More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0138 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0138  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 131 aa  271  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5421  endoribonuclease L-PSP  62.99 
 
 		 133 aa  174  3e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0720  endoribonuclease L-PSP  62.02 
 
 		 129 aa  169  2e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0884731  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6185  endoribonuclease L-PSP  64 
 
 		 149 aa  158  2e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.89906  normal  0.555721 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6940  Endoribonuclease L-PSP  65.32 
 
 		 125 aa  152  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0336608  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2982  putative translation initiation inhibitor  64.52 
 
 		 125 aa  151  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0416  endoribonuclease L-PSP  57.48 
 
 		 143 aa  149  1e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0920711 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6508  endoribonuclease L-PSP  53.54 
 
 		 127 aa  140  7e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3526  endoribonuclease L-PSP  49.15 
 
 		 134 aa  105  3e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.269561  normal  0.880819 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3521  endoribonuclease L-PSP  49.15 
 
 		 134 aa  104  4e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.757048  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3594  endoribonuclease L-PSP  49.15 
 
 		 134 aa  104  4e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.825839 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2069  endoribonuclease L-PSP, putative  37.3 
 
 		 125 aa  94.4  5e-19  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0171544  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1894  putative endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 125 aa  93.6  8e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.373962  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1312  putative endoribonuclease L-PSP  44.54 
 
 		 128 aa  92  2e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0264  putative endoribonuclease L-PSP  38.66 
 
 		 122 aa  91.7  3e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0809  endoribonuclease L-PSP  41.18 
 
 		 124 aa  91.3  4e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0972  YjgF-like protein  41.32 
 
 		 130 aa  91.3  4e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00459079  normal  0.578034 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5927  endoribonuclease L-PSP  46.15 
 
 		 129 aa  90.9  5e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0894752  normal  0.145489 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0877  YjgF-like protein  37.8 
 
 		 129 aa  90.5  7e-18  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1824  YjgF-like protein  40.98 
 
 		 132 aa  90.1  8e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.516822  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2357  endoribonuclease L-PSP  38.66 
 
 		 127 aa  89.7  1e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  7.063190000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0943  endoribonuclease L-PSP  35.16 
 
 		 126 aa  88.2  3e-17  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0278799  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0631  putative endoribonuclease L-PSP  38.98 
 
 		 136 aa  88.2  3e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1697  putative endoribonuclease L-PSP  40 
 
 		 144 aa  88.6  3e-17  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1403  endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 126 aa  87.8  5e-17  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000591811 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2324  endoribonuclease L-PSP  39.68 
 
 		 125 aa  87.4  6e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  6.85805e-18  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08201  putative translation initiation inhibitor, yjgF family protein  34.62 
 
 		 132 aa  87.4  6e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0109  endoribonuclease L-PSP  41.8 
 
 		 140 aa  87.4  6e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.748315  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1336  endoribonuclease L-PSP  34.92 
 
 		 125 aa  87  7e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0508  endoribonuclease L-PSP  40.68 
 
 		 131 aa  87  7e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000880426 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0493  endoribonuclease L-PSP  40.68 
 
 		 131 aa  87  7e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0041  endoribonuclease L-PSP  38.84 
 
 		 124 aa  85.9  1e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0072  endoribonuclease L-PSP, putative  41.38 
 
 		 126 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0208  YjgF-like protein  41.38 
 
 		 126 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1265  endoribonuclease L-PSP  38.98 
 
 		 124 aa  86.3  1e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05611  YjgF family translation initiation inhibitor  35.38 
 
 		 132 aa  86.3  1e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0106  endoribonuclease L-PSP  40.17 
 
 		 127 aa  86.3  1e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1723  endoribonuclease L-PSP  38.46 
 
 		 125 aa  85.9  2e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.136811  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1208  putative endoribonuclease L-PSP  42.61 
 
 		 117 aa  85.5  2e-16  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB05500  conserved hypothetical protein  38.46 
 
 		 156 aa  85.5  2e-16  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  hitchhiker  0.000381478  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3088  endoribonuclease L-PSP  39.69 
 
 		 129 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.123749  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1191  endoribonuclease L-PSP  39.5 
 
 		 227 aa  85.9  2e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.42742  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5010  endoribonuclease L-PSP  41.41 
 
 		 127 aa  85.5  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1716  endoribonuclease L-PSP  36.72 
 
 		 124 aa  85.5  2e-16  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.220452  decreased coverage  0.00000724646 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1301  endoribonuclease L-PSP  37.69 
 
 		 130 aa  85.1  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0610  putative endoribonuclease L-PSP  37.61 
 
 		 126 aa  85.1  3e-16  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  hitchhiker  0.00344225  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0965  endoribonuclease L-PSP  38.46 
 
 		 141 aa  84.7  4e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1089  putative endoribonuclease L-PSP  34.19 
 
 		 126 aa  84.3  5e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1258  putative endoribonuclease L-PSP  37.5 
 
 		 126 aa  84  6e-16  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.768034  normal  0.325919 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1267  putative endoribonuclease L-PSP  34.19 
 
