31 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5908 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5908  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 88 aa  173  6e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.84632  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2731  DNA-binding protein  44.44 
 
 		 85 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000000989155  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3691  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 85 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03892  DNA-binding protein  45.45 
 
 		 82 aa  53.9  0.0000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3194  XRE family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 86 aa  52.8  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0902  transcriptional regulator, XRE family  45.31 
 
 		 82 aa  52  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0983  transcriptional regulator, XRE family  44.74 
 
 		 80 aa  51.2  0.000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.525138  normal  0.0218109 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0903  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 77 aa  51.2  0.000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6264  XRE family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 188 aa  50.1  0.000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.0000184029  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0717  DNA-binding protein  38.46 
 
 		 80 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2106  hypothetical protein  41.54 
 
 		 84 aa  49.7  0.00001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1813  helix-turn-helix domain-containing protein  41.33 
 
 		 80 aa  50.1  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.464134  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7321  transcriptional regulator, XRE family  40.28 
 
 		 77 aa  48.9  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000062062  decreased coverage  0.00000000166173 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5654  transcriptional regulator, XRE family  41.79 
 
 		 78 aa  47  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.279432  normal  0.298954 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0529  XRE family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 205 aa  46.2  0.0001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000109326  normal  0.171352 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2410  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 88 aa  45.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000194776  normal  0.242768 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1324  helix-turn-helix domain-containing protein  34.57 
 
 		 85 aa  45.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04250  transcriptional regulator  40.54 
 
 		 186 aa  45.4  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3837  helix-turn-helix domain-containing protein  45.61 
 
 		 81 aa  44.7  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0800  XRE family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 97 aa  44.3  0.0005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3948  XRE family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 73 aa  43.9  0.0008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00697178 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0622  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  47.27 
 
 		 80 aa  43.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831827  normal  0.651829 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0810  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 85 aa  43.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.697679  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0858  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 497 aa  43.1  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.359757  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3635  XRE family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 85 aa  42.7  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.314503 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0300  helix-turn-helix domain-containing protein  30.95 
 
 		 370 aa  42.7  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.193502  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0549  transcriptional regulator, XRE family  39.24 
 
 		 103 aa  41.2  0.004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2483  transcriptional regulator, XRE family  36.11 
 
 		 143 aa  41.2  0.005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3550  XRE family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 92 aa  40.8  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0545283  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04053  Transcriptional Regulator, XRE family protein  39.24 
 
 		 106 aa  40.8  0.007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0267  XRE family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 118 aa  40.4  0.009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.257195  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>