More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3737 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3737  ferredoxin  100 
 
 		 316 aa  645    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.216085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2026  ferredoxin  98.42 
 
 		 316 aa  636    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2169  ferredoxin  96.2 
 
 		 316 aa  625  1e-178  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0772713  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2044  ferredoxin  89.56 
 
 		 316 aa  585  1e-166  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2709  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  74.68 
 
 		 316 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0305444  normal  0.319321 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2905  vanillate O-demethylase oxidoreductase  74.05 
 
 		 316 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.144739  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2724  ferredoxin  59.81 
 
 		 322 aa  400  9.999999999999999e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.704562  normal  0.0138338 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5694  Phthalate 4,5-dioxygenase  58.86 
 
 		 321 aa  394  1e-109  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0343  ferredoxin  56.73 
 
 		 322 aa  391  1e-108  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1334  phthalate 4,5-dioxygenase  60.06 
 
 		 322 aa  382  1e-105  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.841551 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0281  ferredoxin  58.15 
 
 		 323 aa  381  1e-104  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.985889  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5028  phthalate 4,5-dioxygenase  58.33 
 
 		 321 aa  377  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3118  ferredoxin  55.84 
 
 		 317 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3123  ferredoxin  57.05 
 
 		 321 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.354063  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5244  ferredoxin  57.05 
 
 		 321 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5125  ferredoxin  57.37 
 
 		 321 aa  370  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.272178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6765  ferredoxin-NADPH reductase  57.69 
 
 		 323 aa  365  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.976153 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4592  ferredoxin  57.37 
 
 		 321 aa  365  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1356  phthalate 4,5-dioxygenase  56.78 
 
 		 320 aa  364  1e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1003  vanillate O-demethylase oxidoreductase  55.38 
 
 		 315 aa  355  5.999999999999999e-97  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64810  vanillate O-demethylase oxidoreductase  56.47 
 
 		 317 aa  355  7.999999999999999e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0251554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0419  ferredoxin/oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding  54.81 
 
 		 321 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4329  ferredoxin  52.72 
 
 		 320 aa  340  2e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.042189 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5630  vanillate O-demethylase oxidoreductase  53.63 
 
 		 317 aa  337  9.999999999999999e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1100  vanillate O-demethylase reductase subunit VanB  55.45 
 
 		 325 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.96633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1297  ferredoxin  52.04 
 
 		 318 aa  331  1e-89  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.85642 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0995  ferredoxin  53.02 
 
 		 319 aa  329  3e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000440652 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0057  putative vanillate O-demethylase oxidoreductase  50.64 
 
 		 315 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4880  ferredoxin  53.87 
 
 		 332 aa  326  3e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.797791  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1957  Pdr/VanB family oxidoreductase  51.92 
 
 		 317 aa  326  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.334574  hitchhiker  0.000300419 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2212  ferredoxin  51.59 
 
 		 319 aa  322  4e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.990951 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0869  ferredoxin  47.8 
 
 		 318 aa  318  7e-86  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3265  ferredoxin  52.96 
 
 		 319 aa  312  3.9999999999999997e-84  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00395419 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3213  ferredoxin  49.85 
 
 		 344 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.289084  normal  0.0335883 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7699  ferredoxin  50.63 
 
 		 326 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.765458 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5517  vanillate O-demethylase oxidoreductase  49.04 
 
 		 331 aa  304  1.0000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0223  vanillate O-demethylase  51.09 
 
 		 317 aa  303  4.0000000000000003e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00000934842  normal  0.0801179 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1829  ferredoxin  47.63 
 
 		 334 aa  299  3e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148952  normal  0.528944 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0803  putative ferredoxin-containing oxidoreductase  46.06 
 
 		 320 aa  286  2e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.551034  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0406  putative 2Fe-2S ferrodoxin  47.94 
 
 		 324 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7584  ferredoxin  45.43 
 
 		 323 aa  275  8e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3579  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  44.77 
 
 		 318 aa  269  5e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147796  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4632  ferredoxin  45.1 
 
 		 316 aa  268  7e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0189827  normal  0.0263883 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4500  ferredoxin  45.1 
 
 		 316 aa  268  7e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.125259  normal  0.496442 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3200  ferredoxin  45.45 
 
 		 320 aa  257  2e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.22771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4067  ferredoxin  43.27 
 
 		 319 aa  256  4e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0554  putative iron-sulfur oxidoreductase subunit  44.59 
 
 		 337 aa  255  7e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.162175 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2173  vanillate O-demethylase oxidoreductase  44.03 
 
 		 320 aa  253  2.0000000000000002e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.23964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4797  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  44.76 
 
 		 322 aa  252  5.000000000000001e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.290636  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5777  phthalate 4,5-dioxygenase  44.3 
 
