27 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4563 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4563  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 80 aa  166  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2441  DNA-binding protein  63.29 
 
 		 80 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1559  DNA-binding protein  63.29 
 
 		 80 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.810667  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1246  DNA-binding protein  63.29 
 
 		 80 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.578172  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0719  DNA-binding protein  62.03 
 
 		 80 aa  107  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.196932  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1707  DNA-binding protein  62.03 
 
 		 80 aa  107  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0743  DNA-binding protein  62.03 
 
 		 80 aa  107  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6264  XRE family transcriptional regulator  55.88 
 
 		 188 aa  81.6  0.000000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.0000184029  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3948  XRE family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 73 aa  74.7  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00697178 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0717  DNA-binding protein  41.54 
 
 		 80 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0622  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  38.89 
 
 		 80 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831827  normal  0.651829 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4916  XRE family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 81 aa  53.1  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.366268  normal  0.960861 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1469  Cro/CI family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 84 aa  52.4  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03892  DNA-binding protein  52.46 
 
 		 82 aa  52.4  0.000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2731  DNA-binding protein  37.18 
 
 		 85 aa  50.8  0.000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000000989155  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2106  hypothetical protein  38.46 
 
 		 84 aa  47.8  0.00006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3194  XRE family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 86 aa  47.4  0.00007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1813  helix-turn-helix domain-containing protein  32.47 
 
 		 80 aa  46.2  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.464134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0810  XRE family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 85 aa  44.7  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.697679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3837  helix-turn-helix domain-containing protein  37.88 
 
 		 81 aa  43.5  0.0009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0800  XRE family transcriptional regulator  44 
 
 		 97 aa  42.4  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0902  transcriptional regulator, XRE family  35.38 
 
 		 82 aa  42.7  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2410  transcriptional regulator, XRE family  35.21 
 
 		 141 aa  42.4  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000774173  normal  0.481646 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3550  XRE family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 92 aa  41.6  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0545283  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5654  transcriptional regulator, XRE family  31.17 
 
 		 78 aa  42  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.279432  normal  0.298954 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1655  transcriptional regulator, XRE family  33.8 
 
 		 81 aa  40.8  0.007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3691  XRE family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 85 aa  40.4  0.009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>