-dicarboxylate transporter DctA  76.14 
 
 
428 aa  644    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1200  C4-dicarboxylate transporter DctA  97.27 
 
 
440 aa  831    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3934  C4-dicarboxylate transporter DctA  76.14 
 
 
428 aa  644    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3836  C4-dicarboxylate transporter DctA  76.14 
 
 
428 aa  644    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.275466 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49130  C4-dicarboxylate transporter DctA  81.94 
 
 
436 aa  710    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000308919 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4892  C4-dicarboxylate transporter DctA  76.14 
 
 
428 aa  644    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.321398  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1218  C4-dicarboxylate transporter DctA  99.55 
 
 
440 aa  870    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.623958  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3731  C4-dicarboxylate transporter DctA  76.14 
 
 
428 aa  644    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0083  C4-dicarboxylate transporter DctA  76.57 
 
 
430 aa  633  1e-180  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3925  C4-dicarboxylate transporter DctA  75.9 
 
 
428 aa  630  1e-179  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0080  C4-dicarboxylate transporter DctA  74.65 
 
 
430 aa  629  1e-179  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3748  C4-dicarboxylate transporter DctA  73.73 
 
 
448 aa  625  1e-178  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4078  C4-dicarboxylate transporter DctA  73.02 
 
 
428 aa  622  1e-177  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3809  C4-dicarboxylate transporter DctA  76.87 
 
 
428 aa  619  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.708508 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5339  C4-dicarboxylate transporter DctA  72.46 
 
 
465 aa  619  1e-176  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3886  C4-dicarboxylate transporter DctA  76.87 
 
 
428 aa  619  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3890  C4-dicarboxylate transporter DctA  72.73 
 
 
430 aa  618  1e-176  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3822  C4-dicarboxylate transporter DctA  76.87 
 
 
428 aa  619  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3990  C4-dicarboxylate transporter DctA  76.87 
 
 
428 aa  619  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.142242 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3930  C4-dicarboxylate transporter DctA  76.87 
 
 
428 aa  619  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.080438  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0153  C4-dicarboxylate transporter DctA  74.51 
 
 
429 aa  618  1e-176  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.401467 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4067  C4-dicarboxylate transporter DctA  72.34 
 
 
429 aa  615  1e-175  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.409819 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4064  C4-dicarboxylate transporter DctA  73.03 
 
 
429 aa  615  1e-175  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0098  C4-dicarboxylate transporter DctA  72.34 
 
 
429 aa  615  1e-175  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3501  C4-dicarboxylate transporter DctA  72.29 
 
 
451 aa  608  1e-173  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2994  C4-dicarboxylate transporter DctA  69.64 
 
 
449 aa  591  1e-167  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.134288  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4299  C4-dicarboxylate transporter DctA  72.36 
 
 
452 aa  590  1e-167  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00709019 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0982  C4-dicarboxylate transporter DctA  69.78 
 
 
452 aa  590  1e-167  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.206436  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1840  C4-dicarboxylate transporter DctA  70.84 
 
 
439 aa  588  1e-167  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.731313  normal  0.395958 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2032  C4-dicarboxylate transporter DctA  71.7 
 
 
447 aa  585  1e-166  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1440  C4-dicarboxylate transporter DctA  71.7 
 
 
448 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.022063  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4340  C4-dicarboxylate transporter DctA  71.12 
 
 
447 aa  575  1.0000000000000001e-163  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0381  sodium:dicarboxylate symporter  66.67 
 
 
437 aa  568  1e-161  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000240059  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2034  C4-dicarboxylate transporter DctA  69.57 
 
 
442 aa  571  1e-161  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.636554  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1039  sodium:dicarboxylate symporter  64.01 
 
 
439 aa  551  1e-156  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.681651 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0367  sodium:dicarboxylate symporter  65.13 
 
 
447 aa  553  1e-156  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3480  C4-dicarboxylate transporter DctA  65.16 
 
 
444 aa  554  1e-156  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.327392  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3225  sodium:dicarboxylate symporter  62.41 
 
 
439 aa  550  1e-155  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.891613  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0132  sodium:dicarboxylate symporter  63.27 
 
 
449 aa  542  1e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0735159  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4772  sodium:dicarboxylate symporter  61.88 
 
 
449 aa  543  1e-153  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.234615  normal  0.37681 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3283  sodium:dicarboxylate symporter  62.09 
 
 
447 aa  538  9.999999999999999e-153  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3258  sodium:dicarboxylate symporter  61.38 
 
 
446 aa  538  9.999999999999999e-153  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.823996  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6225  C4-dicarboxylate transport protein  62.71 
 
 
444 aa  535  1e-151  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3059  sodium:dicarboxylate symporter  61.86 
 
 
447 aa  533  1e-150  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2717  C4-dicarboxylate transporter DctA  62.89 
 
 
443 aa  533  1e-150  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3547  sodium:dicarboxylate symporter  61.33 
 
