More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3265 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3265  ferredoxin  100 
 
 
319 aa  629  1e-179  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00395419 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2709  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  52.53 
 
 
316 aa  339  5e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0305444  normal  0.319321 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0281  ferredoxin  54.83 
 
 
323 aa  338  8e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.985889  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2905  vanillate O-demethylase oxidoreductase  52.85 
 
 
316 aa  337  9.999999999999999e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.144739  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1003  vanillate O-demethylase oxidoreductase  55.56 
 
 
315 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2724  ferredoxin  53.48 
 
 
322 aa  331  1e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.704562  normal  0.0138338 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5028  phthalate 4,5-dioxygenase  52.34 
 
 
321 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2026  ferredoxin  53.95 
 
 
316 aa  321  9.000000000000001e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2044  ferredoxin  54.28 
 
 
316 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5125  ferredoxin  52.02 
 
 
321 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.272178  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3123  ferredoxin  52.02 
 
 
321 aa  319  3.9999999999999996e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.354063  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1334  phthalate 4,5-dioxygenase  54.66 
 
 
322 aa  319  3.9999999999999996e-86  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.841551 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5244  ferredoxin  52.02 
 
 
321 aa  319  3.9999999999999996e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5694  Phthalate 4,5-dioxygenase  51.71 
 
 
321 aa  318  7e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2169  ferredoxin  53.29 
 
 
316 aa  318  7.999999999999999e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0772713  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3737  ferredoxin  52.96 
 
 
316 aa  317  2e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.216085  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1356  phthalate 4,5-dioxygenase  54.26 
 
 
320 aa  317  2e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4592  ferredoxin  51.71 
 
 
321 aa  316  3e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4329  ferredoxin  53.29 
 
 
320 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.042189 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5630  vanillate O-demethylase oxidoreductase  55.21 
 
 
317 aa  312  5.999999999999999e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64810  vanillate O-demethylase oxidoreductase  53.94 
 
 
317 aa  306  3e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0251554  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0419  ferredoxin/oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding  51.09 
 
 
321 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3118  ferredoxin  49.37 
 
 
317 aa  301  8.000000000000001e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0343  ferredoxin  48.24 
 
 
322 aa  301  8.000000000000001e-81  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6765  ferredoxin-NADPH reductase  50.63 
 
 
323 aa  301  9e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.976153 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1100  vanillate O-demethylase reductase subunit VanB  50.32 
 
 
325 aa  299  5e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.96633  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4880  ferredoxin  50.47 
 
 
332 aa  297  2e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.797791  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0057  putative vanillate O-demethylase oxidoreductase  48.11 
 
 
315 aa  293  3e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0995  ferredoxin  48.91 
 
 
319 aa  287  2e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000440652 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1957  Pdr/VanB family oxidoreductase  46.08 
 
 
317 aa  277  2e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.334574  hitchhiker  0.000300419 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3213  ferredoxin  49.14 
 
 
344 aa  277  2e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.289084  normal  0.0335883 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2212  ferredoxin  47.35 
 
 
319 aa  276  3e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.990951 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0223  vanillate O-demethylase  53.04 
 
 
317 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00000934842  normal  0.0801179 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0803  putative ferredoxin-containing oxidoreductase  47.63 
 
 
320 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.551034  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7584  ferredoxin  47.17 
 
 
323 aa  273  3e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1297  ferredoxin  45.91 
 
 
318 aa  271  8.000000000000001e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.85642 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0869  ferredoxin  44.48 
 
 
318 aa  268  8e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5517  vanillate O-demethylase oxidoreductase  43.44 
 
 
331 aa  258  1e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1829  ferredoxin  45.31 
 
 
334 aa  257  2e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148952  normal  0.528944 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0406  putative 2Fe-2S ferrodoxin  47.87 
 
 
324 aa  248  8e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3200  ferredoxin  41.12 
 
 
320 aa  247  2e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.22771  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3579  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  43.67 
 
 
318 aa  241  1e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147796  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7699  ferredoxin  45.28 
 
 
326 aa  231  1e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.765458 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0329  oxidoreductase  42.33 
 
 
321 aa  231  2e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3393  ferredoxin  46.88 
 
 
754 aa  229  3e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0205639 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0999  putative ferredoxin-containing oxidoreductase  46.2 
 
 
318 aa  230  3e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5072  ferredoxin  43.73 
 
 
352 aa  229  7e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.14092 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4812  ferredoxin  39.62 
 
 
322 aa  227  2e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0104924  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5870  ferredoxin  41.01 
 
 
588 aa  227  2e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3899  ferredoxin  41.99 
 
