More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PG2065 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002950  PG2065  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  100 
 
 		 341 aa  709    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2243  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.9 
 
 		 359 aa  260  2e-68  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.726084 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3610  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.17 
 
 		 351 aa  259  3e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1111  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.41 
 
 		 360 aa  256  3e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000337587  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2685  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.49 
 
 		 346 aa  253  3e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000061721  normal  0.591184 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1124  radical SAM protein  39.35 
 
 		 369 aa  253  4.0000000000000004e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.371918  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0732  radical SAM enzyme, Cfr family  40.24 
 
 		 377 aa  252  7e-66  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0028  radical SAM protein  41.18 
 
 		 396 aa  250  3e-65  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2051  radical SAM protein  38.75 
 
 		 376 aa  249  5e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0429585  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1743  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.77 
 
 		 358 aa  249  6e-65  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.499617  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1253  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.18 
 
 		 373 aa  249  6e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.405878  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3008  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.88 
 
 		 373 aa  248  1e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00899057  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1119  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.92 
 
 		 371 aa  248  1e-64  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5856  radical SAM enzyme, Cfr family  39.52 
 
 		 378 aa  248  1e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1370  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.59 
 
 		 373 aa  247  2e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0194673 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1302  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.88 
 
 		 373 aa  247  2e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.563776  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3151  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.59 
 
 		 373 aa  247  2e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00905599  hitchhiker  0.00812914 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1226  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.88 
 
 		 373 aa  246  3e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.173043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1791  radical SAM protein  40.36 
 
 		 359 aa  246  4e-64  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3315  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.88 
 
 		 373 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4731  radical SAM enzyme, Cfr family  38.99 
 
 		 350 aa  246  4.9999999999999997e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.698724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1249  radical SAM protein  40.42 
 
 		 360 aa  246  4.9999999999999997e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0648  hypothetical protein  39.72 
 
 		 413 aa  246  6e-64  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1296  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.3 
 
 		 373 aa  245  6e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.499019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.59 
 
 		 373 aa  246  6e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0106958  normal  0.379553 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1225  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.3 
 
 		 373 aa  245  6.999999999999999e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.461537  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1905  radical SAM protein  39.37 
 
 		 403 aa  245  8e-64  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0679  hypothetical protein  39.72 
 
 		 409 aa  245  9e-64  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.59 
 
 		 373 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0888845  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.3 
 
 		 373 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2022  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.04 
 
 		 371 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1113  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39 
 
 		 373 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.686108  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1287  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.88 
 
 		 373 aa  243  3e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1541  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.88 
 
 		 373 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.865101  normal  0.656047 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1255  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.3 
 
 		 400 aa  242  7e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.450874  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3017  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.3 
 
 		 419 aa  242  7e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1581  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.65 
 
 		 343 aa  242  7.999999999999999e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000011547  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1431  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 398 aa  242  7.999999999999999e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0059  radical SAM enzyme, Cfr family  37.57 
 
 		 358 aa  241  1e-62  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.955574  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1429  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.59 
 
 		 373 aa  240  2e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0876618 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1892  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.77 
 
 		 381 aa  241  2e-62  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0928  radical SAM enzyme, Cfr family  40.53 
 
 		 364 aa  240  2e-62  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.947592  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1065  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.23 
 
 		 364 aa  240  2.9999999999999997e-62  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0427  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.95 
 
 		 347 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.273579  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2311  radical SAM protein  39.2 
 
 		 371 aa  239  4e-62  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3089  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.69 
 
 		 360 aa  239  4e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.929572  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1758  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.71 
 
 		 361 aa  239  5e-62  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1623  hypothetical protein  38.4 
 
 		 362 aa  239  5e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00271207 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2184  radical SAM enzyme, Cfr family  39.3 
 
 		 382 aa  239  5e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1816  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.98 
 
 		 354 aa  239  5e-62  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1869  radical SAM protein  38.66 
 
 		 382 aa  239  5.999999999999999e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1504  hypothetical protein  37.46 
 
