More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_1003 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_1003  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
223 aa  450  1.0000000000000001e-126  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000100628 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0879  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
223 aa  450  1.0000000000000001e-126  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  82.68 
 
 
308 aa  222  3e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  82.68 
 
 
309 aa  222  3e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1385  LysR family transcriptional regulator  75.19 
 
 
311 aa  201  9e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.765137  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00893  transcription regulator protein  78.15 
 
 
304 aa  199  1.9999999999999998e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0257134  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3327  transcriptional regulator, LysR family  70.34 
 
 
303 aa  177  1e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0909  LysR family transcriptional regulator  57.6 
 
 
306 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0983  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  47.27 
 
 
300 aa  122  4e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.6 
 
 
303 aa  102  4e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.32 
 
 
304 aa  98.2  9e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.44 
 
 
303 aa  97.1  2e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.74 
 
 
303 aa  96.3  3e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.59 
 
 
303 aa  96.3  4e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.59 
 
 
303 aa  96.3  4e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.59 
 
 
303 aa  96.3  4e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.59 
 
 
303 aa  96.3  4e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.32 
 
 
305 aa  95.5  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.32 
 
 
305 aa  95.5  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.32 
 
 
305 aa  95.5  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.59 
 
 
303 aa  95.9  5e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.32 
 
 
305 aa  95.5  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.32 
 
 
305 aa  95.5  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.88 
 
 
303 aa  95.5  6e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  43.8 
 
 
311 aa  95.5  6e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.74 
 
 
303 aa  95.5  6e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.74 
 
 
303 aa  95.1  7e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.59 
 
 
303 aa  95.1  7e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.32 
 
 
305 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  35.32 
 
 
305 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.32 
 
 
305 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1784  transcriptional regulator, LysR family  58.14 
 
 
301 aa  94.4  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.410504  normal  0.0984791 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.32 
 
 
305 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  35.32 
 
 
305 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.32 
 
 
305 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.32 
 
 
305 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.32 
 
 
305 aa  94.7  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.32 
 
 
305 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.59 
 
 
303 aa  94  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.59 
 
 
303 aa  94  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.88 
 
 
303 aa  93.2  3e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.94 
 
 
310 aa  92  7e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.82 
 
 
308 aa  90.9  1e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 
295 aa  90.9  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1366  LysR family transcriptional regulator  56.98 
 
 
306 aa  89.4  4e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.165688  normal  0.0366589 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.17 
 
 
303 aa  89.4  5e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.94 
 
 
308 aa  89  6e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.32 
 
 
305 aa  89  6e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.32 
 
 
305 aa  89  6e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.32 
 
 
305 aa  89  6e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 
311 aa  87.8  1e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0529  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 
347 aa  87.4  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.438898  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  38.58 
 
 
299 aa  86.7  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  40.52 
 
 
318 aa  86.3  4e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  38.66 
 
 
315 aa  85.9  5e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 
307 aa  85.9  5e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0664  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 
325 aa  85.5  6e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.520137 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.67 
 
 
307 aa  84.7  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1086  LysR family transcriptional regulator  35.51 
 
 
320 aa  84  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.157723  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.94 
 
 
307 aa  82.8  0.000000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3953  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 
321 aa  82.8  0.000000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.386735  normal  0.188606 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.59 
 
 
305 aa  82.4  0.000000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.18 
 
 
322 aa  81.6  0.000000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2761  transcription regulator protein  36.97 
 
 
308 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.21868  normal  0.56038 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.62 
 
 
348 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.48 
 
 
306 aa  79.3  0.00000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5271  LysR family transcriptional regulator  40.16 
 
 
306 aa  79  0.00000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.161023 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4044  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 
330 aa  79  0.00000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.832658 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 
317 aa  78.6  0.00000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2834  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 
312 aa  78.6  0.00000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.34 
 
 
322 aa  78.6  0.00000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3000  transcriptional regulator, LysR family  36.07 
 
 
308 aa  78.6  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.83 
 
 
309 aa  78.2  0.00000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2590  transcriptional regulator, LysR family  36.07 
 
 
308 aa  78.2  0.00000000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 
317 aa  77.8  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.8 
 
 
323 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.8 
 
 
328 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.5 
 
 
328 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 
305 aa  77  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.98 
 
 
329 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.98 
 
 
329 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.98 
 
 
329 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.5 
 
 
334 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.16 
 
 
320 aa  75.5  0.0000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.87 
 
 
306 aa  75.1  0.0000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6631  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 
343 aa  75.1  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  36.67 
 
 
323 aa  75.1  0.0000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0995  LysR family transcriptional regulator  35.38 
 
 
303 aa  74.3  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4712  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 
297 aa  74.3  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0181499  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2385  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 
301 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.34 
 
 
321 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1005  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 
307 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187099  normal  0.59249 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  33.87 
 
 
306 aa  73.9  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0449  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
305 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.038969  normal  0.109175 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0634  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 
336 aa  73.2  0.000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.34 
 
 
321 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6151  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 
330 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.410647  normal  0.467276 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5786  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 
330 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.34 
 
 
321 aa  72.8  0.000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.34 
 
 
321 aa  72.8  0.000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>