 
454 aa  533  1e-150  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0280524 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0356  sodium:dicarboxylate symporter  64.72 
 
 
442 aa  533  1e-150  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.212213  normal  0.69556 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0228  C4-dicarboxylate transporter DctA  62.47 
 
 
429 aa  530  1e-149  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4178  C4-dicarboxylate transporter DctA  60.71 
 
 
454 aa  526  1e-148  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.174427 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1437  C4-dicarboxylate transporter DctA  60.9 
 
 
447 aa  526  1e-148  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0432682  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4744  sodium:dicarboxylate symporter  62.32 
 
 
453 aa  525  1e-148  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.747826 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2978  C4-dicarboxylate transporter DctA  61.66 
 
 
444 aa  521  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231883  normal  0.172231 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2790  C4-dicarboxylate transporter DctA  60.09 
 
 
429 aa  512  1e-144  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.712352  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6215  C4-dicarboxylate transporter DctA  61.63 
 
 
429 aa  512  1e-144  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2259  C4-dicarboxylate transporter DctA  60.42 
 
 
430 aa  511  1e-144  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2928  C4-dicarboxylate transporter DctA  60.09 
 
 
429 aa  512  1e-144  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2873  C4-dicarboxylate transporter DctA  60.42 
 
 
430 aa  511  1e-144  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.259802  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0430  C4-dicarboxylate transporter DctA  61.63 
 
 
429 aa  513  1e-144  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0640  C4-dicarboxylate transporter DctA  61.54 
 
 
444 aa  509  1e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.367999  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0399  C4-dicarboxylate transporter DctA  61.15 
 
 
444 aa  508  1e-143  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0456  C4-dicarboxylate transporter DctA  61.59 
 
 
428 aa  508  1e-143  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0476  C4-dicarboxylate transporter DctA  61.59 
 
 
428 aa  508  1e-143  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.145716  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0009  sodium:dicarboxylate symporter  59.38 
 
 
450 aa  511  1e-143  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.767498  normal  0.693161 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2884  C4-dicarboxylate transporter DctA  60.19 
 
 
430 aa  511  1e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0997591  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0027  sodium:dicarboxylate symporter  59.38 
 
 
450 aa  511  1e-143  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0330  C4-dicarboxylate transporter DctA  60 
 
 
428 aa  507  9.999999999999999e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3228  C4-dicarboxylate transporter DctA  61.35 
 
 
428 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0277  C4-dicarboxylate transporter DctA  60.43 
 
 
431 aa  506  9.999999999999999e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2815  C4-dicarboxylate transporter DctA  61.35 
 
 
428 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0204  C4-dicarboxylate transporter DctA  61.35 
 
 
428 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0186  C4-dicarboxylate transporter DctA  62.08 
 
 
429 aa  506  9.999999999999999e-143  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.436113  normal  0.912792 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1389  C4-dicarboxylate transporter DctA  61.35 
 
 
428 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0192  C4-dicarboxylate transporter DctA  61.84 
 
 
429 aa  504  1e-141  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0620705 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1777  sodium:dicarboxylate symporter  56.78 
 
 
440 aa  498  1e-140  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1856  sodium:dicarboxylate symporter  56.78 
 
 
440 aa  498  1e-140  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2100  Sodium/dicarboxylate symporter  57.01 
 
 
440 aa  500  1e-140  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2884  sodium:dicarboxylate symporter  59.56 
 
 
425 aa  500  1e-140  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.701489  normal  0.137865 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1507  sodium:dicarboxylate symporter  59.45 
 
 
445 aa  498  1e-139  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0518  C4-dicarboxylate transporter DctA  61.14 
 
 
426 aa  496  1e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.51947  normal  0.633866 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3353  sodium:dicarboxylate symporter  57.18 
 
 
447 aa  494  9.999999999999999e-139  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1774  sodium:dicarboxylate symporter  59.29 
 
 
448 aa  492  9.999999999999999e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.458594  normal  0.0497 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0183  sodium:dicarboxylate symporter  59.56 
 
 
434 aa  489  1e-137  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0225  C4-dicarboxylate transporter DctA  59.66 
 
 
426 aa  485  1e-136  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4765  sodium:dicarboxylate symporter  56.47 
 
 
455 aa  483  1e-135  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.21852  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4108  sodium:dicarboxylate symporter  59.38 
 
 
434 aa  479  1e-134  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0814495  normal  0.311636 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1872  C4-dicarboxylate transporter  58.81 
 
 
430 aa  475  1e-133  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4197  C4-dicarboxylate transporter DctA  62.23 
 
 
426 aa  478  1e-133  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.481188 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1456  sodium:dicarboxylate symporter  58.03 
 
 
446 aa  476  1e-133  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1364  sodium:dicarboxylate symporter  56.01 
 
 
438 aa  475  1e-133  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.150129 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>