More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2354 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_2354  C32 tRNA thiolase  100 
 
 
310 aa  643    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2016  C32 tRNA thiolase  96.13 
 
 
322 aa  625  1e-178  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000000499451 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1959  C32 tRNA thiolase  96.13 
 
 
322 aa  625  1e-178  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00791076 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2117  C32 tRNA thiolase  96.13 
 
 
322 aa  625  1e-178  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0387293 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2160  C32 tRNA thiolase  93.55 
 
 
322 aa  611  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00960533  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2224  C32 tRNA thiolase  93.55 
 
 
322 aa  611  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000167986  normal  0.0826377 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2211  C32 tRNA thiolase  93.55 
 
 
310 aa  609  1e-173  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000587998  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1949  C32 tRNA thiolase  92.58 
 
 
310 aa  609  1e-173  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2210  C32 tRNA thiolase  93.23 
 
 
322 aa  609  1e-173  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000285606  normal  0.272334 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4497  C32 tRNA thiolase  93.55 
 
 
310 aa  609  1e-173  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1801  C32 tRNA thiolase  87.46 
 
 
319 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.313433 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1995  C32 tRNA thiolase  86.22 
 
 
317 aa  569  1e-161  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0619881  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2224  C32 tRNA thiolase  84.09 
 
 
311 aa  558  1e-158  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00242897  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1841  C32 tRNA thiolase  82.28 
 
 
323 aa  552  1e-156  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000126519  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2221  C32 tRNA thiolase  81.21 
 
 
316 aa  546  1e-154  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2020  C32 tRNA thiolase  82.08 
 
 
312 aa  543  1e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2415  C32 tRNA thiolase  80.07 
 
 
319 aa  533  1e-150  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.170221  decreased coverage  0.000000170238 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2225  C32 tRNA thiolase  66.78 
 
 
310 aa  425  1e-118  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.28353 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003477  tRNA(Cytosine32)-2-thiocytidine synthetase  64.57 
 
 
297 aa  422  1e-117  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0168289  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2962  C32 tRNA thiolase  74.61 
 
 
274 aa  417  1e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.828296  normal  0.0229557 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02293  C32 tRNA thiolase  64.24 
 
 
297 aa  419  1e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4186  C32 tRNA thiolase  75 
 
 
274 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.610238  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1203  C32 tRNA thiolase  74.61 
 
 
274 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33230  C32 tRNA thiolase  74.22 
 
 
274 aa  414  9.999999999999999e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.259091  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4076  C32 tRNA thiolase  74.61 
 
 
274 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0875  PP-loop  71.37 
 
 
284 aa  415  9.999999999999999e-116  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00139883  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1243  C32 tRNA thiolase  74.61 
 
 
274 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000805224 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2230  PP-loop domain-containing protein  71.76 
 
 
279 aa  416  9.999999999999999e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.259403  normal  0.653141 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1641  C32 tRNA thiolase  74.22 
 
 
274 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.822283  normal  0.200546 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1773  C32 tRNA thiolase  69.71 
 
 
313 aa  411  1e-114  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48870  C32 tRNA thiolase  74.61 
 
 
274 aa  414  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000116894  hitchhiker  0.0000000652379 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1043  C32 tRNA thiolase  68.25 
 
 
310 aa  411  1e-114  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00286005  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3705  C32 tRNA thiolase  72.27 
 
 
274 aa  408  1e-113  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.248731  hitchhiker  0.001028 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4232  C32 tRNA thiolase  71.92 
 
 
274 aa  410  1e-113  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.636295  normal  0.524031 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1778  C32 tRNA thiolase  68.25 
 
 
311 aa  408  1e-113  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.446502  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2316  C32 tRNA thiolase  68.25 
 
 
311 aa  409  1e-113  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.415676  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01331  hypothetical protein  67.52 
 
 
311 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01321  predicted C32 tRNA thiolase  67.52 
 
 
311 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2299  PP-loop domain protein  67.52 
 
 
311 aa  404  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00162169  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2598  C32 tRNA thiolase  67.15 
 
 
311 aa  404  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1558  C32 tRNA thiolase  68.25 
 
 
311 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1589  C32 tRNA thiolase  67.52 
 
 
311 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2206  C32 tRNA thiolase  68.25 
 
 
313 aa  404  1.0000000000000001e-112  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.840796 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2281  C32 tRNA thiolase  68.25 
 
 
311 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.787518  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1738  C32 tRNA thiolase  69.49 
 
 
313 aa  407  1.0000000000000001e-112  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2142  C32 tRNA thiolase  67.15 
 
 
311 aa  405  1.0000000000000001e-112  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.614557  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1912  C32 tRNA thiolase  68.25 
 
 
313 aa  404  1.0000000000000001e-112  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1802  C32 tRNA thiolase  68.25 
 
 
313 aa  404  1.0000000000000001e-112  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1461  C32 tRNA thiolase  68.25 
 