 		 126 aa  84  6e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.686095  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4079  putative endoribonuclease L-PSP  39.32 
 
 		 127 aa  84  7e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1493  endoribonuclease L-PSP  37.61 
 
 		 124 aa  84  7e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0414  putative endoribonuclease L-PSP  35.94 
 
 		 124 aa  84  7e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.59864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1096  endoribonuclease L-PSP  39.06 
 
 		 126 aa  83.2  0.000000000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2235  endoribonuclease L-PSP, putative  39.37 
 
 		 126 aa  82.8  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00087243  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002892  endoribonuclease L-PSP  36.13 
 
 		 126 aa  82.4  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2127  endoribonuclease L-PSP  39.66 
 
 		 128 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1664  endoribonuclease L-PSP  35.59 
 
 		 124 aa  82  0.000000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2739  endoribonuclease L-PSP  39.66 
 
 		 128 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0254  endoribonuclease L-PSP  36.75 
 
 		 130 aa  82.8  0.000000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.600084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  40.34 
 
 		 129 aa  82  0.000000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06221  YjgF family translation initiation inhibitor  32.03 
 
 		 130 aa  82.8  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0144  putative endoribonuclease L-PSP  38.33 
 
 		 126 aa  82  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00510728  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2765  endoribonuclease L-PSP  39.66 
 
 		 128 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06141  YjgF family translation initiation inhibitor  34.11 
 
 		 130 aa  82.4  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.617188  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0518  putative endoribonuclease L-PSP  35.04 
 
 		 126 aa  82  0.000000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000619405  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0531  putative endoribonuclease L-PSP  35.04 
 
 		 126 aa  82  0.000000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000228568  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1773  endoribonuclease L-PSP, putative  38.14 
 
 		 131 aa  82  0.000000000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5212  putative endoribonuclease L-PSP  40.52 
 
 		 126 aa  81.3  0.000000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.36615 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5303  endoribonuclease  40.52 
 
 		 126 aa  81.3  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3109  endoribonuclease L-PSP  42.37 
 
 		 123 aa  81.3  0.000000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0400559 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0733  endoribonuclease L-PSP  38.98 
 
 		 128 aa  81.6  0.000000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4391  endoribonuclease L-PSP  40.52 
 
 		 126 aa  81.3  0.000000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0665991 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0170  endoribonuclease L-PSP  40.52 
 
 		 126 aa  80.5  0.000000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0281593 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0043  endoribonuclease L-PSP  36.75 
 
 		 124 aa  80.5  0.000000000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00285503  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0135  endoribonuclease L-PSP, putative  33.05 
 
 		 126 aa  80.5  0.000000000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00324378  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5351  endoribonuclease L-PSP  39.66 
 
 		 126 aa  80.1  0.000000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120193  normal  0.233615 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02784  hypothetical protein  37.5 
 
 		 127 aa  80.1  0.000000000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2798  endoribonuclease L-PSP  36.13 
 
 		 126 aa  79.7  0.00000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000409658  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0558  endoribonuclease L-PSP  32.03 
 
 		 130 aa  79.7  0.00000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0908554  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0709  putative endoribonuclease L-PSP  39.5 
 
 		 128 aa  79.7  0.00000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2656  endoribonuclease L-PSP  39.13 
 
 		 128 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1940  putative endoribonuclease L-PSP  41.67 
 
 		 128 aa  79.7  0.00000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.049388  hitchhiker  0.000000582392 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0815  endoribonuclease L-PSP  36.92 
 
 		 132 aa  80.1  0.00000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03082  hypothetical protein  34.35 
 
 		 148 aa  80.1  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2789  endoribonuclease L-PSP  39.13 
 
 		 128 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3904  putative endoribonuclease L-PSP  41.18 
 
 		 128 aa  80.1  0.00000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.147099 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1033  putative endoribonuclease L-PSP  40.34 
 
 		 124 aa  80.1  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4146  endoribonuclease L-PSP  41.18 
 
 		 125 aa  79.7  0.00000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.126381  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6115  hypothetical protein  39.66 
 
 		 126 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6067  endoribonuclease L-PSP  39.13 
 
 		 128 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.865959 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2463  endoribonuclease L-PSP  34.19 
 
 		 125 aa  79  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173812  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05841  YjgF family translation initiation inhibitor  35.83 
 
 		 130 aa  79  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0603  putative endoribonuclease L-PSP  37.07 
 
 		 129 aa  79.3  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0412  putative endoribonuclease L-PSP  36.44 
 
 		 127 aa  78.2  0.00000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3753  Endoribonuclease L-PSP  39.39 
 
 		 137 aa  78.6  0.00000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.596421  hitchhiker  0.00368928 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2593  endoribonuclease L-PSP  35.94 
 
 		 126 aa  78.6  0.00000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5540  endoribonuclease L-PSP  37.61 
 
 		 131 aa  78.2  0.00000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00356179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5552  endoribonuclease L-PSP  37.93 
 
 		 126 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2416  putative endoribonuclease L-PSP  37.29 
 
 		 130 aa  78.6  0.00000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.769165 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>