More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2559 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_2559  transcription termination factor NusA  100 
 
 		 442 aa  878    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.225701  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3036  transcription elongation factor NusA  41.7 
 
 		 475 aa  316  6e-85  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00201036  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0749  transcription elongation factor NusA  41.75 
 
 		 535 aa  306  7e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3928  transcription elongation factor NusA  40.94 
 
 		 534 aa  304  2.0000000000000002e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2163  transcription elongation factor NusA  41.51 
 
 		 537 aa  301  1e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2075  transcription elongation factor NusA  41.51 
 
 		 537 aa  301  1e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.183083  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2699  transcription termination factor NusA  39.91 
 
 		 545 aa  296  6e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.311383  normal  0.577361 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2925  NusA antitermination factor  39.91 
 
 		 545 aa  296  6e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624825  normal  0.0501763 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2821  NusA antitermination factor  40.14 
 
 		 560 aa  295  8e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.143768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2613  NusA antitermination factor  39.91 
 
 		 544 aa  295  8e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.109477  normal  0.215578 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1049  NusA antitermination factor  40.33 
 
 		 538 aa  295  1e-78  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4616  NusA antitermination factor  39.67 
 
 		 536 aa  295  1e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0831604  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2297  NusA antitermination factor  39.86 
 
 		 532 aa  293  3e-78  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0358902 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4069  transcription elongation factor NusA  40.09 
 
 		 535 aa  293  5e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3626  NusA antitermination factor  38.14 
 
 		 536 aa  293  5e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475474 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4389  transcription elongation factor NusA  40.24 
 
 		 533 aa  292  9e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3041  transcription elongation factor NusA  41.08 
 
 		 572 aa  291  2e-77  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3439  transcription elongation factor NusA  39.29 
 
 		 552 aa  290  3e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.787039  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2755  transcription elongation factor NusA  39.41 
 
 		 534 aa  290  4e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0382786  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0166  transcription elongation factor NusA  39.62 
 
 		 538 aa  288  1e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590136  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3729  NusA antitermination factor  38.97 
 
 		 545 aa  287  2e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0217708 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1252  transcription elongation factor NusA  39.44 
 
 		 537 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0442  transcription elongation factor NusA  38.73 
 
 		 537 aa  285  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1163  transcription elongation factor NusA  38.92 
 
 		 535 aa  283  5.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.605286  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2824  transcription elongation factor NusA  38.92 
 
 		 535 aa  283  5.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0029  transcription elongation factor NusA  36.92 
 
 		 536 aa  282  8.000000000000001e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3779  transcription elongation factor NusA  40.99 
 
 		 516 aa  281  1e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.530973  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07820  NusA antitermination factor  42.27 
 
 		 377 aa  281  2e-74  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2068  transcription elongation factor NusA  40.05 
 
 		 523 aa  280  3e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.571828 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0598  transcription elongation factor NusA  38.03 
 
 		 539 aa  280  5e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0233  transcription elongation factor NusA  37.56 
 
 		 540 aa  280  5e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.157572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2910  transcription elongation factor NusA  39.75 
 
 		 538 aa  280  5e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0295  transcription elongation factor NusA  36.92 
 
 		 531 aa  279  6e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0917388  normal  0.0106159 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3075  NusA antitermination factor  40.87 
 
 		 497 aa  278  1e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0031  transcription elongation factor NusA  38.86 
 
 		 568 aa  277  3e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.351795 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3729  NusA antitermination factor  38.24 
 
 		 506 aa  277  3e-73  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00128644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3561  transcription elongation factor NusA  38.71 
 
 		 544 aa  276  7e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0478  transcription elongation factor NusA  37.56 
 
 		 541 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.779193  normal  0.288054 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0022  transcription elongation factor NusA  36.21 
 
 		 538 aa  275  2.0000000000000002e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0361846 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2492  transcription elongation factor NusA  37.83 
 
 		 544 aa  274  2.0000000000000002e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0183695  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0610  transcription elongation factor NusA  39.3 
 
 		 548 aa  274  3e-72  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.131908  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2592  transcription elongation factor NusA  37.56 
 
 		 559 aa  273  3e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.808645  normal  0.776822 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3679  NusA antitermination factor  39.27 
 
 		 493 aa  273  5.000000000000001e-72  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000224558  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0562  transcription elongation factor NusA  39.9 
 
 		 503 aa  272  7e-72  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1601  transcription elongation factor NusA  39.9 
 
 		 503 aa  272  8.000000000000001e-72  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.468238  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0994  NusA antitermination factor  39.77 
 
 		 404 aa  271  1e-71  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000558995  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1139  NusA antitermination factor  37.2 
 
 		 556 aa  271  2e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0315403 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1665  NusA antitermination factor  41.69 
 
 		 365 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000721447  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2777  NusA antitermination factor  41.79 
 
 		 354 aa  270  4e-71  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000726051  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0055  transcription elongation factor NusA  36.32 
 
 		 537 aa  270  5e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255127  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1300  transcription elongation factor NusA  41.91 
 
 		 383 aa  268  1e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000861889  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1160  NusA antitermination factor  36.56 
 
