297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_2018 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009073  Pcal_2018  PP-loop domain-containing protein  100 
 
 		 290 aa  594  1e-169  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000229346 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0017  PP-loop domain-containing protein  75.87 
 
 		 304 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.128893  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1268  PP-loop domain-containing protein  36.43 
 
 		 323 aa  152  7e-36  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0768  PP-loop domain protein  34.93 
 
 		 288 aa  147  1.0000000000000001e-34  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.923286  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0751  PP-loop domain-containing protein  32.97 
 
 		 304 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.0000031572  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0727  PP-loop domain-containing protein  32.97 
 
 		 304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000064129  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1506  PP-loop domain protein  31.86 
 
 		 304 aa  130  3e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1159  PP-loop domain-containing protein  32.36 
 
 		 300 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00548011  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1487  PP-loop domain-containing protein  32.74 
 
 		 318 aa  117  1.9999999999999998e-25  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1672  PP-loop domain protein  32.47 
 
 		 318 aa  115  6.9999999999999995e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3611  hypothetical protein  31.16 
 
 		 302 aa  114  3e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0923  PP-loop domain-containing protein  31.43 
 
 		 328 aa  113  3e-24  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.345442  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1006  PP-loop domain-containing protein  28.41 
 
 		 323 aa  112  6e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000342283  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1454  PP-loop domain-containing protein  31.12 
 
 		 329 aa  112  7.000000000000001e-24  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1159  PP-loop domain-containing protein  30.04 
 
 		 297 aa  112  7.000000000000001e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.557797  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0991  hypothetical protein  33.7 
 
 		 302 aa  112  9e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.250333  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1017  PP-loop domain-containing protein  29.79 
 
 		 330 aa  112  9e-24  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000000000000238836 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0195  PP-loop domain protein  31.27 
 
 		 301 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.285449  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1511  PP-loop domain-containing protein  31.23 
 
 		 332 aa  110  3e-23  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1363  PP-loop domain protein  29.18 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000000207966  normal  0.493123 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2672  hypothetical protein  31.85 
 
 		 302 aa  107  3e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.850687  normal  0.464248 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2330  PP-loop domain protein  32.26 
 
 		 311 aa  106  4e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1255  PP-loop domain-containing protein  29.93 
 
 		 337 aa  100  3e-20  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000000242334 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1482  PP-loop domain protein  30.36 
 
 		 312 aa  98.6  1e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1647  PP-loop domain-containing protein  29.93 
 
 		 327 aa  98.2  1e-19  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1780  PP-loop domain-containing protein  27.84 
 
 		 297 aa  98.2  1e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0206487  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0575  PP-loop domain-containing protein  29.63 
 
 		 326 aa  97.4  2e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2277  PP-loop domain protein  30.11 
 
 		 303 aa  96.7  4e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0970  hypothetical protein  31.23 
 
 		 300 aa  95.5  9e-19  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.13433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2830  PP-loop domain-containing protein  30.43 
 
 		 303 aa  95.5  9e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.669837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2607  C32 tRNA thiolase  32 
 
 		 310 aa  95.5  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.560057 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0105  PP-loop domain-containing protein  25.99 
 
 		 304 aa  94.7  1e-18  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000276493 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2299  PP-loop domain protein  30.22 
 
 		 311 aa  93.6  3e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00162169  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1778  C32 tRNA thiolase  30.22 
 
 		 311 aa  94  3e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.446502  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01321  predicted C32 tRNA thiolase  30.22 
 
 		 311 aa  93.2  4e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1144  PP-loop domain protein  26.77 
 
 		 308 aa  93.6  4e-18  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01331  hypothetical protein  30.22 
 
 		 311 aa  93.2  4e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1558  C32 tRNA thiolase  30.22 
 
 		 311 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2281  C32 tRNA thiolase  30.22 
 
 		 311 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.787518  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1993  C32 tRNA thiolase  30.22 
 
 		 311 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.800343 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1461  C32 tRNA thiolase  30.22 
 
 		 311 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1589  C32 tRNA thiolase  30.22 
 
 		 311 aa  92.4  7e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1774  C32 tRNA thiolase  30.67 
 
 		 311 aa  92  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.075518 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1837  C32 tRNA thiolase  30.67 
 
 		 311 aa  92.4  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.555568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1681  C32 tRNA thiolase  30.67 
 
 		 311 aa  92  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0199988  normal  0.0209698 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1777  C32 tRNA thiolase  30.67 
 
 		 311 aa  92  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.101816 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1499  C32 tRNA thiolase  30.67 
 
 		 311 aa  91.7  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2598  C32 tRNA thiolase  29.78 
 
 		 311 aa  90.9  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1773  C32 tRNA thiolase  30.22 
 
 		 313 aa  91.3  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2415  C32 tRNA thiolase  31.65 
 
