More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3608 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3608  ferredoxin  100 
 
 		 317 aa  640    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.469867 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3181  ferredoxin  53.61 
 
 		 318 aa  317  2e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0458671 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0171  ferredoxin  52.41 
 
 		 316 aa  307  1.0000000000000001e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5962  ferredoxin  46.39 
 
 		 318 aa  290  3e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0118173 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5830  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  42.9 
 
 		 317 aa  247  2e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6022  ferredoxin  41.49 
 
 		 321 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5646  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  41.61 
 
 		 321 aa  232  7.000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2193  ferredoxin  38.05 
 
 		 323 aa  232  8.000000000000001e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0744529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1830  ferredoxin  39.25 
 
 		 321 aa  229  3e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.285762 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01773  predicted oxidoreductase  39.25 
 
 		 321 aa  229  4e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1840  ferredoxin  39.25 
 
 		 321 aa  229  4e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0439482  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01761  hypothetical protein  39.25 
 
 		 321 aa  229  4e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2029  oxidoreductase, FAD/NAD-binding/iron-sulfur cluster binding protein  39.25 
 
 		 321 aa  229  5e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.435425  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6582  ferredoxin  41.3 
 
 		 321 aa  229  6e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.71028  normal  0.0286768 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1891  oxidoreductase, FAD/NAD-binding/iron-sulfur cluster binding protein  39.25 
 
 		 321 aa  228  9e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3313  ferredoxin  39.75 
 
 		 321 aa  226  3e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2529  oxidoreductase, FAD/NAD-binding/iron-sulfur cluster binding protein  38.94 
 
 		 321 aa  226  3e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00243461  normal  0.86299 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2063  oxidoreductase, FAD/NAD-binding/iron-sulfur cluster binding protein  39.25 
 
 		 321 aa  226  3e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1385  oxidoreductase, FAD/NAD-binding/iron-sulfur cluster binding protein  38.63 
 
 		 321 aa  224  1e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.602347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0869  ferredoxin  38.92 
 
 		 318 aa  219  6e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3454  ferredoxin  41.07 
 
 		 309 aa  211  2e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.246796  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0281  ferredoxin  38.96 
 
 		 323 aa  208  1e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.985889  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0441  ferredoxin  38.92 
 
 		 317 aa  207  3e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.476743 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1334  phthalate 4,5-dioxygenase  39.38 
 
 		 322 aa  205  7e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.841551 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2724  ferredoxin  37.42 
 
 		 322 aa  201  9.999999999999999e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.704562  normal  0.0138338 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1517  oxidoreductase  35.83 
 
 		 321 aa  200  3e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1620  ferredoxin  36.34 
 
 		 321 aa  200  3e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1752  oxidoreductase  37.18 
 
 		 316 aa  199  3.9999999999999996e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000180781 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6765  ferredoxin-NADPH reductase  36.92 
 
 		 323 aa  193  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.976153 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0289  putative iron-sulfur oxidoreductase, beta subunit  38.08 
 
 		 316 aa  192  6e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.600768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5028  phthalate 4,5-dioxygenase  37.42 
 
 		 321 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2212  ferredoxin  36.99 
 
 		 319 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.990951 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2044  ferredoxin  38.41 
 
 		 316 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3118  ferredoxin  36.42 
 
 		 317 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2709  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  37.75 
 
 		 316 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0305444  normal  0.319321 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4592  ferredoxin  39.07 
 
 		 321 aa  186  4e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3221  ferredoxin  34.78 
 
 		 319 aa  185  8e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.252036  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5244  ferredoxin  37.12 
 
 		 321 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5777  phthalate 4,5-dioxygenase  35.31 
 
 		 320 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5694  Phthalate 4,5-dioxygenase  35.6 
 
 		 321 aa  184  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3265  ferredoxin  39.94 
 
 		 319 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00395419 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3123  ferredoxin  37.12 
 
 		 321 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.354063  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0531  ferredoxin  36.96 
 
 		 327 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.785476 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0803  putative ferredoxin-containing oxidoreductase  36.25 
 
 		 320 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.551034  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2905  vanillate O-demethylase oxidoreductase  37.75 
 
 		 316 aa  183  3e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.144739  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2169  ferredoxin  37.75 
 
 		 316 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0772713  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3737  ferredoxin  38.08 
 
 		 316 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.216085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2026  ferredoxin  37.75 
 
 		 316 aa  182  9.000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7074  ferredoxin/oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding  38.08 
 
 		 319 aa  181  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0880566  normal  0.833483 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0343  ferredoxin  35.6 
 
 		 322 aa  181  2e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4329  ferredoxin  35.76 
 
