42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1813 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_1813  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 80 aa  157  5e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.464134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3550  XRE family transcriptional regulator  56 
 
 		 92 aa  95.1  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0545283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0800  XRE family transcriptional regulator  54.67 
 
 		 97 aa  85.5  2e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3837  helix-turn-helix domain-containing protein  46.25 
 
 		 81 aa  80.5  0.000000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4916  XRE family transcriptional regulator  52 
 
 		 81 aa  79.7  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.366268  normal  0.960861 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0717  DNA-binding protein  50.68 
 
 		 80 aa  76.3  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0622  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  50.68 
 
 		 80 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831827  normal  0.651829 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5654  transcriptional regulator, XRE family  49.35 
 
 		 78 aa  75.9  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.279432  normal  0.298954 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3691  XRE family transcriptional regulator  48.05 
 
 		 85 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2731  DNA-binding protein  42.31 
 
 		 85 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000000989155  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3635  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 85 aa  69.3  0.00000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.314503 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3970  XRE family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 85 aa  68.9  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0983  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 80 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.525138  normal  0.0218109 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3194  XRE family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 86 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2410  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 88 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000194776  normal  0.242768 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2106  hypothetical protein  54.69 
 
 		 84 aa  63.9  0.0000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0810  XRE family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 85 aa  63.2  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.697679  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0902  transcriptional regulator, XRE family  52.73 
 
 		 82 aa  62  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7321  transcriptional regulator, XRE family  45.21 
 
 		 77 aa  61.2  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000062062  decreased coverage  0.00000000166173 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1469  Cro/CI family transcriptional regulator  40 
 
 		 84 aa  57.8  0.00000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0903  transcriptional regulator, XRE family  44 
 
 		 77 aa  57.4  0.00000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2441  DNA-binding protein  38.67 
 
 		 80 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1246  DNA-binding protein  38.67 
 
 		 80 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.578172  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1559  DNA-binding protein  38.67 
 
 		 80 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.810667  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0743  DNA-binding protein  38.67 
 
 		 80 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1707  DNA-binding protein  38.67 
 
 		 80 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0719  DNA-binding protein  38.67 
 
 		 80 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.196932  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1324  helix-turn-helix domain-containing protein  42.65 
 
 		 85 aa  53.5  0.0000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5908  helix-turn-helix domain protein  41.33 
 
 		 88 aa  50.1  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.84632  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3948  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 73 aa  48.5  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00697178 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6264  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 188 aa  48.1  0.00004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.0000184029  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4563  transcriptional regulator, XRE family  32.47 
 
 		 80 aa  46.2  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3955  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 84 aa  45.4  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 		 68 aa  42.7  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03892  DNA-binding protein  37.5 
 
 		 82 aa  42.4  0.002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1926  XRE family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 82 aa  42.4  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.616703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2018  XRE family transcriptional regulator  36 
 
 		 83 aa  42  0.003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.97795  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1266  XRE family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 127 aa  41.6  0.004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.119071 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6481  putative transcriptional regulator, XRE family  36.51 
 
 		 291 aa  40.8  0.007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.787196  normal  0.247273 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0155  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 83 aa  40.4  0.009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.540606  hitchhiker  0.00139635 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1022  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 		 75 aa  40.4  0.009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4276  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 145 aa  40  0.01  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.173641 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>