18 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2018 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2018  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 83 aa  171  3.9999999999999995e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.97795  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2463  XRE family transcriptional regulator  56.06 
 
 		 71 aa  81.6  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.155413  normal  0.111212 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1926  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 82 aa  62.4  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.616703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0622  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  36.99 
 
 		 80 aa  50.8  0.000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831827  normal  0.651829 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0717  DNA-binding protein  32.91 
 
 		 80 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0902  transcriptional regulator, XRE family  34.72 
 
 		 82 aa  50.1  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3550  XRE family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 92 aa  49.7  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0545283  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0903  transcriptional regulator, XRE family  34.67 
 
 		 77 aa  48.1  0.00004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3837  helix-turn-helix domain-containing protein  29.63 
 
 		 81 aa  47.4  0.00007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6264  XRE family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 188 aa  45.4  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.0000184029  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1324  helix-turn-helix domain-containing protein  32.47 
 
 		 85 aa  43.9  0.0007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4916  XRE family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 81 aa  43.5  0.0009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.366268  normal  0.960861 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1813  helix-turn-helix domain-containing protein  36 
 
 		 80 aa  42  0.003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.464134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3948  XRE family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 73 aa  41.6  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00697178 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0800  XRE family transcriptional regulator  28 
 
 		 97 aa  41.2  0.005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1246  DNA-binding protein  31.17 
 
 		 80 aa  41.2  0.005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.578172  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1559  DNA-binding protein  31.17 
 
 		 80 aa  41.2  0.005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.810667  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2441  DNA-binding protein  31.17 
 
 		 80 aa  41.2  0.005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>