 
325 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.83254  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4500  ferredoxin  41.77 
 
 
316 aa  223  2e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.125259  normal  0.496442 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4632  ferredoxin  41.77 
 
 
316 aa  223  2e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0189827  normal  0.0263883 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1543  ferredoxin  40.95 
 
 
333 aa  223  3e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1520  ferredoxin  40.95 
 
 
333 aa  223  3e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5676  ferredoxin  43.52 
 
 
323 aa  223  3e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0301762  normal  0.0416479 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5899  ferredoxin  43.52 
 
 
323 aa  222  8e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.985129  normal  0.042189 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0531  ferredoxin  43.3 
 
 
327 aa  219  7e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.785476 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2494  ferredoxin  41.25 
 
 
330 aa  217  2e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0494145  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3527  ferredoxin  42.55 
 
 
326 aa  217  2e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0968553 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2786  ferredoxin  39.81 
 
 
320 aa  217  2.9999999999999998e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.224579  normal  0.0721764 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4965  ferredoxin  39.81 
 
 
320 aa  217  2.9999999999999998e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.222707  normal  0.0138132 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5357  ferredoxin  42.55 
 
 
326 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.577974 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4894  ferredoxin  43.44 
 
 
328 aa  214  9.999999999999999e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.373479  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3680  ferredoxin  42.12 
 
 
319 aa  214  9.999999999999999e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.333286  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3566  ferredoxin  44.48 
 
 
322 aa  214  9.999999999999999e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0965  ferredoxin  41.48 
 
 
319 aa  214  1.9999999999999998e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2111  ferredoxin-oxidoreductase FAD/NAD(P)- binding, ring hydroxylating dioxygenase reductase subunit  39.63 
 
 
325 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07060  cytochrome P450  39.22 
 
 
788 aa  214  1.9999999999999998e-54  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.75333  normal  0.497051 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2173  vanillate O-demethylase oxidoreductase  38.32 
 
 
320 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.23964  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1726  phthalate 4,5-dioxygenase  40.58 
 
 
321 aa  213  3.9999999999999995e-54  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.53937  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3621  ferredoxin  41.57 
 
 
326 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0766898  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4067  ferredoxin  38.1 
 
 
319 aa  212  7.999999999999999e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3536  aromatic acid dioxygenase beta subunit  42.11 
 
 
321 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.304315 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2761  ferredoxin  43.45 
 
 
774 aa  211  1e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.843778  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1111  ferredoxin  41.72 
 
 
784 aa  209  4e-53  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.734478  normal  0.214789 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0725  cytochrome P450  43.22 
 
 
783 aa  209  6e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.207773  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0289  putative iron-sulfur oxidoreductase, beta subunit  41.45 
 
 
316 aa  209  6e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.600768  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1669  cytochrome P450  45.13 
 
 
784 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0717  cytochrome P450  45.13 
 
 
784 aa  206  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1914  cytochrome P450  45.13 
 
 
784 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1707  cytochrome P450  45.13 
 
 
784 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.732396  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0588  cytochrome P450  45.13 
 
 
784 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1909  phthalate 4,5-dioxygenase, reductase subunit  39.06 
 
 
351 aa  207  3e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.814713 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2242  cytochrome P450 family protein  45.13 
 
 
784 aa  206  4e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3596  ferredoxin  42.21 
 
 
782 aa  206  4e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2150  ferredoxin  38.84 
 
 
324 aa  206  5e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3974  reductive dehalogenase  36.51 
 
 
1069 aa  206  5e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2323  cytochrome P450  44.81 
 
 
784 aa  206  6e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.261512  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1542  ferredoxin  36.84 
 
 
330 aa  206  6e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4341  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  41.37 
 
 
313 aa  205  7e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2369  putative phthalate 4,5-dioxygenase reductase subunit (OhpA1)  40.62 
 
 
320 aa  205  7e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00138771  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6022  ferredoxin  43.24 
 
 
321 aa  205  7e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2193  ferredoxin  37.58 
 
 
323 aa  205  7e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0744529  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5777  phthalate 4,5-dioxygenase  38.75 
 
 
320 aa  205  8e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6337  ferredoxin  38.16 
 
 
315 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.424849 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3578  reductive dehalogenase  36.81 
 
 
1070 aa  204  2e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.960062  normal  0.192167 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5830  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  39.5 
 
 
317 aa  203  3e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4797  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  40.73 
 
 
322 aa  202  4e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.290636  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0888  ferredoxin  42.26 
 
 
657 aa  201  9.999999999999999e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.986677  normal  0.535707 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3141  ferredoxin  44.89 
 
 
322 aa  200  3e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.122413 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>