215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3498 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_3498  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  100 
 
 
540 aa  1087    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0631028 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3461  hypothetical protein  35.76 
 
 
1667 aa  144  5e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0200466 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3143  cell surface protein  36.93 
 
 
819 aa  143  8e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.302282  normal  0.566596 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1242  hypothetical protein  31.93 
 
 
810 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0162  hypothetical protein  36.1 
 
 
387 aa  125  1e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1435  hypothetical protein  33.04 
 
 
335 aa  119  9.999999999999999e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.61404 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3144  hypothetical protein  33.02 
 
 
971 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0403657  normal  0.275799 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2584  surface antigen gene  30.46 
 
 
479 aa  117  5e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.223545  normal  0.185762 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1111  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.97 
 
 
415 aa  117  6e-25  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1704  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  32.68 
 
 
689 aa  109  2e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2353  triple helix repeat-containing collagen  31.72 
 
 
580 aa  102  1e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0810  putative surface layer protein  32.95 
 
 
1094 aa  103  1e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1651  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  29 
 
 
366 aa  102  1e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0495995  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.99 
 
 
312 aa  99  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0104  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  33.65 
 
 
353 aa  97.4  5e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6378  hypothetical protein  28.96 
 
 
556 aa  96.3  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.355816 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2393  hypothetical protein  29.76 
 
 
391 aa  95.5  2e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0136177  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0101  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  30.58 
 
 
354 aa  94.7  3e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0109  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  28.9 
 
 
354 aa  94  7e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4419  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  34.47 
 
 
1170 aa  94  7e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.834695  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2304  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.64 
 
 
317 aa  90.9  5e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0594691 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4548  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.27 
 
 
347 aa  91.3  5e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.433204  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5104  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  37.08 
 
 
366 aa  88.2  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.109087 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1471  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.35 
 
 
348 aa  88.2  4e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3772  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.93 
 
 
406 aa  87.4  6e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2189  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.03 
 
 
348 aa  87  7e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2474  serine/threonine protein kinase  29.1 
 
 
776 aa  87  8e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000122678  hitchhiker  0.00951365 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1180  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.28 
 
 
348 aa  85.1  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3685  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  29.56 
 
 
384 aa  85.1  0.000000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0108  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  33.87 
 
 
354 aa  85.1  0.000000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2950  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.5 
 
 
821 aa  83.2  0.00000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0877418  normal  0.740521 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0874  cell surface protein  28.08 
 
 
332 aa  79  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.560524  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4977  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.97 
 
 
336 aa  78.6  0.0000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.370165  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1813  hypothetical protein  34.98 
 
 
306 aa  77.8  0.0000000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1794  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.13 
 
 
338 aa  77.4  0.0000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000588252 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1882  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26 
 
 
383 aa  77.4  0.0000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0454626  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2848  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.67 
 
 
329 aa  77.4  0.0000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.221591  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1967  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.47 
 
 
370 aa  77.4  0.0000000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.235271  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0865  hypothetical protein  28.7 
 
 
945 aa  76.6  0.0000000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4004  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  33.5 
 
 
417 aa  76.6  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.540358  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30 
 
 
752 aa  76.6  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000481443  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2142  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  30.11 
 
 
943 aa  75.1  0.000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.624762  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3851  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.88 
 
 
334 aa  74.3  0.000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0859  hypothetical protein  29.15 
 
 
945 aa  73.9  0.000000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0876  hypothetical protein  29.15 
 
 
945 aa  73.9  0.000000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1750  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  27.21 
 
 
451 aa  72.8  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000566962  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0577  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.69 
 
 
652 aa  71.6  0.00000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4743  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  31.39 
 
 
457 aa  71.2  0.00000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4384  hypothetical protein  31.48 
 
 
314 aa  70.5  0.00000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.491749  normal  0.153461 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2667  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.53 
 