 		 319 aa  90.9  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.170221  decreased coverage  0.000000170238 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2316  C32 tRNA thiolase  30.22 
 
 		 311 aa  90.5  3e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.415676  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0974  PP-loop domain protein  31.08 
 
 		 309 aa  90.1  4e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.441228  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0414  PP-loop domain protein  28.99 
 
 		 313 aa  89.7  4e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.661851 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33230  C32 tRNA thiolase  31.11 
 
 		 274 aa  90.1  4e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.259091  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1896  C32 tRNA thiolase  31.67 
 
 		 289 aa  89.4  6e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.318261 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0882  PP-loop domain-containing protein  33.17 
 
 		 307 aa  89  8e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.175206  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1995  C32 tRNA thiolase  29.78 
 
 		 317 aa  89  9e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0619881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2198  PP-loop domain-containing protein  31.55 
 
 		 309 aa  89  9e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.256426  normal  0.397615 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2974  PP-loop family protein  30.88 
 
 		 314 aa  88.6  1e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4186  C32 tRNA thiolase  30.67 
 
 		 274 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.610238  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3381  C32 tRNA thiolase  29.6 
 
 		 331 aa  88.2  1e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0000151455  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2142  C32 tRNA thiolase  30.67 
 
 		 311 aa  88.6  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.614557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2039  C32 tRNA thiolase  29.6 
 
 		 331 aa  88.2  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.605016  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0519  C32 tRNA thiolase  29.6 
 
 		 331 aa  88.2  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.339453  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1596  ATPase  31.07 
 
 		 302 aa  88.2  1e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.612685  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3054  C32 tRNA thiolase  29.6 
 
 		 331 aa  88.2  1e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.31194  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2245  C32 tRNA thiolase  29.6 
 
 		 331 aa  88.2  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.705781  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0554  C32 tRNA thiolase  30.04 
 
 		 313 aa  88.6  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.637065 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2224  C32 tRNA thiolase  30.67 
 
 		 311 aa  88.6  1e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00242897  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0327  C32 tRNA thiolase  29.6 
 
 		 331 aa  88.2  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3027  C32 tRNA thiolase  29.6 
 
 		 334 aa  88.2  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48870  C32 tRNA thiolase  30.67 
 
 		 274 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000116894  hitchhiker  0.0000000652379 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0340  C32 tRNA thiolase  29.6 
 
 		 331 aa  88.2  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.576069  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0101  C32 tRNA thiolase  30.04 
 
 		 326 aa  88.2  2e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000472408 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3000  C32 tRNA thiolase  29.15 
 
 		 331 aa  87.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0290  C32 tRNA thiolase  29.6 
 
 		 331 aa  87.4  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.583518  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2366  C32 tRNA thiolase  29.15 
 
 		 326 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53458  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2980  C32 tRNA thiolase  29.15 
 
 		 331 aa  87.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0716  PP-loop domain-containing protein  29.28 
 
 		 310 aa  87.4  2e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0170  PP-loop domain protein  27.04 
 
 		 307 aa  88.2  2e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1801  C32 tRNA thiolase  30.22 
 
 		 319 aa  87.8  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.313433 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2962  C32 tRNA thiolase  30.67 
 
 		 274 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.828296  normal  0.0229557 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6329  C32 tRNA thiolase  28.7 
 
 		 331 aa  86.3  5e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.577363  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003477  tRNA(Cytosine32)-2-thiocytidine synthetase  29.61 
 
 		 297 aa  86.3  5e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0168289  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2975  C32 tRNA thiolase  29.15 
 
 		 331 aa  86.7  5e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2890  C32 tRNA thiolase  29.15 
 
 		 340 aa  86.7  5e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.735906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4232  C32 tRNA thiolase  28.63 
 
 		 274 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.636295  normal  0.524031 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1793  C32 tRNA thiolase  30.58 
 
 		 302 aa  85.9  7e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02293  C32 tRNA thiolase  29.61 
 
 		 297 aa  85.9  8e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1738  C32 tRNA thiolase  28.44 
 
 		 313 aa  85.5  9e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4497  C32 tRNA thiolase  30.22 
 
 		 310 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0184  C32 tRNA thiolase  28.76 
 
 		 314 aa  85.1  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.478782 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1949  C32 tRNA thiolase  29.78 
 
 		 310 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2211  C32 tRNA thiolase  30.22 
 
 		 310 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000587998  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1043  C32 tRNA thiolase  29.33 
 
 		 310 aa  85.1  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00286005  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3730  C32 tRNA thiolase  28.7 
 
 		 336 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0526035  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2354  C32 tRNA thiolase  29.33 
 
 		 310 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1006  PP-loop domain-containing protein  27.78 
 
 		 287 aa  84.3  0.000000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.192569  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0206  C32 tRNA thiolase  28.7 
 
 		 336 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1841  C32 tRNA thiolase  29.91 
 
 		 323 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000126519  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>