 		 320 aa  251  1e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2111  ferredoxin-oxidoreductase FAD/NAD(P)- binding, ring hydroxylating dioxygenase reductase subunit  42.59 
 
 		 325 aa  248  1e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4243  ferredoxin  44.87 
 
 		 324 aa  247  2e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5676  ferredoxin  43.3 
 
 		 323 aa  247  2e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0301762  normal  0.0416479 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5899  ferredoxin  43.61 
 
 		 323 aa  247  2e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.985129  normal  0.042189 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0965  ferredoxin  42.95 
 
 		 319 aa  246  3e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2150  ferredoxin  43.13 
 
 		 324 aa  246  4e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1542  ferredoxin  40.45 
 
 		 330 aa  246  4.9999999999999997e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5870  ferredoxin  41.96 
 
 		 588 aa  245  6e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3680  ferredoxin  41.64 
 
 		 319 aa  244  9.999999999999999e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.333286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4624  ferredoxin  42.53 
 
 		 322 aa  244  1.9999999999999999e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5072  ferredoxin  43.17 
 
 		 352 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.14092 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3899  ferredoxin  42.37 
 
 		 325 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.83254  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1111  ferredoxin  42.48 
 
 		 784 aa  243  3e-63  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.734478  normal  0.214789 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2494  ferredoxin  42.51 
 
 		 330 aa  242  7e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0494145  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0329  oxidoreductase  42.07 
 
 		 321 aa  241  9e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3527  ferredoxin  43.79 
 
 		 326 aa  241  1e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0968553 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3566  ferredoxin  43.12 
 
 		 322 aa  240  2e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3159  ferredoxin  44.2 
 
 		 322 aa  240  2e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0999  putative ferredoxin-containing oxidoreductase  44.3 
 
 		 318 aa  239  4e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3621  ferredoxin  42.24 
 
 		 326 aa  238  9e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0766898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2369  putative phthalate 4,5-dioxygenase reductase subunit (OhpA1)  40.82 
 
 		 320 aa  236  4e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00138771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5357  ferredoxin  42.86 
 
 		 326 aa  235  7e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.577974 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3393  ferredoxin  43.71 
 
 		 754 aa  235  9e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0205639 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07060  cytochrome P450  40.39 
 
 		 788 aa  232  6e-60  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.75333  normal  0.497051 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7074  ferredoxin/oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding  43.32 
 
 		 319 aa  230  3e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0880566  normal  0.833483 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3536  aromatic acid dioxygenase beta subunit  39.87 
 
 		 321 aa  229  6e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.304315 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2925  ferredoxin  40.78 
 
 		 323 aa  228  1e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.639585 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1726  phthalate 4,5-dioxygenase  40.88 
 
 		 321 aa  227  2e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.53937  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4341  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  39.68 
 
 		 313 aa  226  3e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4812  ferredoxin  38.66 
 
 		 322 aa  226  4e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0104924  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2786  ferredoxin  39.17 
 
 		 320 aa  224  1e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.224579  normal  0.0721764 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4965  ferredoxin  39.17 
 
 		 320 aa  224  1e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.222707  normal  0.0138132 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3974  reductive dehalogenase  38.16 
 
 		 1069 aa  224  2e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0531  ferredoxin  42.14 
 
 		 327 aa  223  3e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.785476 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6022  ferredoxin  40.66 
 
 		 321 aa  223  3e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0717  cytochrome P450  41.8 
 
 		 784 aa  223  4e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2242  cytochrome P450 family protein  41.8 
 
 		 784 aa  223  4e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1669  cytochrome P450  41.48 
 
 		 784 aa  222  6e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1914  cytochrome P450  41.48 
 
 		 784 aa  222  6e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2323  cytochrome P450  41.48 
 
 		 784 aa  222  6e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.261512  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1707  cytochrome P450  41.48 
 
 		 784 aa  222  6e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.732396  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0588  cytochrome P450  41.48 
 
 		 784 aa  222  6e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2771  ferredoxin  41.5 
 
 		 318 aa  221  9.999999999999999e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00450924 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0289  putative iron-sulfur oxidoreductase, beta subunit  40.19 
 
 		 316 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.600768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4932  ferredoxin, cytochrome P450  38.59 
 
 		 780 aa  220  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0725  cytochrome P450  40.51 
 
 		 783 aa  218  1e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.207773  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1520  ferredoxin  39.94 
 
 		 333 aa  218  1e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1543  ferredoxin  39.94 
 
 		 333 aa  218  1e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5830  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  40.33 
 
 		 317 aa  216  4e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3221  ferredoxin  38.17 
 
 		 319 aa  216  5e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.252036  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>