 
478 aa  69.7  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.896868  normal  0.434618 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0260  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.53 
 
 
478 aa  69.7  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.581027  normal  0.0149347 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3230  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.28 
 
 
517 aa  68.2  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.476229  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0107  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  33.15 
 
 
272 aa  67  0.0000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3533  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.62 
 
 
488 aa  66.6  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0721  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.8 
 
 
344 aa  65.1  0.000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.285892 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3594  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  33.01 
 
 
1056 aa  64.7  0.000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.207597  normal  0.593254 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5386  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  27.48 
 
 
479 aa  64.3  0.000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.786395 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0008  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.99 
 
 
328 aa  64.3  0.000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5316  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  30.05 
 
 
330 aa  64.3  0.000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.131426  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1622  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.81 
 
 
974 aa  63.9  0.000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4611  hypothetical protein  28.46 
 
 
346 aa  63.5  0.000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3263  hypothetical protein  28 
 
 
487 aa  63.5  0.000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.000325549  normal  0.271166 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3038  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  30.22 
 
 
332 aa  63.5  0.000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.355652  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1477  hypothetical protein  28.46 
 
 
330 aa  63.2  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.940326 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1798  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  29.05 
 
 
328 aa  62  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.178604 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4869  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.18 
 
 
362 aa  62  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.130812 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1847  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30 
 
 
328 aa  62.8  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2611  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.76 
 
 
328 aa  62.4  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.94 
 
 
328 aa  62.4  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.804553 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4621  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  29.41 
 
 
318 aa  62  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.70566  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5454  alpha-1,2-mannosidase  27.47 
 
 
1189 aa  62.8  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.8868  normal  0.279794 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0690  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.85 
 
 
318 aa  62.4  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0314651  normal  0.511949 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5265  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.31 
 
 
327 aa  61.6  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2972  quinohemoprotein amine dehydrogenase, subunit beta  25.33 
 
 
362 aa  61.6  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2720  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.86 
 
 
327 aa  62  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.441743  normal  0.222343 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0102  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  39.34 
 
 
154 aa  62  0.00000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0103  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  36.13 
 
 
192 aa  61.2  0.00000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3094  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.7 
 
 
329 aa  61.2  0.00000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3832  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  32.06 
 
 
607 aa  61.6  0.00000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000619199  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1118  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.64 
 
 
467 aa  61.6  0.00000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5012  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.44 
 
 
328 aa  60.8  0.00000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2182  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.57 
 
 
328 aa  60.5  0.00000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.960919  normal  0.361947 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4139  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.73 
 
 
314 aa  60.1  0.00000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8029  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.51 
 
 
314 aa  59.7  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.882346  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1536  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.36 
 
 
362 aa  59.3  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2259  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.06 
 
 
326 aa  58.9  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.669403  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1470  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  22.52 
 
 
479 aa  58.9  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00488394  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2413  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.93 
 
 
335 aa  59.3  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.992934 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1457  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.89 
 
 
383 aa  58.9  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.803154  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1279  hypothetical protein  28.97 
 
 
329 aa  58.2  0.0000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4136  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.81 
 
 
345 aa  58.2  0.0000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0910022  normal  0.508786 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5700  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  31.79 
 
 
362 aa  58.2  0.0000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.851059  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3134  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.78 
 
 
329 aa  57.8  0.0000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2669  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  28.5 
 
 
329 aa  57.4  0.0000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5399  hypothetical protein  31.82 
 
 
500 aa  57.4  0.0000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4179  hypothetical protein  28.02 
 
 
348 aa  57.4  0.0000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.21546  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.06 
 
 
340 aa  57.8  0.0000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.802386 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0029  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.06 
 
 
340 aa  57.8  0.0000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4401  hypothetical protein  28.02 
 
 
348 aa  57.4  0.0000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.316626  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0028  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.06 
 
 
340 aa  57.8  0.0000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.828005  decreased coverage  0.000046618 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>