More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0524 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0524  periplasmic binding protein  100 
 
 		 270 aa  530  1e-149  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0559  periplasmic binding protein  97.78 
 
 		 270 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0570  periplasmic binding protein  91.67 
 
 		 270 aa  433  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0577  periplasmic binding protein  85.99 
 
 		 270 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5009  periplasmic binding protein  69.83 
 
 		 266 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.756494 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3846  periplasmic binding protein  62.55 
 
 		 264 aa  300  1e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.907593  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06810  Periplasmic binding protein  60.16 
 
 		 282 aa  296  2e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251258  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11530  hypothetical protein  58.82 
 
 		 265 aa  281  6.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1056  hypothetical protein  57.56 
 
 		 265 aa  281  7.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  37.55 
 
 		 318 aa  171  9e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  35.38 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  33.97 
 
 		 300 aa  169  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  34.62 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  33.72 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1578  putative vitamin B12 transport protein  37.01 
 
 		 317 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  36.76 
 
 		 318 aa  166  5e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  34.5 
 
 		 310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  34.5 
 
 		 310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  34.5 
 
 		 332 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  34.5 
 
 		 310 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  34.5 
 
 		 310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  34.5 
 
 		 310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  35.86 
 
 		 313 aa  162  4.0000000000000004e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  36.19 
 
 		 287 aa  162  5.0000000000000005e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0251  periplasmic binding protein  32.26 
 
 		 300 aa  162  5.0000000000000005e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  34.11 
 
 		 310 aa  162  7e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  33.73 
 
 		 309 aa  159  6e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3496  ABC Fe3+-hydroxamate/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  33.33 
 
 		 303 aa  159  6e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  33.72 
 
 		 339 aa  159  7e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1959  hypothetical protein  30.86 
 
 		 276 aa  158  1e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0962  periplasmic binding protein  32.4 
 
 		 285 aa  156  4e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  32.81 
 
 		 300 aa  155  6e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2820  periplasmic binding protein  33.33 
 
 		 311 aa  155  7e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00857628  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1839  periplasmic binding protein  34.92 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2455  periplasmic binding protein  34.92 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2450  periplasmic binding protein  34.92 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.962038  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5781  ABC Fe3+siderophore/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  35.32 
 
 		 304 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  30.63 
 
 		 275 aa  150  2e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0844  periplasmic binding protein  33.72 
 
 		 305 aa  148  8e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0274  periplasmic binding protein  31.17 
 
 		 296 aa  148  8e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.880805  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2498  periplasmic binding protein  34.66 
 
 		 310 aa  144  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.904872  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1923  periplasmic binding protein  28.86 
 
 		 284 aa  145  1e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3733  periplasmic binding protein  31.23 
 
 		 321 aa  143  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  28.74 
 
 		 300 aa  142  4e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0848  periplasmic binding protein  29.73 
 
 		 274 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2366  periplasmic binding protein  34.01 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3174  periplasmic binding protein  29.73 
 
 		 274 aa  140  3e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3374  periplasmic binding protein  30.08 
 
 		 278 aa  139  7e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.610729  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  29.34 
 
 		 274 aa  138  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4079  periplasmic binding protein  29.32 
 
 		 276 aa  137  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000203821  normal  0.165112 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2947  periplasmic binding protein  29.52 
 
 		 275 aa  135  5e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0895  periplasmic binding protein  28.57 
 
 		 288 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004473  vitamin B12 ABC transporter B12-binding component BtuF  27.27 
 
 		 274 aa  135  7.000000000000001e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0990  vitamin B12-transporter protein BtuF  32.95 
 
 		 280 aa  134  9.999999999999999e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.224128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3326  vitamin B12-transporter protein BtuF  32.95 
 
 		 280 aa  134  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3455  vitamin B12-transporter protein BtuF  32.95 
 
 		 280 aa  134  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3709  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  29.6 
 
 		 254 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00921  ABC-type Fe3+-siderophore transporter  24.91 
 
 		 275 aa  133  3e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1017  periplasmic binding protein  29.55 
 
 		 275 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0786  vitamin B12-transporter protein BtuF  31.97 
 
 		 268 aa  130  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.172682 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1005  periplasmic binding protein  29.5 
 
 		 275 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0719  periplasmic binding protein  29.2 
 
 		 274 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3358  periplasmic binding protein  29.74 
 
 		 275 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2853  periplasmic binding protein  27.76 
 
 		 294 aa  128  9.000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0983  periplasmic binding protein  29.17 
 
 		 275 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1163  putative vitamin B12 transport protein BtuF  26.02 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.543729  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01625  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  30.58 
 
 		 308 aa  125  1e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1133  periplasmic binding protein  26.8 
 
 		 349 aa  124  1e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0090  periplasmic binding protein  29.3 
 
 		 331 aa  122  4e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.479217  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  26.52 
 
 		 294 aa  119  6e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1492  periplasmic binding protein  30.89 
 
 		 284 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.285572  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2808  periplasmic binding protein  30.2 
 
 		 265 aa  112  6e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2161  periplasmic binding protein  24.69 
 
 		 299 aa  112  9e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  25.87 
 
 		 318 aa  111  1.0000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  27.38 
 
 		 309 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  28.46 
 
 		 296 aa  108  8.000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1039  periplasmic binding protein  32.09 
 
 		 272 aa  104  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3024  periplasmic binding protein  28.46 
 
 		 269 aa  103  2e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  26.67 
 
 		 341 aa  102  5e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  25.29 
 
 		 315 aa  102  7e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3557  periplasmic binding protein  27.27 
 
 		 276 aa  102  8e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000210628  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2879  periplasmic binding protein  28.87 
 
 		 270 aa  102  8e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0168  vitamin B12-transporter protein BtuF  29.77 
 
 		 266 aa  101  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00157  vitamin B12-transporter protein BtuF  29.77 
 
 		 266 aa  100  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.35571  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00156  hypothetical protein  29.77 
 
 		 266 aa  100  2e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.316454  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  24.81 
 
 		 328 aa  100  2e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3444  periplasmic binding protein  29.77 
 
 		 266 aa  100  3e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0229  vitamin B12-transporter protein BtuF  30.12 
 
 		 262 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0245  vitamin B12-transporter protein BtuF  30.12 
 
 		 266 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.168683  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0163  vitamin B12-transporter protein BtuF  29.77 
 
 		 266 aa  100  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0170  vitamin B12-transporter protein BtuF  29.77 
 
 		 266 aa  100  3e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3501  vitamin B12-transporter protein BtuF  29.77 
 
 		 266 aa  100  3e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0162  vitamin B12-transporter protein BtuF  29.77 
 
 		 266 aa  100  3e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0227  vitamin B12-transporter protein BtuF  30.12 
 
 		 262 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.482155  normal  0.717087 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0226  vitamin B12-transporter protein BtuF  30.12 
 
 		 262 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0243  vitamin B12-transporter protein BtuF  30.12 
 
 		 262 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3099  vitamin B12-transporter protein BtuF  26.84 
 
 		 276 aa  99.4  6e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  28.43 
 
 		 338 aa  99  7e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0698  vitamin B12-transporter protein BtuF  29.23 
 
 		 265 aa  99  7e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  25.56 
 
 		 337 aa  99  7e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>