 		 382 aa  239  5.999999999999999e-62  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3855  radical SAM enzyme, Cfr family  37.87 
 
 		 348 aa  239  6.999999999999999e-62  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.74079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1421  radical SAM protein  38.08 
 
 		 373 aa  239  6.999999999999999e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.196113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1751  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.56 
 
 		 342 aa  238  1e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.493385  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1479  hypothetical protein  39.06 
 
 		 382 aa  238  1e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4604  hypothetical protein  38.42 
 
 		 382 aa  238  1e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1353  radical SAM protein  38.12 
 
 		 371 aa  238  1e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160208 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.02 
 
 		 351 aa  238  1e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0167472  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4057  radical SAM domain-containing protein  39.94 
 
 		 342 aa  238  1e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.291969  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0850  radical SAM enzyme, Cfr family  38.12 
 
 		 381 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2859  radical SAM protein  39.72 
 
 		 408 aa  237  2e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0880  radical SAM protein  38.12 
 
 		 381 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.588351  normal  0.297118 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0893  radical SAM protein  38.12 
 
 		 381 aa  237  3e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000355307 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3011  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.83 
 
 		 388 aa  236  3e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4328  radical SAM protein  37.46 
 
 		 381 aa  236  4e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000000214748 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01065  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.33 
 
 		 375 aa  236  4e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2558  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.72 
 
 		 351 aa  236  4e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.150479999999999e-35 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0726  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.49 
 
 		 383 aa  236  5.0000000000000005e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3742  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.42 
 
 		 384 aa  236  6e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1640  radical SAM protein  39.17 
 
 		 425 aa  235  7e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  0.136917 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1922  radical SAM enzyme, Cfr family  39.17 
 
 		 425 aa  235  8e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0056484 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5022  radical SAM protein  38.26 
 
 		 397 aa  235  9e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.380261  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0906  radical SAM enzyme, Cfr family  38.81 
 
 		 356 aa  235  9e-61  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1592  radical SAM enzyme, Cfr family  38.89 
 
 		 425 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.368814  normal  0.725987 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1782  radical SAM protein  38.32 
 
 		 349 aa  234  1.0000000000000001e-60  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2505  radical SAM protein  38.86 
 
 		 391 aa  234  1.0000000000000001e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.282858  normal  0.610835 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02409  predicted enzyme  38.12 
 
 		 384 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1151  radical SAM enzyme, Cfr family  38.12 
 
 		 384 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.390398  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004351  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.02 
 
 		 375 aa  234  2.0000000000000002e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2801  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.12 
 
 		 384 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4255  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.69 
 
 		 386 aa  234  2.0000000000000002e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2892  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.12 
 
 		 384 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1245  hypothetical protein  38.42 
 
 		 382 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2740  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.42 
 
 		 393 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1160  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.12 
 
 		 384 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0206768 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2669  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.12 
 
 		 384 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.253648 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2611  hypothetical protein  38.37 
 
 		 382 aa  234  2.0000000000000002e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00319585  normal  0.95925 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1308  hypothetical protein  37.76 
 
 		 378 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.141756  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02371  hypothetical protein  38.12 
 
 		 384 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_16611  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.94 
 
 		 348 aa  233  3e-60  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.785393  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1431  radical SAM enzyme, Cfr family  38.42 
 
 		 382 aa  233  3e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0591  hypothetical protein  37.08 
 
 		 372 aa  233  3e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.196855  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1122  radical SAM protein  38.29 
 
 		 430 aa  233  3e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2668  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.12 
 
 		 384 aa  233  3e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0461  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.93 
 
 		 364 aa  233  3e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.745055  normal  0.162604 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1955  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  35.93 
 
 		 365 aa  233  4.0000000000000004e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0269  hypothetical protein  38.78 
 
 		 410 aa  233  4.0000000000000004e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.169274 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1198  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.47 
 
 		 365 aa  233  4.0000000000000004e-60  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.347563  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1609  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.28 
 
 		 355 aa  233  4.0000000000000004e-60  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00249025 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>