43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1469 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1469  Cro/CI family transcriptional regulator  100 
 
 		 84 aa  169  1e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3837  helix-turn-helix domain-containing protein  43.84 
 
 		 81 aa  67.4  0.00000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3550  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 92 aa  63.9  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0545283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0622  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  48.44 
 
 		 80 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831827  normal  0.651829 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4916  XRE family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 81 aa  62.8  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.366268  normal  0.960861 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0800  XRE family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 97 aa  62  0.000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7321  transcriptional regulator, XRE family  41.1 
 
 		 77 aa  58.9  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000062062  decreased coverage  0.00000000166173 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0717  DNA-binding protein  41.43 
 
 		 80 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1813  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 80 aa  57.8  0.00000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.464134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3948  XRE family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 73 aa  57  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00697178 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2410  XRE family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 88 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000194776  normal  0.242768 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6264  XRE family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 188 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.0000184029  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03892  DNA-binding protein  46.15 
 
 		 82 aa  54.3  0.0000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1559  DNA-binding protein  40.91 
 
 		 80 aa  53.1  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.810667  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3194  XRE family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 86 aa  53.5  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2441  DNA-binding protein  40.91 
 
 		 80 aa  53.1  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1246  DNA-binding protein  40.91 
 
 		 80 aa  53.1  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.578172  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4563  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 80 aa  52.4  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3970  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 85 aa  52.8  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0810  XRE family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 85 aa  52.4  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.697679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2106  hypothetical protein  40.62 
 
 		 84 aa  51.2  0.000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3691  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 85 aa  50.4  0.000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2731  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 85 aa  50.4  0.000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000000989155  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0719  DNA-binding protein  39.39 
 
 		 80 aa  48.9  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.196932  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0743  DNA-binding protein  39.39 
 
 		 80 aa  48.9  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1707  DNA-binding protein  39.39 
 
 		 80 aa  48.9  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3635  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 85 aa  46.2  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.314503 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5654  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 78 aa  45.4  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.279432  normal  0.298954 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1035  transcriptional regulator, XRE family  32.39 
 
 		 159 aa  44.7  0.0004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0903  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 77 aa  44.3  0.0005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0902  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 82 aa  43.9  0.0008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1324  helix-turn-helix domain-containing protein  33.85 
 
 		 85 aa  43.5  0.0009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2163  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 710 aa  43.5  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3499  XRE family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 712 aa  42.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3955  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 84 aa  42.4  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0529  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 205 aa  42.7  0.002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000109326  normal  0.171352 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0308  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 144 aa  42.4  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1998  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 131 aa  42.4  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3256  helix-turn-helix domain-containing protein  41.18 
 
 		 136 aa  42  0.003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.103023  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2248  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 		 116 aa  42  0.003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00529166 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 68 aa  40.8  0.006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  42 
 
 		 169 aa  40.8  0.006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0440  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 91 aa  40  0.01  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000374773  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>