More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0554 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_3012  C4-dicarboxylate transporter DctA  82.64 
 
 		 436 aa  674    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.723105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0554  C4-dicarboxylate transporter DctA  100 
 
 		 435 aa  835    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1420  C4-dicarboxylate transporter DctA  70.17 
 
 		 443 aa  567  1e-160  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.196603 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3948  C4-dicarboxylate transporter DctA  69.35 
 
 		 442 aa  565  1e-160  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3085  C4-dicarboxylate transporter DctA  72.22 
 
 		 440 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0237  C4-dicarboxylate transporter DctA  71.05 
 
 		 447 aa  559  1e-158  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2740  C4-dicarboxylate transporter DctA  64.59 
 
 		 452 aa  554  1e-156  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0765011  normal  0.707193 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4368  C4-dicarboxylate transporter DctA  67.65 
 
 		 441 aa  552  1e-156  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3279  C4-dicarboxylate transporter DctA  67.89 
 
 		 463 aa  549  1e-155  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3444  C4-dicarboxylate transporter DctA  67.7 
 
 		 467 aa  551  1e-155  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1101  C4-dicarboxylate transporter DctA  68.5 
 
 		 425 aa  546  1e-154  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.125687  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3146  C4-dicarboxylate transporter DctA  67.14 
 
 		 446 aa  543  1e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3732  C4-dicarboxylate transporter DctA  62.82 
 
 		 440 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.405129 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3275  C4-dicarboxylate transporter DctA  67.86 
 
 		 446 aa  535  1e-151  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.292333  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0613  C4-dicarboxylate transporter DctA  62.94 
 
 		 439 aa  537  1e-151  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4433  C4-dicarboxylate transporter DctA  65.56 
 
 		 438 aa  537  1e-151  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.485034 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0163  C4-dicarboxylate transporter DctA  62.94 
 
 		 439 aa  537  1e-151  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.931394  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0646  C4-dicarboxylate transporter DctA  62.94 
 
 		 439 aa  537  1e-151  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3473  C4-dicarboxylate transporter DctA  67.14 
 
 		 446 aa  528  1e-149  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3458  C4-dicarboxylate transporter DctA  62.68 
 
 		 440 aa  527  1e-148  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2461  C4-dicarboxylate transporter DctA  62.68 
 
 		 440 aa  527  1e-148  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3460  C4-dicarboxylate transporter DctA  62.68 
 
 		 440 aa  527  1e-148  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3423  C4-dicarboxylate transporter DctA  62.68 
 
 		 440 aa  527  1e-148  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.329562  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0379  C4-dicarboxylate transporter DctA  62.68 
 
 		 440 aa  527  1e-148  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0567  C4-dicarboxylate transporter DctA  63.4 
 
 		 440 aa  520  1e-146  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.245555  normal  0.199571 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0541  C4-dicarboxylate transporter DctA  63.4 
 
 		 440 aa  521  1e-146  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0508551  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3388  C4-dicarboxylate transporter DctA  62.11 
 
 		 441 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0001363 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3956  C4-dicarboxylate transporter DctA  64.37 
 
 		 438 aa  511  1e-144  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.205542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0568  C4-dicarboxylate transporter DctA  62.35 
 
 		 440 aa  514  1e-144  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2596  C4-dicarboxylate transporter DctA  62.65 
 
 		 442 aa  511  1e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000161796 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4324  C4-dicarboxylate transporter DctA  64.13 
 
 		 438 aa  509  1e-143  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.269388 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5335  C4-dicarboxylate transporter DctA  65.23 
 
 		 443 aa  505  9.999999999999999e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.789043 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0796  C4-dicarboxylate transporter DctA  69.45 
 
 		 437 aa  507  9.999999999999999e-143  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.86356  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1203  C4-dicarboxylate transporter DctA  61.96 
 
 		 440 aa  496  1e-139  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0307  C4-dicarboxylate transporter DctA  67.26 
 
 		 444 aa  490  1e-137  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.44334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0194  C4-dicarboxylate transporter DctA  57.82 
 
 		 444 aa  476  1e-133  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247995  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01460  C4-dicarboxylate transporter DctA  57.31 
 
 		 449 aa  476  1e-133  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.881945 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0381  sodium:dicarboxylate symporter  54.59 
 
 		 437 aa  468  1.0000000000000001e-131  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000240059  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2255  C4-dicarboxylate transporter DctA  57.79 
 
 		 436 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.16569  normal  0.0457753 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3225  sodium:dicarboxylate symporter  53.07 
 
 		 439 aa  453  1.0000000000000001e-126  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.891613  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4878  C4-dicarboxylate transporter DctA  58.39 
 
 		 437 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1886  C4-dicarboxylate transporter DctA  57.66 
 
 		 437 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.327512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3483  C4-dicarboxylate transporter DctA  57.79 
 
 		 436 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.225944  normal  0.530275 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1039  sodium:dicarboxylate symporter  53 
 
 		 439 aa  449  1e-125  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.681651 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1729  C4-dicarboxylate transporter DctA  57.31 
 
 		 436 aa  451  1e-125  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5339  C4-dicarboxylate transporter DctA  52.56 
 
 		 465 aa  443  1e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0982  C4-dicarboxylate transporter DctA  54.48 
 
 		 452 aa  439  9.999999999999999e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.206436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3501  C4-dicarboxylate transporter DctA  54.23 
 