 
311 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1793  C32 tRNA thiolase  67.83 
 
 
302 aa  405  1.0000000000000001e-112  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1993  C32 tRNA thiolase  68.25 
 
 
311 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.800343 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2974  PP-loop family protein  63.11 
 
 
314 aa  401  1e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1684  hypothetical protein  72.27 
 
 
274 aa  404  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1777  C32 tRNA thiolase  68.63 
 
 
311 aa  403  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.101816 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1596  ATPase  69 
 
 
302 aa  401  1e-111  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.612685  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1837  C32 tRNA thiolase  68.63 
 
 
311 aa  404  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.555568  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1573  C32 tRNA thiolase  61.69 
 
 
307 aa  402  1e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.539766  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1499  C32 tRNA thiolase  68.63 
 
 
311 aa  403  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1681  C32 tRNA thiolase  68.63 
 
 
311 aa  404  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0199988  normal  0.0209698 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2607  C32 tRNA thiolase  67.88 
 
 
310 aa  403  1e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.560057 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1774  C32 tRNA thiolase  68.63 
 
 
311 aa  404  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.075518 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0509  C32 tRNA thiolase  66.79 
 
 
298 aa  394  1e-109  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.252102  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2198  PP-loop domain-containing protein  66.3 
 
 
309 aa  392  1e-108  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.256426  normal  0.397615 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02065  C32 tRNA thiolase  61.72 
 
 
317 aa  389  1e-107  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00588797  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0206  C32 tRNA thiolase  62.54 
 
 
336 aa  386  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2892  C32 tRNA thiolase  65.19 
 
 
336 aa  385  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00588342 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2975  C32 tRNA thiolase  62.21 
 
 
331 aa  385  1e-106  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0863  C32 tRNA thiolase  68.36 
 
 
314 aa  387  1e-106  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2880  hypothetical protein  67.18 
 
 
289 aa  382  1e-105  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2890  C32 tRNA thiolase  65.19 
 
 
340 aa  383  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.735906  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3730  C32 tRNA thiolase  64.81 
 
 
336 aa  382  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0526035  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2064  PP-loop superfamily ATPase  62.93 
 
 
318 aa  384  1e-105  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3027  C32 tRNA thiolase  61.54 
 
 
334 aa  384  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0327  C32 tRNA thiolase  64.81 
 
 
331 aa  378  1e-104  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3381  C32 tRNA thiolase  64.81 
 
 
331 aa  378  1e-104  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0000151455  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0519  C32 tRNA thiolase  64.81 
 
 
331 aa  378  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.339453  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3054  C32 tRNA thiolase  64.81 
 
 
331 aa  378  1e-104  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.31194  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0290  C32 tRNA thiolase  60.87 
 
 
331 aa  378  1e-104  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.583518  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2039  C32 tRNA thiolase  64.81 
 
 
331 aa  378  1e-104  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.605016  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0340  C32 tRNA thiolase  64.81 
 
 
331 aa  378  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.576069  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2245  C32 tRNA thiolase  64.81 
 
 
331 aa  378  1e-104  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.705781  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6329  C32 tRNA thiolase  61.64 
 
 
331 aa  374  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.577363  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2366  C32 tRNA thiolase  64.07 
 
 
326 aa  376  1e-103  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53458  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0974  PP-loop domain protein  64.49 
 
 
309 aa  376  1e-103  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.441228  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2980  C32 tRNA thiolase  64.07 
 
 
331 aa  376  1e-103  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3000  C32 tRNA thiolase  64.07 
 
 
331 aa  375  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0516  C32 tRNA thiolase  62.72 
 
 
314 aa  373  1e-102  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.366068  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4089  C32 tRNA thiolase  60.92 
 
 
311 aa  369  1e-101  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.425483  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0068  C32 tRNA thiolase  65.35 
 
 
315 aa  368  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0175  C32 tRNA thiolase  65.35 
 
 
312 aa  367  1e-100  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.186206 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4143  C32 tRNA thiolase  59.44 
 
 
287 aa  364  1e-100  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0227  C32 tRNA thiolase  64.31 
 
 
312 aa  366  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.384347  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0060  C32 tRNA thiolase  65.35 
 
 
315 aa  367  1e-100  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.867348  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0184  C32 tRNA thiolase  65.1 
 
 
314 aa  366  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.478782 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4231  PP-loop domain-containing protein  64.64 
 
 
310 aa  366  1e-100  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.92927  normal  0.191142 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0815  PP-loop  65.74 
 
 
338 aa  364  1e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0772  C32 tRNA thiolase  58.68 
 
 
381 aa  363  2e-99  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.26194  normal  0.702409 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0695  C32 tRNA thiolase  66.14 
 
 
317 aa  362  3e-99  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.283768  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1750  C32 tRNA thiolase  65.3 
 
 
368 aa  360  2e-98  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000779647 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0778  C32 tRNA thiolase  65.4 
 
 
381 aa  360  2e-98  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.344606  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>