20 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1926 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1926  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 82 aa  169  1e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.616703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2018  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 83 aa  62.4  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.97795  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2463  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 71 aa  58.5  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.155413  normal  0.111212 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2410  XRE family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 88 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000194776  normal  0.242768 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3691  XRE family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 85 aa  53.1  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3837  helix-turn-helix domain-containing protein  37.68 
 
 		 81 aa  51.6  0.000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4916  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 81 aa  50.1  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.366268  normal  0.960861 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2731  DNA-binding protein  27.78 
 
 		 85 aa  48.1  0.00004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000000989155  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0717  DNA-binding protein  26.56 
 
 		 80 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5654  transcriptional regulator, XRE family  27.78 
 
 		 78 aa  43.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.279432  normal  0.298954 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0810  XRE family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 85 aa  43.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.697679  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3948  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 73 aa  43.5  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00697178 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0622  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  25.76 
 
 		 80 aa  43.5  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831827  normal  0.651829 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1246  DNA-binding protein  26.32 
 
 		 80 aa  42.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.578172  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1559  DNA-binding protein  26.32 
 
 		 80 aa  42.4  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.810667  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1813  helix-turn-helix domain-containing protein  31.94 
 
 		 80 aa  42.4  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.464134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2441  DNA-binding protein  26.32 
 
 		 80 aa  42.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0800  XRE family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 97 aa  42  0.003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3550  XRE family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 92 aa  41.6  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0545283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3970  XRE family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 85 aa  41.6  0.004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>