More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3578 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007802  Jann_3974  reductive dehalogenase  71.34 
 
 		 1069 aa  1542    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3578  reductive dehalogenase  100 
 
 		 1070 aa  2217    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.960062  normal  0.192167 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2212  ferredoxin  45.78 
 
 		 319 aa  266  1e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.990951 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3118  ferredoxin  39.16 
 
 		 317 aa  228  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2044  ferredoxin  37.46 
 
 		 316 aa  222  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4329  ferredoxin  37.74 
 
 		 320 aa  223  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.042189 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0713  reductive dehalogenase  39.93 
 
 		 458 aa  222  3.9999999999999997e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6765  ferredoxin-NADPH reductase  38.11 
 
 		 323 aa  221  5e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.976153 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1356  phthalate 4,5-dioxygenase  38.83 
 
 		 320 aa  221  5e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1542  ferredoxin  35.02 
 
 		 330 aa  219  2.9999999999999998e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2724  ferredoxin  36.74 
 
 		 322 aa  218  4e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.704562  normal  0.0138338 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1829  ferredoxin  38.83 
 
 		 334 aa  218  5e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148952  normal  0.528944 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0554  putative iron-sulfur oxidoreductase subunit  37.8 
 
 		 337 aa  217  9.999999999999999e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.162175 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2905  vanillate O-demethylase oxidoreductase  35.16 
 
 		 316 aa  215  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.144739  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0343  ferredoxin  37.79 
 
 		 322 aa  215  2.9999999999999995e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2169  ferredoxin  36.16 
 
 		 316 aa  215  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0772713  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5694  Phthalate 4,5-dioxygenase  37.42 
 
 		 321 aa  214  4.9999999999999996e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1003  vanillate O-demethylase oxidoreductase  39.74 
 
 		 315 aa  213  1e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1297  ferredoxin  36.76 
 
 		 318 aa  213  1e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.85642 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4932  ferredoxin, cytochrome P450  38.85 
 
 		 780 aa  213  1e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1957  Pdr/VanB family oxidoreductase  37.42 
 
 		 317 aa  212  2e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.334574  hitchhiker  0.000300419 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1334  phthalate 4,5-dioxygenase  37.86 
 
 		 322 aa  212  3e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.841551 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2026  ferredoxin  35.83 
 
 		 316 aa  211  7e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3737  ferredoxin  35.83 
 
 		 316 aa  210  1e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.216085  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1111  ferredoxin  39.06 
 
 		 784 aa  210  1e-52  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.734478  normal  0.214789 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0869  ferredoxin  35.6 
 
 		 318 aa  210  1e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3596  ferredoxin  37.66 
 
 		 782 aa  209  2e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2709  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  33.86 
 
 		 316 aa  209  2e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0305444  normal  0.319321 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0281  ferredoxin  36.1 
 
 		 323 aa  209  2e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.985889  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07060  cytochrome P450  35.53 
 
 		 788 aa  206  1e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.75333  normal  0.497051 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0329  oxidoreductase  38.33 
 
 		 321 aa  205  3e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0687  ferredoxin  39.87 
 
 		 794 aa  205  3e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0737  reductive dehalogenase  37.07 
 
 		 445 aa  205  4e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0132568  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0803  putative ferredoxin-containing oxidoreductase  36.77 
 
 		 320 aa  202  3e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.551034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2323  cytochrome P450  40.13 
 
 		 784 aa  201  6e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.261512  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2242  cytochrome P450 family protein  39.8 
 
 		 784 aa  201  7e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0717  cytochrome P450  39.8 
 
 		 784 aa  201  7e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5125  ferredoxin  35.67 
 
 		 321 aa  200  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.272178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1707  cytochrome P450  39.47 
 
 		 784 aa  199  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.732396  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0588  cytochrome P450  39.47 
 
 		 784 aa  199  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1669  cytochrome P450  39.47 
 
 		 784 aa  199  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1914  cytochrome P450  39.47 
 
 		 784 aa  199  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0057  putative vanillate O-demethylase oxidoreductase  34.52 
 
 		 315 aa  199  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5028  phthalate 4,5-dioxygenase  35.39 
 
 		 321 aa  198  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3899  ferredoxin  35.74 
 
 		 325 aa  197  7e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.83254  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5278  ferredoxin:cytochrome P450:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  35.53 
 
 		 783 aa  197  7e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0725  cytochrome P450  38.49 
 
 		 783 aa  197  7e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.207773  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3536  aromatic acid dioxygenase beta subunit  35.81 
 
 		 321 aa  196  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.304315 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0406  putative 2Fe-2S ferrodoxin  37.22 
 
 		 324 aa  196  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3265  ferredoxin  36.81 
 
 		 319 aa  196  2e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00395419 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2494  ferredoxin  34.52 
 
 		 330 aa  194  6e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0494145  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7699  ferredoxin  35.6 
 