 		 557 aa  268  2e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2983  transcription elongation factor NusA  41.91 
 
 		 382 aa  268  2e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0049800000000001e-28 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1100  NusA antitermination factor  36.56 
 
 		 557 aa  268  2e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1228  NusA antitermination factor  36.56 
 
 		 557 aa  268  2e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1227  transcription elongation factor NusA  38.69 
 
 		 449 aa  268  2e-70  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000158035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1960  transcription elongation factor NusA  40.7 
 
 		 384 aa  266  5e-70  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0055359  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1899  transcription elongation factor NusA  42.6 
 
 		 383 aa  266  5.999999999999999e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368219  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1648  transcription elongation factor NusA  41.89 
 
 		 346 aa  265  8e-70  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000247005  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0223  transcription elongation factor NusA  39.15 
 
 		 506 aa  265  8.999999999999999e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1584  transcription elongation factor NusA  40.62 
 
 		 381 aa  263  3e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0634631  normal  0.227689 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4218  NusA antitermination factor  37.62 
 
 		 534 aa  263  3e-69  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.0000184689  normal  0.152678 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2709  transcription elongation factor NusA  36.79 
 
 		 493 aa  262  1e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1586  transcription elongation factor NusA  42.04 
 
 		 385 aa  261  2e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00876176  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1026  NusA antitermination factor  36.5 
 
 		 496 aa  260  3e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.152945  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3855  NusA antitermination factor  34.95 
 
 		 538 aa  259  5.0000000000000005e-68  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0719337  normal  0.0942338 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0698  NusA antitermination factor  36.09 
 
 		 492 aa  259  8e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.10534  normal  0.240105 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0961  transcription elongation factor NusA  39.88 
 
 		 401 aa  259  9e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.462921  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1047  NusA antitermination factor  40.82 
 
 		 362 aa  259  1e-67  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000154988  unclonable  0.0000000137146 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0390  transcription termination factor NusA  37.34 
 
 		 493 aa  258  1e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0554  NusA antitermination factor  37.34 
 
 		 493 aa  258  1e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.557873  normal  0.218927 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0724  NusA antitermination factor  35.55 
 
 		 495 aa  258  2e-67  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.188433  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1441  NusA antitermination factor  40.12 
 
 		 380 aa  257  2e-67  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0429547  normal  0.129125 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1949  transcription elongation factor NusA  37.01 
 
 		 498 aa  257  2e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.394294  normal  0.0311483 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3731  transcription elongation factor NusA  36.36 
 
 		 495 aa  257  3e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00415908  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3597  transcription elongation factor NusA  36.36 
 
 		 495 aa  257  3e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000179276  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3992  transcription elongation factor NusA  36.36 
 
 		 495 aa  257  3e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000690041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3349  transcription elongation factor NusA  37.66 
 
 		 497 aa  256  5e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.451805  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_857  transcription elongation factor  41.12 
 
 		 487 aa  256  6e-67  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000000272174  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3819  transcription elongation factor NusA  37.25 
 
 		 529 aa  256  6e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0301891 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3466  transcription elongation factor NusA  36.08 
 
 		 496 aa  256  6e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0876  transcription elongation factor NusA  40.28 
 
 		 491 aa  255  8e-67  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0313079  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0497  transcription elongation factor NusA  39.88 
 
 		 440 aa  255  1.0000000000000001e-66  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3347  transcription elongation factor NusA  36.08 
 
 		 496 aa  255  1.0000000000000001e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0985  transcription elongation factor NusA  42.26 
 
 		 491 aa  254  2.0000000000000002e-66  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00150789  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3191  transcription elongation factor NusA  39.83 
 
 		 381 aa  254  2.0000000000000002e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000141994  normal  0.115207 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0607  NusA antitermination factor  37.1 
 
 		 433 aa  253  5.000000000000001e-66  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000457156  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3161  transcription elongation factor NusA  35.29 
 
 		 429 aa  253  6e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00111335  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01759  transcription elongation factor NusA  36.05 
 
 		 498 aa  252  1e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.320518  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1553  transcription elongation factor NusA  41.44 
 
 		 406 aa  251  1e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.02973e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0040  transcription elongation factor NusA  43.99 
 
 		 590 aa  252  1e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.72674  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03036  transcription elongation factor NusA  34.52 
 
 		 495 aa  251  2e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0536  NusA antitermination factor  34.52 
 
 		 495 aa  251  2e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3361  transcription elongation factor NusA  34.52 
 
 		 495 aa  251  2e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0352386  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3653  transcription elongation factor NusA  34.52 
 
 		 495 aa  251  2e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.588616  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02987  hypothetical protein  34.52 
 
 		 495 aa  251  2e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3465  transcription elongation factor NusA  34.52 
 
 		 495 aa  251  2e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.246943  normal  0.841765 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0529  transcription elongation factor NusA  34.52 
 
 		 495 aa  251  2e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000129927 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2032  transcription elongation factor NusA  36.25 
 
 		 491 aa  251  2e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.395424  normal  0.0287229 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1152  transcription elongation factor NusA  39.65 
 
 		 382 aa  251  2e-65  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162475  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>