 		 451 aa  436  1e-121  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1777  sodium:dicarboxylate symporter  53.21 
 
 		 440 aa  432  1e-120  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2100  Sodium/dicarboxylate symporter  53.21 
 
 		 440 aa  432  1e-120  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0228  C4-dicarboxylate transporter DctA  49.54 
 
 		 429 aa  432  1e-120  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1856  sodium:dicarboxylate symporter  53.21 
 
 		 440 aa  432  1e-120  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3748  C4-dicarboxylate transporter DctA  51.15 
 
 		 448 aa  429  1e-119  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6225  C4-dicarboxylate transport protein  48.49 
 
 		 444 aa  425  1e-118  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0356  sodium:dicarboxylate symporter  54.07 
 
 		 442 aa  426  1e-118  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.212213  normal  0.69556 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4108  sodium:dicarboxylate symporter  52.78 
 
 		 434 aa  426  1e-118  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0814495  normal  0.311636 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4178  C4-dicarboxylate transporter DctA  48.8 
 
 		 454 aa  423  1e-117  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.174427 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0367  sodium:dicarboxylate symporter  49.76 
 
 		 447 aa  423  1e-117  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0430  C4-dicarboxylate transporter DctA  51.76 
 
 		 429 aa  422  1e-117  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1437  C4-dicarboxylate transporter DctA  50.84 
 
 		 447 aa  424  1e-117  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0432682  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2714  sodium:dicarboxylate symporter  56.46 
 
 		 455 aa  423  1e-117  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49130  C4-dicarboxylate transporter DctA  50.23 
 
 		 436 aa  423  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000308919 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2034  C4-dicarboxylate transporter DctA  53.75 
 
 		 442 aa  419  1e-116  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.636554  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4196  C4-dicarboxylate transporter DctA  50 
 
 		 436 aa  421  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2994  C4-dicarboxylate transporter DctA  51.5 
 
 		 449 aa  420  1e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.134288  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2032  C4-dicarboxylate transporter DctA  53.51 
 
 		 447 aa  421  1e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0640  C4-dicarboxylate transporter DctA  51.92 
 
 		 444 aa  419  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.367999  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6215  C4-dicarboxylate transporter DctA  51.53 
 
 		 429 aa  420  1e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3258  sodium:dicarboxylate symporter  47.93 
 
 		 446 aa  419  1e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.823996  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2928  C4-dicarboxylate transporter DctA  51.29 
 
 		 429 aa  418  1e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0476  C4-dicarboxylate transporter DctA  51.92 
 
 		 428 aa  419  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.145716  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0456  C4-dicarboxylate transporter DctA  51.92 
 
 		 428 aa  419  1e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03376  C4-dicarboxylate transport protein  51.33 
 
 		 428 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0185  sodium:dicarboxylate symporter  51.33 
 
 		 428 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3836  C4-dicarboxylate transporter DctA  51.33 
 
 		 428 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.275466 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2717  C4-dicarboxylate transporter DctA  48.94 
 
 		 443 aa  418  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2884  C4-dicarboxylate transporter DctA  51.17 
 
 		 430 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0997591  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1682  C4-dicarboxylate transport protein  51.27 
 
 		 460 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.662063  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0189  C4-dicarboxylate transporter DctA  51.33 
 
 		 428 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3731  C4-dicarboxylate transporter DctA  51.33 
 
 		 428 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3480  C4-dicarboxylate transporter DctA  49.64 
 
 		 444 aa  417  9.999999999999999e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.327392  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0186  C4-dicarboxylate transporter DctA  50 
 
 		 429 aa  415  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.436113  normal  0.912792 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3228  C4-dicarboxylate transporter DctA  51.68 
 
 		 428 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3707  C4-dicarboxylate transporter DctA  51.86 
 
 		 450 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151684 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3934  C4-dicarboxylate transporter DctA  51.33 
 
 		 428 aa  416  9.999999999999999e-116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3283  sodium:dicarboxylate symporter  47.91 
 
 		 447 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0399  C4-dicarboxylate transporter DctA  51.92 
 
 		 444 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03329  hypothetical protein  51.33 
 
 		 428 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3059  sodium:dicarboxylate symporter  47.91 
 
 		 447 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0192  C4-dicarboxylate transporter DctA  50.24 
 
 		 429 aa  417  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0620705 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2259  C4-dicarboxylate transporter DctA  51.41 
 
 		 430 aa  418  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2790  C4-dicarboxylate transporter DctA  51.29 
 
 		 429 aa  418  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.712352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2873  C4-dicarboxylate transporter DctA  51.41 
 
 		 430 aa  418  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.259802  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0204  C4-dicarboxylate transporter DctA  51.68 
 
 		 428 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1840  C4-dicarboxylate transporter DctA  51.67 
 
 		 439 aa  415  9.999999999999999e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.731313  normal  0.395958 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2815  C4-dicarboxylate transporter DctA  51.68 
 
 		 428 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4016  C4-dicarboxylate transporter DctA  51.33 
 
 		 428 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1389  C4-dicarboxylate transporter DctA  51.68 
 
 		 428 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1188  C4-dicarboxylate transporter DctA  50.92 
 
 		 440 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.32454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4299  C4-dicarboxylate transporter DctA  53.27 
 
 		 452 aa  413  1e-114  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709019 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>