 		 320 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.042189 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5125  ferredoxin  36.96 
 
 		 321 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.272178  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1492  ferredoxin  34.88 
 
 		 330 aa  179  5.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2369  putative phthalate 4,5-dioxygenase reductase subunit (OhpA1)  33.13 
 
 		 320 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00138771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1356  phthalate 4,5-dioxygenase  38.78 
 
 		 320 aa  179  7e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3579  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  35.69 
 
 		 318 aa  177  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147796  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2494  ferredoxin  35.87 
 
 		 330 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0494145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5870  ferredoxin  35.4 
 
 		 588 aa  177  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2680  ferredoxin  35.19 
 
 		 328 aa  177  3e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3200  ferredoxin  33.23 
 
 		 320 aa  176  4e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.22771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5630  vanillate O-demethylase oxidoreductase  39.16 
 
 		 317 aa  176  5e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3578  reductive dehalogenase  37.1 
 
 		 1070 aa  175  9.999999999999999e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.960062  normal  0.192167 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3899  ferredoxin  34.84 
 
 		 325 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.83254  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3527  ferredoxin  36.01 
 
 		 326 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0968553 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64810  vanillate O-demethylase oxidoreductase  38.39 
 
 		 317 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0251554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4797  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  34.86 
 
 		 322 aa  172  5e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.290636  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0628  ferredoxin  35.69 
 
 		 319 aa  171  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.544899  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5357  ferredoxin  35.69 
 
 		 326 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.577974 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5517  vanillate O-demethylase oxidoreductase  34.06 
 
 		 331 aa  171  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1100  vanillate O-demethylase reductase subunit VanB  34.38 
 
 		 325 aa  170  3e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.96633  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5381  ferredoxin  37.73 
 
 		 321 aa  169  5e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1726  phthalate 4,5-dioxygenase  35.13 
 
 		 321 aa  169  7e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.53937  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0329  oxidoreductase  35.37 
 
 		 321 aa  169  8e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7253  ferredoxin  31.91 
 
 		 334 aa  168  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0419  ferredoxin/oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding  37.09 
 
 		 321 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3234  vanillate O-demethylase oxidoreductase  37.46 
 
 		 316 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.432272 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4812  ferredoxin  36.42 
 
 		 337 aa  166  4e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4812  ferredoxin  32.82 
 
 		 322 aa  166  4e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0104924  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1909  phthalate 4,5-dioxygenase, reductase subunit  34.98 
 
 		 351 aa  166  5e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.814713 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3621  ferredoxin  36.01 
 
 		 326 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0766898  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2786  ferredoxin  33.85 
 
 		 320 aa  166  6.9999999999999995e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.224579  normal  0.0721764 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3536  aromatic acid dioxygenase beta subunit  34.01 
 
 		 321 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.304315 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4965  ferredoxin  33.85 
 
 		 320 aa  166  6.9999999999999995e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.222707  normal  0.0138132 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0223  vanillate O-demethylase  38.14 
 
 		 317 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00000934842  normal  0.0801179 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6337  ferredoxin  33.96 
 
 		 315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.424849 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1957  Pdr/VanB family oxidoreductase  34.16 
 
 		 317 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.334574  hitchhiker  0.000300419 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7699  ferredoxin  34.64 
 
 		 326 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.765458 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5549  phenoxybenzoate dioxygenase subunit beta  32.3 
 
 		 321 aa  162  5.0000000000000005e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1829  ferredoxin  34.18 
 
 		 334 aa  162  5.0000000000000005e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148952  normal  0.528944 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7584  ferredoxin  35.47 
 
 		 323 aa  162  6e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1220  ferredoxin  37.65 
 
 		 321 aa  162  8.000000000000001e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.399745  decreased coverage  0.00184226 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3584  phthalate 4,5-dioxygenase  34.94 
 
 		 318 aa  161  1e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.194812  normal  0.934292 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2761  ferredoxin  34.92 
 
 		 774 aa  160  2e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.843778  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4832  ferredoxin  35.51 
 
 		 309 aa  160  3e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  unclonable  0.00000030603  hitchhiker  0.00755842 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0995  ferredoxin  33.12 
 
 		 319 aa  160  3e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000440652 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1111  ferredoxin  35.41 
 
 		 784 aa  160  3e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.734478  normal  0.214789 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5072  ferredoxin  34.81 
 
 		 352 aa  159  4e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.14092 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0406  putative 2Fe-2S ferrodoxin  35.44 
 
 		 324 aa  159  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0725  cytochrome P450  35.96 
 
 		 783 aa  159  5e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.207773  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4624  ferredoxin  35.19 
 
 		 322 aa  159  5e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>