 		 326 aa  194  8e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.765458 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4592  ferredoxin  34.42 
 
 		 321 aa  194  9e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5925  ferredoxin  38.89 
 
 		 315 aa  193  1e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0144605  normal  0.242924 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22450  cytochrome P450  38.64 
 
 		 775 aa  193  1e-47  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2369  putative phthalate 4,5-dioxygenase reductase subunit (OhpA1)  35.2 
 
 		 320 aa  193  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00138771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0999  putative ferredoxin-containing oxidoreductase  35.83 
 
 		 318 aa  192  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3123  ferredoxin  35.06 
 
 		 321 aa  193  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.354063  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5630  vanillate O-demethylase oxidoreductase  36.86 
 
 		 317 aa  193  2e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5244  ferredoxin  35.06 
 
 		 321 aa  193  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4500  ferredoxin  36.18 
 
 		 316 aa  192  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.125259  normal  0.496442 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4632  ferredoxin  36.18 
 
 		 316 aa  192  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0189827  normal  0.0263883 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3579  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  34.64 
 
 		 318 aa  192  4e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147796  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3621  ferredoxin  35.95 
 
 		 326 aa  191  5e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0766898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5870  ferredoxin  35.62 
 
 		 588 aa  189  2e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0531  ferredoxin  36.69 
 
 		 327 aa  190  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.785476 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5958  ferredoxin  37.13 
 
 		 788 aa  189  2e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.962015  normal  0.081957 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1100  vanillate O-demethylase reductase subunit VanB  36.36 
 
 		 325 aa  189  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.96633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0711  reductive dehalogenase  34.9 
 
 		 488 aa  189  2e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.189708  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3200  ferredoxin  35.29 
 
 		 320 aa  187  6e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.22771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0995  ferredoxin  36.07 
 
 		 319 aa  187  8e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000440652 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0689  reductive dehalogenase  35.89 
 
 		 463 aa  187  9e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2150  ferredoxin  35.94 
 
 		 324 aa  185  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7584  ferredoxin  35.69 
 
 		 323 aa  185  4.0000000000000006e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0419  ferredoxin/oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding  33.76 
 
 		 321 aa  185  4.0000000000000006e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2193  ferredoxin  33.44 
 
 		 323 aa  185  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0744529  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4894  ferredoxin  36.33 
 
 		 328 aa  183  1e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.373479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1830  ferredoxin  32.9 
 
 		 321 aa  183  1e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.285762 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01773  predicted oxidoreductase  32.9 
 
 		 321 aa  183  2e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1840  ferredoxin  32.9 
 
 		 321 aa  183  2e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0439482  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01761  hypothetical protein  32.9 
 
 		 321 aa  183  2e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5357  ferredoxin  33.33 
 
 		 326 aa  183  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.577974 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3527  ferredoxin  33.01 
 
 		 326 aa  183  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0968553 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64810  vanillate O-demethylase oxidoreductase  34.62 
 
 		 317 aa  182  2e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0251554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1891  oxidoreductase, FAD/NAD-binding/iron-sulfur cluster binding protein  32.9 
 
 		 321 aa  182  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1726  phthalate 4,5-dioxygenase  35.58 
 
 		 321 aa  182  2.9999999999999997e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.53937  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3680  ferredoxin  35.69 
 
 		 319 aa  182  4e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.333286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4067  ferredoxin  32.59 
 
 		 319 aa  181  4.999999999999999e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4341  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  34.7 
 
 		 313 aa  181  4.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4965  ferredoxin  34.3 
 
 		 320 aa  181  4.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.222707  normal  0.0138132 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3566  ferredoxin  35.58 
 
 		 322 aa  181  4.999999999999999e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2786  ferredoxin  34.3 
 
 		 320 aa  181  4.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.224579  normal  0.0721764 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3942  ferredoxin  38.39 
 
 		 331 aa  181  4.999999999999999e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.51179  normal  0.0171714 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2173  vanillate O-demethylase oxidoreductase  33.55 
 
 		 320 aa  181  5.999999999999999e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.23964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2111  ferredoxin-oxidoreductase FAD/NAD(P)- binding, ring hydroxylating dioxygenase reductase subunit  35.83 
 
 		 325 aa  181  9e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4812  ferredoxin  33.55 
 
 		 322 aa  180  1e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0104924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1543  ferredoxin  34.97 
 
 		 333 aa  180  1e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2529  oxidoreductase, FAD/NAD-binding/iron-sulfur cluster binding protein  32.58 
 
 		 321 aa  180  1e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00243461  normal  0.86299 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1520  ferredoxin  34.97 
 
 		 333 aa  180  1e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2029  oxidoreductase, FAD/NAD-binding/iron-sulfur cluster binding protein  32.26 
 
 		 321 aa  179  2e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.435425  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>